GTDB-Tk-classify_wf结果输出文件完全解读

#GTDB-Tk 的 classify_wf 工作流程会输出多个文件，这些文件分别存放在几个不同的文件夹内，包括对微生物基因组的比对、多序列对齐、分类和标记基因的分析结果。以下是对每个文件夹和文件的详细解析#

GTDB-Tk-classify_wf输出文件共含3个目录、3个log文件：

目录1-align

这个文件夹主要保存多序列对齐的结果，包括所提供的基因组的对齐以及GTDB数据库中的参考序列的对齐。

1.1 _gtdbtk.ar53.filtered.tsv
这是一个过滤后的Archaea（古菌）基因组标记数据，GTDB-Tk 可能在对齐过程中筛选了一些低质量的基因组或标记基因。

1.2_gtdbtk.ar53.msa.fasta.gz

压缩的多序列对齐文件，包含了与Archaea数据库中参考序列的对齐结果（msa 代表多序列对齐 “multiple sequence alignment”）。

1.3_gtdbtk.ar53.user_msa.fasta.gz

压缩的用户基因组与Archaea数据库中的标记基因的多序列对齐结果。

1.4_gtdbtk.bac120.msa.fasta.gz

压缩的多序列对齐文件，包含了与Bacteria数据库中的120个通用标记基因的对齐结果。

1.5_gtdbtk.bac120.user_msa.fasta.gz

用户基因组与Bacteria（细菌）数据库中120个通用标记基因的多序列对齐文件。

目录2-classify

这个文件夹主要保存多序列对齐的结果，包括所提供的基因组的对齐以及GTDB数据库中的参考序列的对齐。

2.1 _gtdbtk.ar53.classify.tree