ChIP-seq染色质图谱检测方法的局限性及改善方式

最新推荐文章于 2025-07-01 10:30:49 发布
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ChIP-seq是最广泛使用的染色质图谱检测方法，但有很大的局限性，具体表现为：

ChIP-seq染色质图谱检测方法的局限性及改善方式

1.高细胞需求量；

2.低吞吐量；

3.技术困难；

4.高成本，深度测序；

5.数据质量差，变量大

CUT&RUN和CUT&Tag检测法正在取代ChIP-seq

简化的工作流程跳过了ChIP-seq实验法中的挑战性步骤，包括染色质片段化和抗体pull down，用更少的细胞和测序读数得到更佳的数据。

ChIP-seq染色质图谱检测方法的局限性及改善方式

具体变现为：

1.低细胞需求量；

2.高吞吐量；

3.操作流程更简易；

4.低成本，测序读取次数更少；

5.数据质量可靠，重复性好

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CUT&Tag：引领新一代ChIP-Seq技术革命
NOVOPROTEIN的博客
08-05 1403
近岸蛋白质开发了ChiTag酶和CUT&Tag技术。CUT&Tag是一种革命性的新技术，它不需要甲醛交联和免疫共沉淀，即可特异性的将目的蛋白附近的DNA片段直接连上接头并打断，进行高通量测序。该方法可一管式高通量应用，或在单细胞研究中使用。该方法使用了ChiTag酶，可以在打断基因组的同时加上接头，不需要繁琐的补平加A加接头，并且可在一天内完成从细胞到测序文库制备全流程。
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
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09-04 1万+
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
ChIP-Seq 常见问题解答
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11-08 1022
关于ChIP-Seq 染色质免疫共沉淀（ChromatinImmunopreciption，ChIP）是研究蛋白质-DNA相互作用的经典实验方法，ChIP 与高通量测序的结合（ChIP-Seq）可以在全基因组范围内对蛋白质结合位点进行高效而准确地筛选与鉴定，广泛应用于组蛋白修饰、转录因子调控等相关领域的研究。 但是在现实中经常会收到咨询ChIP具体实验设计和操作的技术咨询。今天科技君就整理出一些在做ChIP实验中困扰老师和同学们的共性问题，制成以下这篇ChIP-Seq实验“干货帖”。 ...
染色质调控区域的研究：对CHIP-seq和ATAC-seq发展的深入思考
E_gene的博客
12-03 4561
摘要 染色质调控区域在许多疾病过程和胚胎发育中起着关键作用。表观基因组测序技术，如染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq)和转座酶开放染色质高通量测序(ATAC-seq)，使我们能够通过检测特定的染色质状态及其相应的转录因子，在时间和空间维度上剖析细胞和组织的基因组调控格局。随着染色质免疫共沉淀芯片(CHIP-chip)技术的发展，大量的表观基因组分析技术已经出现，如CHIP-seq、DNase I超灵敏位点测序(DNase-seq)、ATAC-seq等。单细胞测序的出现使下一代测序发生了革命性的变化，在单
MNase-seq
大甘的博客
02-20 1467
MNase-seq（Micrococcal Nuclease Sequencing，微球菌核酸酶测序）是一种用于研究。
DAP-seq（DNA亲和纯化测序）
Bluescape的博客
04-14 609
无需特异性抗体，无需转基因材料，物种不限（动物，植物，微生物），高通量检测转录因子在全基因组的结合位点
转录调控研究技术之：DNA亲和纯化测序（DAP-seq）
Bluescape的博客
06-30 1732
传统的染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）方法，在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。2016年，O'Malley RC等人在Cell上发表了使用DAP-seq技术，快速绘制转录因子调控靶向DNA区域的顺反组和表观组图谱的文章。DAP-seq技术不仅可以用于模式物种的研究，同样适用于非模式物种，尤其是植物。因此，DAP-seq技术的出现，使TFBS的研究不再局限于任何生物，不再受抗体质量的限制，为生命科学领域转录因子的研究提供了新型高效的工具。DAP-seq技术流程图。
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
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11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
易基因：Sci Adv：WGBS+ChIP-seq揭示DNA甲基化在异基因造血干细胞移植后延迟血小板恢复中的关键作用 | 项目文章
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langchain4j-ollama-spring-boot-starter-1.0.0-beta4.jar中文文档.zip
07-26
1、压缩文件中包含： 中文文档、jar包下载地址、Maven依赖、Gradle依赖、源代码下载地址。 2、使用方法： 解压最外层zip，再解压其中的zip包，双击 【index.html】 文件，即可用浏览器打开、进行查看。 3、特殊说明： （1）本文档为人性化翻译，精心制作，请放心使用； （2）只翻译了该翻译的内容，如：注释、说明、描述、用法讲解 等； （3）不该翻译的内容保持原样，如：类名、方法名、包名、类型、关键字、代码 等。 4、温馨提示： （1）为了防止解压后路径太长导致浏览器无法打开，推荐在解压时选择“解压到当前文件夹”（放心，自带文件夹，文件不会散落一地）； （2）有时，一套Java组件会有多个jar，所以在下载前，请仔细阅读本篇描述，以确保这就是你需要的文件。 5、本文件关键字： jar中文文档.zip,java,jar包,Maven,第三方jar包,组件,开源组件,第三方组件,Gradle,中文API文档,手册,开发手册,使用手册,参考手册。
【人工智能竞赛】Dify Hackathon创意赛：AI技术与多元领域创新应用的深度探索与实践Dify Hackathon
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内容概要：本文介绍了Dify Hackathon创意赛，探讨了在AI浪潮下如何通过创新和实践推动技术进步。Dify平台作为大模型应用开发平台，融合了Backend as Service与LLMOps理念，支持多模态模型和可视化Prompt设计，降低了AI应用开发门槛。Hackathon模式鼓励跨领域合作和快速迭代，参赛项目涵盖知识库、金融、健康、娱乐等多个领域。亮点项目包括“AI迪生：猫咪云养游戏”，通过AI agent提升云养宠体验；“社交骇客：AI时代的Facebook”，利用AI匹配志同道合的好友；“AI康复：AI口语康复”，帮助听障群体进行个性化口语训练；“ReadKnown知了阅读”，作为个人知识助手提升阅读效率。评委强调了技术与创意的平衡，以及项目市场和社会价值的重要性。开发者们对Dify平台的高度评价，展示了其在AI应用开发中的强大支持作用。 适合人群：对AI技术感兴趣的研发人员、创业者、产品经理、设计师等。 使用场景及目标：①了解AI技术在不同领域的应用场景和潜力；②学习如何利用Dify平台快速开发AI应用；③探索AI创新项目的市场和社会价值。 其他说明：Dify Hackathon创意赛不仅展示了AI技术的广泛应用，还强调了跨领域合作和快速迭代的重要性，为未来的AI应用开发提供了宝贵经验和启示。
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