CUT&Tag：引领新一代ChIP-Seq技术革命

原创 已于 2022-04-04 01:44:57 修改 · 1.4k 阅读 · 3 ·
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#Chip-Seq #NGS #Cut&Tag #ChiTagase

于 2019-08-05 01:30:16 首次发布

编者按：CUT&Tag，一天完成实验，一周做完研究，革命性技术代替ChIP-Seq势不可挡！
ChIP-Seq是研究细胞内蛋白与DNA互作的重要工具，能在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。然而，由于ChIP的交联作用/免疫共沉淀的局限性，ChIP-Seq实验需要大量细胞，而实验重复性差，低信号、高背景等缺点，往往辛苦培养了很久的细胞，挥霍一空后得到大堆无意义的数据，再次实验又得到不一样的无意义数据……
为了克服ChIP-Seq的缺陷，近岸蛋白质开发了ChiTag酶和CUT&Tag技术。CUT&Tag是一种革命性的新技术，它不需要甲醛交联和免疫共沉淀，即可特异性的将目的蛋白附近的DNA片段直接连上接头并打断，进行高通量测序。该方法可一管式高通量应用，或在单细胞研究中使用。该方法使用了ChiTag酶，可以在打断基因组的同时加上接头，不需要繁琐的补平加A加接头，并且可在一天内完成从细胞到测序文库制备全流程。
CUT&Tag方法原理
CUT&Tag与ChIP-Seq的相同点是都需要使用抗体，特异性结合目的蛋白。不同点在于：ChIP-Seq使用甲醛交联蛋白与DNA，并用超声打断DNA，再免疫共沉淀用ProteinA将抗体富集，这些繁琐的步骤中途会大量损失样本和信息，并造成高背景噪音；而CUT&Tag使用的ChiTag是ProteinA蛋白与Tn5转座酶的融合蛋白，ProteinA蛋白可在细胞内直接结合抗体（抗体结合在目的蛋白上），连带的Tn5转座酶将切割目的蛋白附近的DNA序列，并将DNA片段连上测序用接头（图1），PCR之后可直接用于高通量测序。
ChiTagase效果
图2 应用实例：低背景高信号的ChiTag
通过实验对比可见使用ChiTag的CUT&

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CUT&Tag-蛋白质-DNA互作关系研究的新工具
muhamuha2020的博客
08-11 769
ChIP-Seq相信很多老师已经很熟悉了，然而在做ChIP-Seq实验时，甲醛交联的效果，抗体的选择，超声的效果等因素都很大地影响了实验的成功率，您是否也在为此苦恼呢？下面派森诺生物就带大家了解一下ChIP-Seq的“升级版”- CUT&Tag，相较于传统的ChIP-Seq， CUT&Tag将繁复的ChIP-Seq变成更为便捷简单的操作，为研究DNA-蛋白质相互作用提供了更为有效的工具。 1.CUT&Tag 是什么？ CUT&Tag 是蛋白质-DNA 互作关系研究的新方法，能
Deepseek问答：我有一个表观方向的课题，如何选择ChIP-seq,CUT&Tag，ATAC-seq等技术
Igenebook的博客
02-14 1175
通过抗体富集与特定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）结合的DNA片段，进行测序分析。适用场景：研究特定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）在基因组上的结合位点。需要高分辨率的蛋白质-DNA相互作用图谱。样本量充足（通常需要数百万细胞）。
cut&tag和chip-seq的区别？
zengwanqin的博客
01-08 2655
cut&tag和chip-seq的区别？ATAC-seq？
深度剖析CUT & Tag技术，精准操控基因组的革命性工具
最新发布
Orange_Yang123的博客
06-23 988
从ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）到CUT & RUN（靶向切割和标记），再到近年来闪耀登场的Cut & Tag（靶向切割和转座酶标记），科研人员操控和解析基因组特定区域的能力正经历着革命性的跃升。其中Cut & Tag以其独特的设计理念和卓越的性能，正迅速成为表观基因组学和基因调控研究领域的明星技术。
干货 | 探索CUT&Tag：从样本到文库，实验步步为营！
Igenebook的博客
04-07 4537
如果有多个CUT&Tag样本处理，为了确保反应的一致性和准确性，建议首先在单个1.5-2 mL离心管中批量处理所有反应需要的ConA磁珠，之后再将磁珠分装到8连排的PCR管中，这样可以确保每个样本中磁珠的数量和活性保持一致，从而提高实验结果的可比性和可靠性。相比于传统的ChIP-seq技术，CUT&Tag反应在细胞内进行，创新性地使用了ProteinA/G-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终通过结合NGS实现靶蛋白结合位点的精准定位。
玩转表观，单细胞CUT&Tag技术介绍
Igenebook的博客
11-15 1342
最终，对测序后的文库进行生物信息学分析，良好的单细胞CUT&Tag数据特征表现为理想的细胞捕获量、有着与核小体分布一致的规律，包括单核小体、双核小体和三核小体的捕获、在每个细胞中捕获的unique fragments数量应足够多、有较好的分群效果能够区别不同的细胞类型、能够揭示细胞状态的多样性等。传统的CUT&Tag通常是在大量细胞中进行实验，可能掩盖了细胞间的异质性，虽然CUT&Tag理论上也可以实现单个细胞层面的解析，但是由于通量的限制和实验操作的难度也并未得到很好的推广和应用。
CUT&Tag技术简介
m0_71218711的博客
01-07 2391
CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）技术是一种用于细致地研究蛋白质与DNA相互作用的方法，特别适用于研究转录因子、组蛋白修饰等蛋白质在基因组上的精确结合位置。
ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析
wx1871428的博客
07-08 3634
1 ChIP-Seq技术 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制（data_assess） 2.3 比对到参考基因组（mapping_analysis） 2.4 搜峰（Peak_calling） MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释（Peak_anno） ChIPseek.
ChIP-seq、CUT&Tag和DAP-seq技术的差异点在哪里？
09-09
ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）和CUT（染色质核苷酸可及性测序）是两种在研究染色质调控方面广泛使用的测序技术。 ChIP-seq是通过免疫沉淀染色质中特定蛋白质结合的DNA片段，并使用高通量测序技术对其进行测序。...
chip-seq全流程
2302_80012625的博客
09-12 1970
以上内容涵盖了从 GTF 文件处理、检测基因的可变剪切、提取最长转录本，到测序数据的过滤和质控、比对到参考基因组、处理 BAM 文件，以及最终的可视化操作。这些步骤帮助你一步步优化数据质量，为下游分析奠定坚实基础。如有进一步的学习内容或问题，欢迎继续分享。
使用ChIPSeeker进行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因组注释
微生信
02-28 2583
常规的下一代高通量测序（next generation sequencing, NGS）实验通常产生大量短片段(reads)，通常我们需要将这些reads比对到参考基因组/转录组上，即将它们置于生物学上有意义的基因背景下，才能获得有意义的结果。一般我们认为会产生两种类型的数据（当然两者并无严格意义上的区分）
CUT&Tag+RNA-seq关联分析的 5 个套路
Igenebook的博客
03-07 3859
CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。图：在MET基因座位上，叠加显示了CUT&Tag、ChIP-seq和RNA-seq的轨迹，展示了SET、CDK9、PP2A-A、PP2A-C和Pol II在染色质上的占据情况，以及在对照组和SET-KO细胞中的mRNA表达情况[2]
Cut&Tag-Seq
大甘的博客
12-12 1100
（Cleavage Under Targets and Tagmentation Sequencing）是一种结合抗体标记、限制性酶切和高通量测序的表观基因组学技术，用于检测染色质修饰和蛋白质-DNA相互作用。Cut&Tag-Seq基于目标蛋白特异性抗体的结合，通过将DNA片段化并直接准备测序文库，实现蛋白质结合位点或表观修饰的高分辨率检测。Cut&Tag-Seq的出现为表观遗传学研究提供了革命性的工具，其高效、低背景和广泛适用性使其成为研究染色质状态和基因调控机制的首选方法之一。
CUT&Tag与ATAC-seq联手，解析表观遗传机制
Igenebook的博客
03-20 3300
CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域，并在这些序列的两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。，即哪些区域对转录因子和其他调控蛋白是可及的，它可以用于研究基因调控网络、细胞类型特异性的染色质状态以及疾病状态下的表观遗传变化。，可以提供更详细的蛋白-染色质相互作用信息，有助于深入理解蛋白在基因调控中的具体作用机制；
一文速览 CUT&Tag 技术！
Bluescape的博客
05-12 521
在表观遗传学的研究领域中，蛋白质与 DNA 的相互作用一直是探索基因表达调控奥秘的关键所在。而 CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）技术，即靶向切割与转座酶技术，作为一种高效的研究手段，正逐渐成为众多科研人员的得力助手。与ChIP-seq相比，在相同Reads条件下，两者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。通过研究疾病相关蛋白质与 DNA 相互作用的异常变化，揭示疾病发生发展的分子机制，为疾病诊断和治疗提供新的靶点和思路。
ChIP-seq
大甘的博客
12-20 1157
ChIP-seq，全称 Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，是一种结合染色质免疫共沉淀（ChIP）技术与高通量测序（NGS, Next-Generation Sequencing）的分子生物学技术。它被广泛应用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用，包括转录因子结合位点、染色质修饰区域等，从而揭示基因表达调控和表观遗传机制。ChIP-seq 是研究基因调控和表观遗传学的重要工具，为揭示基因组功能提供了强有力的支持。
ChIP-seq or CUT&Tag，谁能hold住蛋白质与DNA互作主战场？
Igenebook的博客
05-08 1713
ChIP-seq实验中会受到甲醛交联，超声打断及免疫沉淀效率的影响，整体的重复性和信噪比较CUT&Tag要低一些，为追求更高质量的分析结果，通常会采用较高的测序深度弥补实验中的缺陷。其次，ChIP-seq 和 CUT&Tag的实验过程也会有较大的差异。总之，ChIP-seq和CUT&Tag各有千秋也也互为补充，在特定研究情境下灵活运用ChIP-seq与CUT&Tag这两种强大的工具，不仅能够提高研究效率，降低成本，还能确保数据的准确性和可靠性，能够极大促进我们对基因调控、表观遗传学及细胞功能等领域的理解。
探秘表观遗传研究：DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq，谁才是你的科研“神器”？
Bluescape的博客
05-19 905
DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq四种技术在表观遗传研究中各展所长，其原理、特点与适用场景各异，我们需要结合具体研究需求和条件，才能做出合适的选择。欢迎感兴趣的同学前来咨询！
graphpad细胞增殖曲线_肿瘤干细胞？居然被这两个新加坡人轻松干掉了？
weixin_39611413的博客
01-02 456
近日，著名医学期刊《自然•医学》上发表了一篇关于肿瘤干细胞的文章。来自新加坡的研究团队发现，人类非小细胞肺癌的肿瘤干细胞需要大量的蛋氨酸，以维持自身组蛋白的甲基化，这对于肿瘤干细胞的生长和致瘤作用至关重要。同时，研究人员还发现，抑制蛋氨酸循环上的关键酶，可以大幅抑制肿瘤干细胞的生长和肿瘤的形成，且效果远好于现在治疗非小细胞肺癌的前线药物——顺铂。肿瘤干细胞是什么？传统观念认为，肿瘤是由体细胞突变而...
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