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RSS订阅原创 GTDB-Tk-classify_wf结果输出文件完全解读
解析GTDB-Tk 的 classify_wf 工作流程输出的多个文件内容，包括对微生物基因组的比对、多序列对齐、分类和标记基因的分析结果。
2024-09-13 10:10:14
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原创 Linux下，CheckV的安装及使用（含HMMER、prodigal、diamond的安装）
linux系统下，CheckV、HMMER、DIAMOND、prodigal安装
2024-01-25 14:17:34
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原创 Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
这三个数据类型之间存在层次关系。Reads 是从原始测序数据中获得的，而 Metagenomic Assembly 则是对 Reads 进行更深入的分析和组装得到的结果。Reads 提供了初步的、整体的微生物群落信息，Metagenomic Assembly 提供了更大、更完整的基因组片段，而 Custom MAGs 允许研究者更有针对性地研究特定微生物群体。Custom MAGs 的选择通常基于研究者对微生物群体的特殊关注，可以是生态学上的关注、功能学上的关注，或者是对特定物种的深入研究。
2024-01-22 14:48:37
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原创 Linux系统下，病毒组分析模块化流程ViWrap的安装、配置与使用方法解读
Linux系统下，病毒组分析模块化流程ViWrap的安装与环境配置全流程解读，含conda activate报错解决方法
2024-01-19 14:26:55
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原创 宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件，数据结果表现优秀——共输出5个文件夹及14个单独的文件，transcripts.fasta是主要结果文件。
2024-01-18 11:07:25
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原创 Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)
Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(e.g. sqlen>1000)——awk命令
2024-01-16 11:25:34
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原创 宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读
宏数据组装软件mataSPAdes输出文件解读——共7个文件夹和16个单独文件，scaffolds.fasta是最终组装结果
2024-01-16 10:24:27
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原创 linux系统下，fasta格式转为fastq
在生物信息学分析中常需要用到，将fasta格式的序列转为fastq，而后再压缩为fastq.gz格式上传。本篇记录如何将在linux系统中将fasta格式文件转为fastq.
2023-11-16 23:28:53
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空空如也
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