2021-10-04

最新推荐文章于 2024-09-20 19:37:17 发布
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分类专栏： 分子动力学 文章标签： bash
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版权

CentOS 7安装Packmol

  1. 安装方法：
tar -xvzf packmol.tar.gz
cd packmol
make
  1. 如提示找不到编译器：
chmod +x ./configure
./configure /path/to/your/compiler/yourcompiler
make
  1. 如出现类似.rodata' can not be used when making a PIE object; recompile with -fPIC的错误提示：
make -no-pi

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lammps教程：聚合物压缩，避免“bond atoms missing”
lammps_jiayou的博客
04-27 3153
如果使用ms建模，聚合物的链会伸出到盒子外面，在导出data文件后，盒子外面的原子被周期性算法折叠进盒子对面，这就造成了边界附近的bond原子可能被分布到了盒子的两侧。并且，这个data文件不能使用npt系综进行压缩，npt系综必须使用周期性边界，在压缩时，bond原子同样会移动到对面的边界。所以，最好的解决办法是使用一个反射墙墙进行压缩，设置一个反射墙墙既可以实现压缩效果，也可以组织原子跨越box边界移动到对面。解决这个问题的原则只有一个：导出data时确保所有的bond原子没有跨越边界。
ubuntu 下设置系统环境变量
Learning Track
04-06 2867
将脚本或可执行程序所在位置的路径加入系统默认搜索路径$PATH下，可以直接运行，而不必进入脚本或程序所在的文件夹下执行。 方法 1.打开 /etc/profile sudo gedit /etc/profile 2.在profile文件最后加入脚本或可执行文件的路径，多个路径用：隔开，以packmol和VMD为例 export PATH=$PATH:/h...
Packmol 的安装
Learning Track
04-06 8975
packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系，生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件 下载地址：http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/ 网站上有详细的使用方法简介 安装方法 1. 将下载的packmol.tar.gz 解压到  ~/packmol 下 2. 执行./configure gfor
windows10下packmol的安装及运行测试
Yu的博客
04-25 7312
packmol安装教程 packmol官网下载packmol.exe。 windows下已经编译好了，所以可以直接用，就是下载后不需要进行其他操作的意思… 不过为了可以在任意文件路径下使用packmol.exe，最好将packmol添加到环境变量里面。 运行方法： 准备一个.inp的文件进行测试运行，可以从官网的example例子里面找； 进windows cmd执行packmol < bilayer.inp使用； 备注：【inputfile.inp】是个举例说明的文件的例子… ...
保姆级教程 | packmol-Linux版本安装编译
baguette的博客
11-02 2824
export PATH=$PATH:/home/***(用户名)/software/packmol (可执行文件所在目录)新服务器的账号需要进行配置（以下操作在Linux系统下进行，具体安装教程参考 ：）输入packmol，看是否能正常启动并显示和packmol有关的信息。我之前博文也有写过（packmol需要gfortran编译器）结束后会多很多文件，其中包括一个可执行文件 packmol。输入make即可编译（10s左右）将安装包放到账号下的任意文件夹里。进入.bashrc文件。
packmol linux版本
12-25
packmol可用于将单个分子复制扩展成多个分子构成的团簇或体系，生成用于分子模拟的.pdb ,.XYZ,.mol2等文件
信奥中的数学学习路线图-2021-10-04（D）-120页.pdf
10-04
信奥中的数学学习路线图-2021-10-04（D）-120页.pdf 本资源提供了一个系统的数学学习路线图，涵盖了初中奥数、高中奥数、大学奥数等多个阶段的数学学习内容。该路线图分为五大部分：数论、组合数学、图论、矩阵和...
金融时报-2021-10-04.pdf
11-16
金融时报-2021-10-04
2021-10-04.md
10-04
优快云 Markdown的使用介绍_Markdwon源文件
CBM219X UMPToolV7200(2021-04-26).zip
07-06
CBM219X UMPToolV7200(2021-04-26) 是一个专门针对CBM219X设备的更新工具，它提供了对设备的管理和维护功能，帮助用户进行固件升级、系统优化以及故障排查。这个工具的版本号为V7200，表明它是2021年4月26日发布的，...
信奥中的数学学习路线图-2021-10-04（C）-116页.pdf
10-04
在信息学奥林匹克竞赛（简称信奥）中，数学是至关重要的基础学科，尤其在CSP-S（中国计算机学会软件能力认证）和NOI（全国青少年信息学奥林匹克竞赛）这样的高级别赛事中。以下是对信奥中涉及的数学知识点的详细阐述...
window和linux在虚拟机上互相共享教程
08-24
window和linux在虚拟机上互相共享教程<br>就是把windows下的文件通过虚拟机共享一样,来拷贝,复制,读写等等操作
PACKMOL 一：手把手教你用Linux安装 packmol
m0_54634272的博客
09-20 1130
PACKMOL 是一个开源软件，用于生成分子动力学模拟所需的初始结构。它的主要功能是根据用户定义的几何约束，将分子放置在指定的体积中，如球形、立方体或其他任意形状，从而为分子动力学模拟准备合理的初始排布。PACKMOL被广泛应用于化学、物理和生物模拟领域。
Ubuntu系统下分子动力学软件packmol傻瓜式安装
m0_60050846的博客
11-16 919
Ubuntu系统下分子动力学软件packmol傻瓜式安装
PACKMOL 二：手把手教你用packmol构建含有 1 400 个 PS 单体的纳米球
最新发布
m0_54634272的博客
09-20 2818
使用packmol构建分子动力学模拟需要的小分子化合物
Packmol 开源项目使用教程
gitblog_01021的博客
08-13 552
Packmol 开源项目使用教程 packmolPackmol - Initial configurations for molecular dynamics simulations项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/packmol 1. 项目的目录结构及介绍 Packmol 是一个用于分子动力学模拟初始配置的工具，通过优化分子在定义空间区域的填充来创建...
Packmol 安装和配置指南
gitblog_09683的博客
09-13 888
Packmol 安装和配置指南 packmol Packmol - Initial configurations for molecular dynamics simulations 项目地址: https://gitcode.c...
Packmol 教程：分子动力学模拟初始化配置工具
gitblog_00411的博客
08-13 860
Packmol 教程：分子动力学模拟初始化配置工具 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/pa/packmol 1. 项目介绍 Packmol 是一个用于构建分子动力学模拟初始配置的开源软件。它通过优化打包算法，将分子填充到指定的空间区域，确保短程排斥相互作用不会干扰模拟过程。这个工具广泛应用于化学、物理以及生物科学领域，尤其适合生成复杂混合物或有序结构的初始配置...
保姆级教程 | packmol注意事项
baguette的博客
11-14 861
由于老板安排的任务需要分别搭建液体和固体的模型，固体采用之前发布的博客方法，液体使用packmol软件建模。身为一个建模新手里的熟手，竟然有翻车的时候：运行后疯狂报错，而且都是之前没见过的错误排错流程：1. 查看log，发现丢原子/断键/周期性问题都是出现在液体部分。说明固体模型暂时可用2. 查看input文件，和之前的成功运行文件对比，没有发现明显错误。说明input正常（pbs默认正常）3. 经过以上排错，问题只有可能发生在【液体的data】内容。
.var amout = { '2021-10-01': 0, '2021-10-02': 0, '2021-10-03': 0, '2021-10-04': 0, '2021-10-05': 0, '2021-10-06': 0, '2021-10-07': 0, '2021-10-08': 2.2, '2021-10-09': 2.5, '2021-10-10': 0, '2021-10-11': 0, '2021-10-12': 0, '2021-10-13': 0, '2021-10-14': 0, '2021-10-15': 0, '2021-10-16': 0, '2021-10-17': 0 }; 将对象转换为 var arr = [ { '2021-10-01': 0 }, { '2021-10-02': 0 }, { '2021-10-03': 0 }, { '2021-10-04': 0 }, { '2021-10-05': 0 }, { '2021-10-06': 0 }, { '2021-10-07': 0 }, { '2021-10-08': 2.2 }, { '2021-10-09': 2.5 }, { '2021-10-10': 0 }, { '2021-10-11': 0 }, { '2021-10-12': 0 }, { '2021-10-13': 0 }, { '2021-10-14': 0 }, { '2021-10-15': 0 }, { '2021-10-16': 0 }, { '2021-10-17': 0 } ]
03-14
我可以回答这个问题。您可以使用 Object.entries() 方法将对象转换为数组，然后使用 Array.map() 方法将每个键值对转换为一个对象。以下是代码示例： ``` var arr = Object.entries(amout).map(([key, value]) => ...
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