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RSS订阅原创 高通量计算分子动力学Lammps脚本，并自动接口PhaseGo绘制高温高压成分相图
实习时候针对中国钢研悬算项目写的一些脚本和接口，用以完成自动高通量修改Lammps输入文件和网格式提交，自动数据后处理得到声子态密度信息，自动数据格式转换传送给PhaseGo得到高温高压相图信息。脚本例子中默认的输入文件NVT名字为：in.BCC.FeNi-NVT势场文件的默认名字为：Fe-Ni.eam.alloy提交脚本名字为：lammps.slurm压强区间默认为：0~20Gpa温度默认区间为：10~2000K可以根据以上提供的关键字进行修改Step1：确定计算体系的NPT和NVT输入文
2021-09-18 18:54:16
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原创 在Jupyterlib中创建虚拟环境和对应的核
在Jupyterlib中创建虚拟环境和对应的核最近用的Jupyterlib比较多，虚拟环境频繁创建，写个笔记。conda create -n your_env_name python=3.8conda activate your_env_nameconda install ipykernelpython -m ipykernel install --user --name=your_env_namejupyter kernelspec listrestart发现环境新核已在候选区...
2021-09-18 18:20:02
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原创 统计学在判断学生上网课情况中的应用
我导因为疫情等原因，今年的授课的凝聚态物理是在网上完成的。在师兄统计完上课的时长信息的细碎文件之后，我秉着好奇的态度，对数据进行了一个简单的可视化分析，先做了一个条形统计图和按照时长从长到短的排序沿x轴绘制散点图。汇总好的文件(out_(2).csv)的最后一列是处理好的总时长。%matplotlib inline%config InlineBackend.figure_format = 'svg'cd = pd.read_csv("./out_(2).csv")tm = cd.iloc[:,
2021-06-02 20:37:18
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原创 Python处理PDF文件的合并与分离
胡兄今天早上突然问我会不会把pdf拆开和合并，原来是ren老师要提交文献列表之类的东西…我本着偷懒便捷的办法打开了搜索引擎，了解了一下相关软件，emmmmmmmmm，结果不是让付费就是2M以上文件不让打开，反正就是辣鸡的不行。早就知道Python有个库PyPDF2可以简单处理这些了…那就pip一下给他处理了这个需求比较简单，把一个PDF的首页末页成另一个PDF的封皮和末页from PyPDF2 import PdfFileReader, PdfFileWriter被拆开的叫检索结果扫描2021.
2021-03-09 10:28:10
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原创 Scipy使用笔记
Scipy很强，无论是统计和数值计算都有超丰富的api，写本笔记方便以后自己翻阅。求解方程组from sympy import *from sympy.abc import x,y,a,b,c,dimport mathpi = math.piaa = solve([ (2*pi*x)**(-0.5) * (exp(-(0-y)**2/2*(x**2)) - 11 ) , (2*pi*x)**(-0.5) * (exp(-(1-y)**2/2*(x**2)) - 5 )],[x,y])prin
2021-02-24 21:07:14
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原创 VASP笔记之：计算德拜温度，杨氏模量，弹性矩阵
VASP笔记之：计算德拜温度，杨氏模量，弹性矩阵最近需要计算杨氏模量，但是上面三个量都是一起算出来的，so，一起记录一下笔记。使用版本为VASP5.4.4，为了方便计算使用的是vaspkit1.2.1软件辅助自动生成的脚本进行的计算，微信公众号：学术之友，原文链接为：这里下面我们以金刚石结构为例讲解如何采用应力-应变函数关系计算弹性常数，详见VASPKIT/examples/elastic/diamond_3D。由于金刚石具有立方晶体结构，一共有3个独立弹性常数C11、C12和C44 (不明白的请看原
2020-11-07 00:03:17
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原创 ASE使用笔记(1)
ASE使用笔记ASE(Atomic Simulation Environment) is a set of tools and Python modules for setting up, manipulating, running, visualizing and analyzing atomistic simulations. The code is freely available under the GNU LGPL license.写在前面关于安装ASEASE的简介官网的第一个demo关于分子的一
2020-10-21 16:10:19
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空空如也
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