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芥子纳须于.
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高通量计算分子动力学Lammps脚本,并自动接口PhaseGo绘制高温高压成分相图
实习时候针对中国钢研悬算项目写的一些脚本和接口,用以完成自动高通量修改Lammps输入文件和网格式提交,自动数据后处理得到声子态密度信息,自动数据格式转换传送给PhaseGo得到高温高压相图信息。脚本例子中默认的输入文件NVT名字为:in.BCC.FeNi-NVT势场文件的默认名字为:Fe-Ni.eam.alloy提交脚本名字为:lammps.slurm压强区间默认为:0~20Gpa温度默认区间为:10~2000K可以根据以上提供的关键字进行修改Step1:确定计算体系的NPT和NVT输入文原创 2021-09-18 18:54:16 · 1484 阅读 · 0 评论 -
在Jupyterlib中创建虚拟环境和对应的核
在Jupyterlib中创建虚拟环境和对应的核最近用的Jupyterlib比较多,虚拟环境频繁创建,写个笔记。conda create -n your_env_name python=3.8conda activate your_env_nameconda install ipykernelpython -m ipykernel install --user --name=your_env_namejupyter kernelspec listrestart发现环境新核已在候选区...原创 2021-09-18 18:20:02 · 264 阅读 · 0 评论 -
统计学在判断学生上网课情况中的应用
我导因为疫情等原因,今年的授课的凝聚态物理是在网上完成的。在师兄统计完上课的时长信息的细碎文件之后,我秉着好奇的态度,对数据进行了一个简单的可视化分析,先做了一个条形统计图和按照时长从长到短的排序沿x轴绘制散点图。汇总好的文件(out_(2).csv)的最后一列是处理好的总时长。%matplotlib inline%config InlineBackend.figure_format = 'svg'cd = pd.read_csv("./out_(2).csv")tm = cd.iloc[:,原创 2021-06-02 20:37:18 · 799 阅读 · 0 评论 -
Python处理PDF文件的合并与分离
胡兄今天早上突然问我会不会把pdf拆开和合并,原来是ren老师要提交文献列表之类的东西…我本着偷懒便捷的办法打开了搜索引擎,了解了一下相关软件,emmmmmmmmm,结果不是让付费就是2M以上文件不让打开,反正就是辣鸡的不行。早就知道Python有个库PyPDF2可以简单处理这些了…那就pip一下给他处理了这个需求比较简单,把一个PDF的首页末页成另一个PDF的封皮和末页from PyPDF2 import PdfFileReader, PdfFileWriter被拆开的叫检索结果扫描2021.原创 2021-03-09 10:28:10 · 260 阅读 · 2 评论 -
Scipy使用笔记
Scipy很强,无论是统计和数值计算都有超丰富的api,写本笔记方便以后自己翻阅。求解方程组from sympy import *from sympy.abc import x,y,a,b,c,dimport mathpi = math.piaa = solve([ (2*pi*x)**(-0.5) * (exp(-(0-y)**2/2*(x**2)) - 11 ) , (2*pi*x)**(-0.5) * (exp(-(1-y)**2/2*(x**2)) - 5 )],[x,y])prin原创 2021-02-24 21:07:14 · 166 阅读 · 0 评论 -
Python多进程多线程库快速使用demo
vasp版本5.4.4原创 2021-02-24 21:01:02 · 297 阅读 · 0 评论 -
ASE使用笔记(1)
ASE使用笔记ASE(Atomic Simulation Environment) is a set of tools and Python modules for setting up, manipulating, running, visualizing and analyzing atomistic simulations. The code is freely available under the GNU LGPL license.写在前面关于安装ASEASE的简介官网的第一个demo关于分子的一原创 2020-10-21 16:10:19 · 14937 阅读 · 6 评论