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RSS订阅原创 【更新至 88 个】第一性原理计算 + 数据处理程序
【2】第一性原理计算 + 数据处理程序SMATool 程序：VASP + QE + 零温 + 有限温度 + 拉伸、剪切、双轴、维氏硬度的计算ElasTool v3.0 程序：材料弹性和机械性能的高效计算和可视化工具包VELAS 程序：用于弹性各向异性可视化和分析Phasego 程序：用于自动计算和绘制相图可视化软件 GDIS 软件：第一原理计算/VASP + 结构预测/USPEXVASPMATE：集成用户界面程序 + 高通量计算TRACK：使用 Kubo 计算相关电子系统传输特性的 Python 代码弹性各
2025-04-02 18:42:58
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原创 【更新至 64 个】第一性原理计算 + VASP + 数据处理程序
这些程序涵盖了现代材料模拟、分析与预测的多个关键领域，展示了从结构设计到性能计算的多样化技术手段，主要功能包括：
2024-11-20 08:29:09
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原创 【更新至 59 个】分子动力学模拟 + LAMMPS + OVITO + 数据处理程序
在当前分子动力学（MD）研究领域，各类高效且功能强大的软件工具已成为推动科学发现和技术进步的关键。我们将与分子动力学相关的程序进行了汇总，目前已达到59个，将会持续更新。
2024-11-17 15:02:30
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原创 【程序分享】express 程序：可扩展的高级工作流程，用于更快速的从头算材料建模
在这项工作中，我们介绍了一个开源的Julia项目express，这是一个可扩展的、轻量级的、高通量的高级工作流框架，旨在为材料科学界自动化从头计算。express附带了经过充分测试的工作流模板，包括结构优化、状态方程(EOS)拟合、声子谱(晶格动力学)计算以及准谐波近似(QHA)框架下的热力学性质计算。它被设计成高度模块化，因此其组件可以在各种场合重用，并且可以在此基础上构建定制的工作流。借助express提供的数据沿袭功能，用户还可以实时跟踪工作流的状态，并重新运行失败的作业。”——取自文章摘要。
2024-09-15 08:55:04
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原创 【文献分享】Comp. Mater. Sci. ：MD 研究纳米晶Ni和FeCoCrNi高熵合金长时间辐照过程中缺陷的产生和积累
【文献分享】Comp. Mater. Sci. ：MD 研究纳米晶Ni和FeCoCrNi高熵合金长时间辐照过程中缺陷的产生和积累
2024-09-15 08:53:41
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原创 【文献分享】J. Phys. Chem. C：机器学习模型的结构嵌入方法加速堆叠二维材料的研究
【文献分享】J. Phys. Chem. C：机器学习模型的结构嵌入方法加速堆叠二维材料的研究
2024-09-13 16:08:27
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原创 【程序分享】Warren Cowley Parameters 程序：表征短程有序的化学基序
【程序分享】Warren Cowley Parameters 程序：表征短程有序的化学基序
2024-09-13 16:07:31
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原创 熔化温度 + 超导电性 + 电子化合物 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 程序分享
往期内容主要涵盖： 熔化温度 + 超导电性 + 电子化合物 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 程序分享
2024-09-13 16:02:06
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原创 快速检索【往期内容】：文献速递 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 程序分享
往期内容主要涵盖： 熔化温度 + 超导电性 + 电子化合物 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 程序分享
2024-06-30 17:56:36
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原创 快速检索【往期内容】：文献速递 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 程序分享
往期内容主要涵盖：熔化温度+超导电性+电子化合物+分子动力学模拟+第一性原理计算+程序分享
2024-06-30 17:53:41
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原创 微信公众号【原子与分子模拟】： 熔化温度 + 超导电性 + 电子化合物 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 数据处理程序
往期内容主要涵盖： 熔化温度 + 超导电性 + 电子化合物 + 分子动力学模拟 + 第一性原理计算 + 数据处理程序【1】熔化温度 + 分子动力学 + LAMMPS 相关内容【文献分享】分子动力学模拟 + LAMMPS + 熔化温度 + 晶体缺陷 + 熔化方法LAMMPS 文献：金属熔化行为的局域原子结构模拟与分析LAMMPS 文献：9 种熔化温度模拟方法的总结与比较（三）：两相方法、单相方法以及缺陷方法LAMMPS 文献：使用两相法计算熔化温度的软件（二）LAMMPS 文献：使用两相法自动计算熔化温度的软
2024-05-31 12:10:05
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原创 【脚本分享】LAMMPS 计算熔化温度 ：单相法 + 孔洞法 + 两相法
此脚本设置了一个简单的金属材料（铝）的系统，并使用嵌入原子法（EAM）势函数。根据输出的温度和能量数据，可以进一步分析和确定材料的熔化温度。请注意，根据具体材料和势函数的不同，实际使用的参数可能需要调整。如果你有具体的材料和势函数需求，建议查看相关的LAMMPS文档和示例文件以获取更详细的信息。使用LAMMPS计算熔化温度的两相法是一种常见的模拟技术，它利用固-液共存的方法来确定材料的熔点。孔洞方法涉及在材料中创建孔洞，并观察孔洞周围的原子行为来确定材料的熔化温度。用于计算材料的熔化温度。
2024-05-31 12:08:16
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原创 【程序分享2】LAMMPS + OVITO + 晶体缺陷识别 + 点缺陷 + 分子动力学模拟
对系统中的每个原子进行后处理，这大大降低了存储需求。通过适当选择参考晶格，可以从输出中消除。——一类是计算型，一类是转储型——旨在。”——取自文章摘要。
2024-04-26 21:01:22
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原创 【程序分享1】LAMMPS + OVITO + 晶体缺陷识别 + 点缺陷 + 分子动力学模拟
的分析起着关键作用。对于面心立方（fcc）金属，大多数现有的结构分析工具允许直接区分。提供现成的Python脚本【http://ovito.org】。”——取自文章摘要。它使用现有的结构分析算法并结合其结果来。通过与原子邻域中的缺陷进行迭代比较，文章题目、文章链接、附件下载）为广泛使用的可视化工具。
2024-04-26 21:00:00
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原创 【程序分享】CMS：图神经网络 + 形状记忆合金 + 马氏体变体 + 识别方法
目前的工作成果预计将加快 SMA 及相关材料的原子研究步伐。”——取自文章摘要。通过对训练数据集中未出现的情况的应用，例如。
2024-04-24 23:19:36
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原创 【程序分享】SPaMD studio 程序：（VASP + LAMMPS） 原子建模、模拟、分析和可视化的集成平台
这为其在目标原子模拟中的潜在应用提供了指导和信心。”——取自文章摘要。此外，定制建模系统通过全面的工作流程实现选择和操作的。为了便于处理和模拟，为SPaMD设计了一个。（如纳米结构、位错和裂纹模型）以及。为了展示该平台的效率和功能，模块化建模系统提供了。
2024-04-23 22:53:17
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原创 【文献分享】Materials Today Physics： 富氢化合物 + 超导电性 + 第一性原理 + 分子动力学
特别是 CaThBeH（5 GPa 下为 124 K）、ThLaBeH（10 GPa 下为 134 K）、LaAcBeH（20 GPa 下为 135 K）和 AcLaBeH（20 GPa 下为 153 K） 20 GPa）在温和压力下表现出。的有希望的候选者而受到广泛关注，然而，稳定此类材料所需的高压阻碍了它们的广泛实际应用。，这些四元氢化物在实验可接受的压力范围（50 GPa 以上）内保持。，并将进一步推动相关探索。”——取自文章摘要。在 20 GPa 下动态稳定的。，我们通过首先研究了。
2024-04-22 23:49:10
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原创 【程序分享】AADIS 程序：位错特征和分布的原子分析平台
该程序已经实现了位移矢量分析（DVA）、原子应变张量分析（STA）、微分位移分析（DDA）、滑移矢量分析（SVA）、面间失配分析（IDA）和奈张量分析（ NTA）。在这些功能中，该程序的一个具体实现包括扩展。表征双晶界面处的错配位错。自动功能为批量原子配置的特定原子分析提供了高通量解决方案。: 表征和可视化用于分子动力学 (MD) 模拟的原子构型中的位错，（文章题目、文章链接、附件下载）”——取自文章摘要。
2024-04-22 23:47:12
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 电导率 + 微观结构
包含混合Si和P玻璃形成体的玻璃态SEs (GSEs)因其合成工艺和防止锂枝晶生长的能力而特别有前途。，为3.6 mS/cm。三元玻璃的电导率为2.6毫秒/厘米，介于两者之间。,专为硫化锂基GSEs量身定制，能够探索它们的结构特征，机械性能和锂离子电导率。，为2.1 mS/cm，而75 li2s–25p2s 5组合物显示出。我们的发现揭示了这些玻璃中Si和P的。，在三元Li2S–sis 2–p2s 5组成中混合了角。本研究中开发的ML-FF为探索广谱固态和混合前。与DFT和实验工作相比，我们的模拟在。
2024-04-17 19:51:20
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原创 【程序分享】PyProcar 程序：用于电子结构预处理/后处理的 Python 库
具有为 ak − 网格中的每个 k 点和每个带评估的特定属性的文件可用于投影其他属性，例如。在费米面的情况下，该软件包能够根据其他属性（例如电子速度或自旋投影）绘制带有。另一个现有特征是指将超胞计算带展开为预定义的单位胞。”——取自文章摘要。这可以在任何电子结构代码之上执行，只要波段和投影信息以。计算中为布里渊区和能带中的每个 k 点获得的。这个包特别适合将原子效应理解为。
2024-04-17 12:08:27
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原创 【文献分享】PCCP：机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 热学性质 + 微观结构
在纳米空间尺度和纳秒时间尺度上实现了不同配方的DP在熔融Flibe + LaF 3上的。无法捕捉非均质熔盐的精确局部结构和可靠的热物理性质。，系统研究了多种熔融Flibe + x LaF的。如图3所示，研究了这些性质与LaF 3浓度之间的。，从而降低熔盐反应堆的运行效率和安全性。“镧系裂变产物的积累可能会改变核燃料载体盐。”——取自文章摘要。
2024-04-17 12:06:42
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原创 【程序分享】bopcalc 程序：一种评估分子动力学模拟中键序参数的高效方法（二）
我们的方法利用球谐函数和 Wigner 符号的特性来减少 BOP 表达式中的项数，并采用归一化关联勒让德多项式和三角函数的同时插值来显着减少算术运算的总数。使用真实的测试用例，我们展示了上述方法与 CPU 缓存友好的数据结构相结合，如何使当前使用的方法性能。，具体取决于插值网格的大小和使用的机器. 由于所提出的方法是一种近似方法，因此我们证明它引入的错误是良好的、可控的并且对于实际网格大小基本上可以忽略不计。”——取自文章摘要。“ 我们提出了一种新颖、高效的方法来评估。
2024-04-16 19:14:26
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原创 【文献分享】PHYSICAL REVIEW B ：超导 + 间隙电子 + 拓扑结构 + 电子化合物超导体
这种机制在 Pm-3m Li8H4 中得到了突出的体现，其 Tc 为 40.3 K，其中的锂原子表现出压缩和拉伸振动，诱发了 IAE 的二聚化和最强的局部 EPC 相互作用。我们应用第一原理结构搜索计算预测了新的高压锂-砷化物，如 P6/mmm LixAs（x=5 和 8）、具有 Cmc21 和 C2/c 对称性的 Li6As 以及 C2/mLi10X（X=As 和 Sb），它们与已知的 C2/mLi10Te 化合物一起呈现出有利的特性（即。具有不同的形态和浓度，可诱发有趣的物理和化学特性。
2024-04-16 19:11:55
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原创 【文献分享】Journal of Physical Chemistry C ：通过更好的实践提高机器学习原子间势的质量和可靠性
我们还建议有用的绘图实践和分析，以验证和增强对已部署模型的信心。最后，我们提供了一份分步清单，供从业人员在发布之前直接使用，以标准化要报告的信息。总的来说，我们希望我们的工作能够鼓励。，这将加速它们在材料科学、化学和生物学等各个学科中产生积极影响的能力。”——取自文章摘要。的最新发展甚至使非机器学习专家也能够训练 MLIP 以。，阻碍了 MLIP 结果的。在本视角中，我们的目标是。
2024-04-15 19:31:48
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原创 【程序分享】AACSD 程序: 用于晶体结构和缺陷的原子分析平台
该程序不仅实现了多余势能（EPE）、中心对称参数（CSP）、公共邻域分析（CNA）、公共邻域参数（CNP）、键角分析（BAA）等传统过滤方法，和邻居距离分析（NDA），以及新开发的包括修正的中心对称参数（m-CSP）、取向成像图（OIM）和局部晶体取向（LCO）。，每个相都可以独立分析，这提供了一种独特的途径来实时捕捉各种缺陷的动态演变。在本文中，我们不仅全面概述了各种理论方法及其在 AACSD 程序中的实施，还提供了一些批判性评估、特定测试和应用，展示了该程序在每个功能上的能力。”——取自文章摘要。
2024-04-15 19:26:41
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原创 【程序分享】bopcalc 程序：一种评估分子动力学模拟中键序参数的高效方法（二）
我们的方法利用球谐函数和 Wigner 符号的特性来减少 BOP 表达式中的项数，并采用归一化关联勒让德多项式和三角函数的同时插值来显着减少算术运算的总数。使用真实的测试用例，我们展示了上述方法与 CPU 缓存友好的数据结构相结合，如何使当前使用的方法性能。，具体取决于插值网格的大小和使用的机器. 由于所提出的方法是一种近似方法，因此我们证明它引入的错误是良好的、可控的并且对于实际网格大小基本上可以忽略不计。”——取自文章摘要。“ 我们提出了一种新颖、高效的方法来评估。
2024-04-13 11:48:36
358
原创 【程序分享】MD2D 程序：用于从分子动力学模拟中准确测定扩散系数的 python 模块
我们的研究表明，弹道阶段可以被清晰地识别和排除，从而提高自扩散系数计算的准确性和效率。通过对不同时间间隔计算的扩散系数进行集合平均，可以方便地获得正确的自扩散系数及其不确定性。同时，该模块还能计算粘度，将 MD 导出的自扩散系数修正到热力学极限。”——取自文章摘要。“通过将均方位移（MSD）拟合到爱因斯坦关系中，可以从分子动力学（MD）模拟中推导出自扩散系数。，需要对其进行估算。我们提出了一个 python 模块，以方便根据爱因斯坦关系准确确定。
2024-04-13 11:47:09
661
原创 Helical Content Correlations and Hydration Structures of the Folding Ensemble of the B Domain of Pro
题目：Helical Content Correlations and Hydration Structures of the Folding Ensemble of the B Domain of Protein A。
2024-04-12 20:11:37
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原创 TPMD 程序：利用分子动力学轨迹研究速率过程并进行温度编程分子动力学计算的工具包
此外，该工具包可以使用程序升温 MD (TPMD) 方法研究罕见的动力学。讨论了用两个原型系统获得的结果，即 LiFePO 4 中的Ag 三聚体扩散和 Li 扩散，以说明该工具包的应用。”——取自文章摘要。中的状态到状态转换所需的一组基本组件。该工具包可用于 (a) 确定系统的长期状态，(b) 通过列出参与跃迁的原子确定从一种状态跃迁到另一种状态的机制，以及 (c) 计算与。“ 以工具包的形式提供了分析。的动力学参数过程，例如，
2024-04-12 20:07:37
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学（LAMMPS 输入文件）+ 第一性原理 + 热学性质 + 动力学性质
目前还没有可用的实验数据。由此，我们通过报告熔融 LiCl-KCl 系统中众所周知的 Chemla 效应来验证 NNP。我们进一步利用 NNP 通过固液共存模拟来预测 LiCl-KCl 系统的相图。反应堆和聚光太阳能的熔盐可能具有挑战性。根据本文报告的结果，NNP 表现出显着的准确性，NNP 的可靠性得益于严格的训练数据获取方法，其中涵盖了纯。据观察，NNP 合理地再现了熔融 LiCl/KCl 盐在。此外，NNP 用于计算熔融 LiCl-KCl 盐的。“由于实验数据有限，优化。”——取自文章摘要。
2024-04-11 16:15:16
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原创 【文献分享】Crystal-to-glass transition in multicomponent alloys under high strain rates
Crystal-to-glass transition in multicomponent alloys under high strain rates
2024-04-10 17:10:12
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原创 【文献分享】分子动力学模拟 + LAMMPS + 熔化温度 + 晶体缺陷 + 熔化方法
这些文献主要聚焦单相方法、过热–过冷方法、Z方法、修正Z方法、孔洞方法、修正孔洞方法、两相方法、夹层方法以及修正两相方法的准确性和高效性展开了系统比较。将上述熔化模型归为完美晶体、缺陷晶体以及固–液界面三类。
2024-04-10 17:07:42
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