生物化学(实验流程) PCR : 植物提取RNA & 电泳评估RNA纯度

RNA提取

一、实验步骤总览

在这里插入图片描述

  • 注:视频使用的是TRIzol/三氯仿法,其他常见RNA 提取方法如下:
类型适用样本原理特点
TRIzol/三氯仿法广泛(动物、植物、细菌)酚-氯仿分相价格低、产量高,操作需小心毒性
柱式提取法(Spin Column)常用于动物组织、细胞吸附纯化快速简便、重复性好
磁珠法(Magnetic Beads)临床样本、自动化提取核酸吸附磁珠自动化友好、适合高通量检测
植物专用提取包含多糖、多酚的植物改良裂解液抗污染能力强,防 RNA 降解
病毒 RNA 提取包血清、拭子等低 RNA 样本高灵敏磁珠或柱法可用于 RT-qPCR 检测病毒 RNA,如新冠、流感等
二、工具和耗材
  • R1-600 总 RNA 提取试剂箱
  • RNA 专用离心筒(DEPC 处理)
  • RNA 专用枪头和移液枪
  • RNA 专用研磨棒和研磨针
  • 无 RNase 清洗副耗品(比如 RNA Zap)
  • 液氧,无水乙醇,75% 乙醇(DEPC 处理水配笔)
  • 漏水槽,风扇等
  • 雪光积存器,4℃ 和 -80℃ 冷冻箱
三、操作流程
清洗清除
  1. 研磨棒、研磨针和钥匙用无水乙醇洗净,烧亮焰消毒,消除 RNase 溃染;
  2. 清洗完成后,将工具预冷至液氧温度。
预备和研磨
  1. 将植物样品放入研磨针,加入液氧,硬化样品;
  2. 带上棉手套,快速研磨,注意全程保持低温,随时补充液氧,防止 RNA 降解;
RNA 提取
  1. 快速转移至离心筒,加入1 mL RNA 提取试剂,混合,带套需要先冷藏;
    在这里插入图片描述

  2. 应用 200 μL 氯仿(或替代物),先混合,然后等待 3 分钟,进行离心:12,000 rpm,4℃,10 分钟;

  3. 将上层 RNA 水相小心吸取,907 移入新筒,加入等体积异体酒,混合,离心:12,000 rpm,10 分钟;
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  4. 置换上清液,添加 75% 乙醇,重复离心:12,000 rpm,5 分钟;
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  5. 打开筒盖,吸出乙醇(注意,不要吸到底下的白色沉淀),风扇吹干,确保乙醇全部振去;

  6. 加入 30 μL RNase-Free 水,混合溶解 RNA,筒保 4℃ 短期存放,-80℃ 长期存放。

RNA 电泳

凝胶准备

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样品准备

  • 在RNA样品中加入RNA Loading Buffer。

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加样与电泳

  • 将凝胶放入电泳槽,加入足够的电泳缓冲液覆盖凝胶。
  • 用微量枪向凝胶加样孔中缓慢加样。
  • 一般每孔上样 0.5~2 μg RNA。
  • 同时上RNA Marker(如RiboRuler RNA Ladder)。

检测RNA完整性\评估RNA纯度

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  • 这是因为真核细胞中的核糖体RNA(rRNA)在细胞中的天然比例所决定的,RNA中大部分都是rRNA,主要有以下几种:
rRNA种类大小(真核)归属主要功能
28S rRNA~5000 nt大亚基(60S)蛋白合成
18S rRNA~1900 nt小亚基(40S)蛋白合成
5.8S rRNA~160 nt大亚基(60S)蛋白合成
5S rRNA~120 nt大亚基(60S)蛋白合成
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