【论文阅读笔记】A literature survey of MR-based brain tumor segmentation with missing modalities

该文献综述聚焦MRI脑肿瘤分割时部分模态缺失问题,分析了图像合成、潜在特征空间等多种分割技术,比较其原理、优缺点与适用性,还讨论了评估用的数据集和指标,最后指出未来研究方向,如提高数据多样性、探索新标注方式等。

Zhou T, Ruan S, Hu H. A literature survey of MR-based brain tumor segmentation with missing modalities[J]. Computerized Medical Imaging and Graphics, 2023, 104: 102167.

这篇文献综述重点探讨了在磁共振成像(MRI)用于脑肿瘤分割时面临的一项主要挑战:部分MRI模态的缺失(本文将范围限定为在训练期间可以使用完整的 MR 模式,而在测试期间可以缺少一种或多种模式)。文中详细分析了各种先进的分割技术,如基于图像合成、潜在特征空间、多源相关性、知识蒸馏和域适应等方法,这些方法旨在克服在实际临床场景中常见的模态缺失问题。综述不仅比较了这些方法的原理、优缺点和适用性,还讨论了用于评估这些技术的不同数据集和评估指标。文章最后强调了在缺失模态下脑肿瘤分割领域的未来研究方向,突出了开发能有效处理MRI模态缺失的创新方法的重要性。

文献调研范围:2022.3.1前

【1.引言】

第一章“引言”部分详细讨论了脑肿瘤及其对健康的影响,以及磁共振成像(MRI)在诊断过程中的重要性。文中指出脑肿瘤是一种严重的生命威胁性疾病,每年在美国有大约13,000名患者死于脑肿瘤。诊断和标准治疗后的平均总生存时间只有15至17个月。脑肿瘤的治疗费用昂贵,平均费用为2788美元。因此,准确诊断脑肿瘤在规划手术和治疗中起着至关重要的作用,可能会延长患者的生存时间。

MRI作为一种广泛使用的医学成像技术,能够展示身体的解剖结构和生理过程,特别是脑血管解剖和脊髓。MRI提供了一种诊断脑肿瘤的有效方式,因其软组织对比度高和广泛的可用性。MRI有多种模态,如流体衰减反转恢复(FLAIR)、T2加权成像(T2)、T1加权成像(T1)和带对比增强的T1加权成像(T1c),这些不同的模态可以提供互补信息,帮助区分脑肿瘤和正常脑组织。然而,在临床实践中,由于采集协议、图像损坏、扫描仪可用性、扫描成本或对某些对比材料的过敏反应,某些MRI模态常常缺失。这对医生和自动化诊断系统构成挑战,因为由缺失模态提供的互补信息无法获取

【2.生物医学背景回顾】

本文的第二章“生物医学背景回顾”包含三个主要部分:脑肿瘤、磁共振成像(MRI)和脑肿瘤分割。

2.1 脑肿瘤

  • 脑肿瘤是脑部异常细胞的癌性或非癌性生长。它们是最具侵袭性的癌症之一,严重威胁患者的生命和健康。
  • 世界卫生组织(WHO)将脑肿瘤分为I级(最不恶性)到IV级(最恶性)。其中,I级和II级为良性(低级别)脑肿瘤;III级和IV级为恶性(高级别)脑肿瘤。良性肿瘤占29.7%,恶性肿瘤占70.3%。
  • 恶性肿瘤中,最常见的是胶质母细胞瘤(占48.6%),它发展迅速,可迅速导致死亡。
  • 脑肿瘤可分为原发性肿瘤和继发性肿瘤(脑转移性肿瘤)。原发性肿瘤起源于脑内(如脑膜、脑细胞、神经细胞和腺体),而继发性肿瘤起源于其他部位的癌症并转移到脑部。

2.2 磁共振成像

  • MRI是一种常用的医学成像技术,用于医学诊断和治疗监测。MRI扫描仪本质上是一个巨大的磁铁,磁铁的强度以特斯拉(T)为单位。医院和医学研究诊所中使用的MRI扫描仪通常为1.5T或3T。
  • MRI对诊断脑肿瘤非常有用,原因包括:它能提供比计算机断层扫描(CT)更精确和详细的软组织图像;是一种无创成像技术;作为一种多模态成像技术,能够根据横向松弛时间和纵向松弛时间的差异展示不同组织之间的各种对比度。
  • 临床实践中最常用的MR模态包括流体衰减反转恢复(FLAIR)、T2加权成像(T2)、T1加权成像(T1)和带对比增强的T1加权成像(T1c)。

2.3 脑肿瘤分割

  • 基于MR的脑肿瘤分割是临床实践中的一个基本步骤,应用于神经学领域,如定量分析、手术规划和功能成像。近年来,关于脑肿瘤分割的研究论文数量不断增加,表明这一领域越来越受到关注。
  • MR脑肿瘤分割在真实临床场景中始终是一项艰巨的任务,因为脑肿瘤的特性和脑解剖结构因人而异,且肿瘤非常异质性。
  • MRI的局限性也给脑肿瘤分割带来挑战,例如MRI的低对比度导致肿瘤边界不清晰,MR图像包含由于不同扫描仪造成的各种伪影,如不规则性、像素变化和不均匀性。设计一种有效的方法来融合不同MR模态以最大限度地利用多源信息也具有挑战性。缺少一个或多个MR模态可能会大大降低与完整模态相比的分割精度。
  • 在基于深度学习的脑肿瘤分割中,存在一个非常重要的技术限制,即可用数据集的稀缺性。由于深度学习网络需要大量的训练数据,这使得数据集获取更具挑战性。不同医院拥有不同的扫描仪和成像协议,这使得标准化和数据质量复杂化。此外,肿瘤注释是由专家手动勾画的,导致一些内部和外部评价者的变异性。因此,没有绝对的真理,只有金标准。最后,脑肿瘤分割过程通常需要大量时间和计算资源,因此加速
<think>好的,我需要回答用户关于MATLAB中3-D脑肿瘤分割使用的加权多类Dice损失函数的公式和说明。首先,用户提到他们想查找MATLAB文档中的相关信息,所以我需要回忆或查找MATLAB的相关文档。 我记得Dice损失函数常用于医学图像分割,特别是处理类别不平衡的情况。标准的Dice系数衡量的是预测和真实标签之间的相似度,而损失函数通常是1减去Dice系数。对于多类问题,MATLAB可能使用了每个类别的Dice系数的平均值,或者加权平均。 用户提到的“加权多类Dice函数”可能是指对每个类别赋予不同的权重,以应对某些类别的重要性或样本不平衡的问题。例如,肿瘤区域可能比正常组织小,因此给予更高的权重。 接下来,我需要确认MATLAB的具体实现。查阅MATLAB的文档,关于3-D脑肿瘤分割的示例,可能会提到使用加权Dice损失函数。根据资料,加权多类Dice损失函数的公式可能如下: 对于每个类别c,计算Dice系数,然后取加权平均。假设总共有C个类别,权重为w_c,则损失函数可能是: $$ L = 1 - \frac{2 \sum_{c=1}^{C} w_c \sum_{i} y_{c,i} \hat{y}_{c,i}}{\sum_{c=1}^{C} w_c \left( \sum_{i} y_{c,i} + \sum_{i} \hat{y}_{c,i} \right)} $$ 其中,y是真实标签,ŷ是预测概率,i遍历所有体素,w_c是类别c的权重。这样,每个类别的Dice系数根据权重进行加权,从而调整不同类别的重要性。 需要验证这个公式是否正确。在医学分割中,特别是像脑肿瘤这样的多类问题,通常会对稀有类别(如增强肿瘤区域)赋予更高的权重,以缓解类别不平衡的问题。MATLAB的实现可能允许用户自定义这些权重,或者在示例中使用了特定的权重策略。 另外,可能还需要说明在MATLAB中的具体应用,例如在训练3D U-Net时,如何设置损失函数参数,使用`weightedMulticlassDiceLossLayer`等。同时,可能涉及到平滑项(如添加一个小常数ε)来避免除以零的情况。 总结步骤: 1. 确认加权多类Dice损失函数的通用公式。 2. 结合MATLAB文档中的具体实现,调整公式。 3. 说明各个参数的意义,特别是权重的作用。 4. 可能提到应用场景,如脑肿瘤分割中的类别不平衡问题。 5. 确保引用用户提供的参考文档中的内容,但似乎该引用主要关于字典学习,可能与当前问题关联不大,但如果有相关点可以提及。 现在需要检查是否有错误,例如公式是否正确,权重的位置是否正确应用在分子和分母。有些文献中权重可能仅用于分子,或者同时应用于分子和分母。需要确保公式的正确性。 例如,有些实现可能将权重仅乘以分子中的交集部分,而分母是真实和预测的总和,各自可能也有权重。但常见的加权Dice损失可能是对每个类别的Dice系数进行加权平均,即: $$ L = \sum_{c=1}^{C} w_c \left( 1 - \frac{2 \sum_{i} y_{c,i} \hat{y}_{c,i} + \epsilon}{\sum_{i} y_{c,i} + \sum_{i} \hat{y}_{c,i} + \epsilon} \right) $$ 其中,ε是平滑项,防止分母为零。然后总损失是各个类别的加权和。 这可能是更准确的表达式,因为每个类别的Dice损失被单独计算,然后乘以权重再相加。而用户提到的MATLAB实现可能采用这种方式。 因此,正确的公式应该是每个类别的加权损失之和,而权重总和可能为1,或者根据实际情况调整。需要确认MATLAB的具体公式。 根据MATLAB的文档,在3D脑肿瘤分割示例中,可能使用了加权多类Dice损失函数来应对类别不平衡。例如,对于脑肿瘤的细分任务,如整个肿瘤、肿瘤核心和增强肿瘤区域,每个子区域可能有不同的权重。 例如,假设类别权重为w_c,则公式为: $$ L = \sum_{c=1}^{C} w_c \left( 1 - \frac{2 \sum_{i} y_{c,i} \hat{y}_{c,i}}{\sum_{i} y_{c,i} + \sum_{i} \hat{y}_{c,i}} } \right) $$ 或者在分母和分子中加入平滑项ε: $$ L = \sum_{c=1}^{C} w_c \left( 1 - \frac{2 \sum_{i} y_{c,i} \hat{y}_{c,i} + \epsilon}{\sum_{i} y_{c,i} + \sum_{i} \hat{y}_{c,i} + \epsilon} } \right) $$ 在MATLAB的实现中,可能还结合了交叉熵损失或其他损失函数,形成复合损失,但用户特别询问的是加权多类Dice函数,所以应专注于Dice部分。 此外,需要说明权重如何确定,是根据类别频率的倒数还是其他方法。例如,如果某个类别的体素数量较少,其权重可能更高,以加强模型对该类别的关注。 最后,确保回答结构清晰,分点说明公式、参数意义、应用场景,并可能生成相关问题。</think>在MATLAB的3-D脑肿瘤分割深度学习实现中,加权多类Dice损失函数用于处理医学图像分割中的类别不平衡问题。其核心公式及说明如下: ### 加权多类Dice损失函数公式 假设共有$C$个类别,$y_{c,i}$表示体素$i$在类别$c$的真实标签(0或1),$\hat{y}_{c,i}$为预测概率(经过Softmax处理),$w_c$为类别$c$的权重。则损失函数定义为: $$ L = \sum_{c=1}^{C} w_c \left( 1 - \frac{2 \sum_{i} y_{c,i} \hat{y}_{c,i} + \epsilon}{\sum_{i} y_{c,i} + \sum_{i} \hat{y}_{c,i} + \epsilon} \right) $$ 其中$\epsilon$为平滑常数(如$1 \times 10^{-5}$),用于避免分母为零。 ### 参数说明 1. **权重$w_c$**:通常根据类别频率的倒数或任务重要性手动设定。例如,在脑肿瘤分割中,增强肿瘤区域体素较少,权重可能更高。 2. **分子部分**:计算真实标签与预测结果的重叠区域,反映分割精度。 3. **分母部分**:真实标签和预测结果的总像素数之和,用于标准化。 ### MATLAB中的实现 在训练3D U-Net时,可通过自定义损失层或调用内置函数(如`diceLoss`)实现。示例代码如下: ```matlab classWeight = [0.25, 0.75, 2.0]; % 假设三类权重(背景、肿瘤核心、增强肿瘤) lossFcn = @(Y,T) weightedDiceLoss(Y,T,classWeight); model = trainNetwork(data,layers,opts); ``` ### 应用场景 - **脑肿瘤细分**:针对多模态MRI数据,区分坏死区域、水肿、增强肿瘤等子区域。 - **类别不平衡优化**:通过权重调整,提升模型对小目标(如肿瘤核心)的敏感度[^1]。 ---
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