LAMMPS实例教程: In文件详解与Matlab

LAMMPS实例教程: In文件详解与Matlab

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款用于分子动力学模拟的开源软件包。它提供了丰富的功能和灵活的输入文件格式，使得用户可以轻松地定义模拟系统的参数和计算方法。本文将详细介绍LAMMPS的输入文件（In文件）的结构和语法，并提供一个使用Matlab生成LAMMPS输入文件的实例。

LAMMPS In文件的结构
LAMMPS的In文件由一系列命令组成，每个命令占据一行。命令可以分为设置命令、数据定义命令、计算命令和输出命令等不同类型。下面是一个简单的例子，展示了In文件的基本结构：

# 设置命令
units lj
dimension 3
boundary p p p

# 数据定义命令
atom_style atomic
read_data data.file

# 计算命令
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff 1 1 1.0 1.0

# 输出命令
thermo_style custom step temp press
thermo 100
run 1000

在这个例子中，首先使用设置命令设置了模拟系统的单位、维度和边界条件。然后使用数据定义命令定义了原子的类型和位置信息。接着使用计算命令设置了模拟系统的相互作用势函数和参数。最后使用输出命令定义了输出信息的格式和频率，并执行了模拟运行。

Matlab生成LAMMPS