高通量计算分子动力学Lammps脚本，并自动接口PhaseGo绘制高温高压成分相图

实习时候针对中国钢研悬算项目写的一些脚本和接口，用以完成自动高通量修改Lammps输入文件和网格式提交，自动数据后处理得到声子态密度信息，自动数据格式转换传送给PhaseGo得到高温高压相图信息。

脚本例子中默认的输入文件NVT名字为：in.BCC.FeNi-NVT
势场文件的默认名字为：Fe-Ni.eam.alloy
提交脚本名字为：lammps.slurm
压强区间默认为：0~20Gpa (NPT里的参数，NVT中不需要)
温度默认区间为：10~2000K (Tlist留有接口，需要的话搜索每个Tlist去修改)
可以根据以上提供的关键字进行修改

Step1：
确定计算体系的NPT和NVT输入文件和势场文件准备，此处不多介绍，只说一点：因为喂给PhaseGo的数据需要准备好给赫尔姆兹自由能的微分数据，所以要先事先准备好体系在高温、高压两个物理情境下的体积端点值，一般我们认为在高压低温下的体积是最小的，低压高温下的体积是最大的，基于此在NPT系综下先确定格子的参数(类似于BCC这种晶格参数)，简称其为Vlist；
Step2：
在确定好晶格参数的端点值和用于喂给微分的插值步长后，修改lammps_workflow-part1.py中 的 Vlist 参数，为体系测试得到的list。需要注意的是，要清楚计算的体系一次NVT需要的时间和你在服务器上同时提交任务的个数，根据你的服务器承载量来设置提交间隔（第40行的sleep秒数，万核用户忽略）
最好使用提交脚本提交lammps_workflow-part1.py
不要命令行，不要nohup，最次也要用screen，不然什么时候网络不稳定就要自己去找断点。
step3:
根据计算体系的模拟个数修改lammps_workflow-part2.py中计算声子态密度的参数， find_pdos函数中的每个参数值与研究体系息息相关，严格填写。在程序的最后依然输入lammps_workflow-part1.py中 的 Vlist 参数，这一步在lammps_workflow-part1.py严格运行结束之后再运行。依然建议使用提交脚本，禁止命令行。
step4
运行gotophase-alpha.py，可以命令行，很快完成的数据后处理和格式转换。传入Vlist和alist，在我最后的修改版本中，alist已经改为和是Vlist一样的参数。目的是得到gotophase 中 的 alist 参数，会自动存入gophase文件夹里(脚本自己会创建这个文件夹)数据格式已经整理好，可以直接喂给PhaseGo得到相图了。

注意，所谓Vlist输入的也是格子参数，不是真的体积值，这个参数值是从NPT中的lammps.log输出的后100步均值处理得到的。

总之：需要准备好单个计算的输入文件，计算提交脚本，测试单个NVT时间和服务器承载量，按照前四步的顺序check函数参数输入正确就可以了。

哦哦，我的个人github关于以上代码的链接。

PhaseGo的一些图：

Phasego的输入文件参考文献：
Phasego: A toolkit for automatic calculation and plot of phase diagram

写在最后：
计算多组分高温高压相图是一个很大的计算工作，使用脚本省去繁琐重复工作和降低人为犯错率，但只有清楚脚本到底在干什么，为什么凑微分，如何检验势场文件的可信性，认真了解科学意义和物理过程才是更重要的。