宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

#rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件，数据结果表现优秀。mataSPAdes更适用于宏基因组组装，宏转录组组转推荐rnaSPAdes。以下对rnaSPAdes软件输出的结果进行解读，若有不准确之处敬请指正#

共输出5个文件夹及14个单独的文件，下面进行逐一解读：

---

5个文件夹：

1. K49 和 K73:

   这些目录可能包含组装结果的子目录，分别使用不同的 k-mer 大小（例如，K49 和 K73）。这表明在组装过程中尝试了不同的 k-mer 大小，以找到最优的组装结果。

2. misc:

   这个目录可能包含一些杂项文件，例如组装过程中生成的中间文件、统计信息或其他与组装相关的辅助文件。

3. pipeline_state:

   该目录可能包含了组装过程的状态信息，记录了各个步骤的进行情况。这对于了解组装流程中是否发生了错误或者是否需要调整参数非常有用。

4. tmp:

   临时目录通常包含在组装过程中产生的临时文件。这些文件在组装完成后可能会被删除，但它们对于了解组装的中间步骤和处理过程是有用的。

---

14个文件：

1. assembly_graph.fastg:

   这个文件包含组装的de Bruijn图的信息，用于表示转录本的拼接关系。

2. assembly_graph_after_simplification.gfa:

   这个文件可能是在组装过程中对de Bruijn图进行简化后的版本，以减少图的复杂性。

3. assembly_graph_with_scaffolds.gfa:

   这个文件包含带有连接信息（scaffolds）的de Bruijn图，表示组装的更大结构。