2021-10-07

最新推荐文章于 2025-04-25 11:47:56 发布
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分类专栏： 分子动力学 文章标签： bash
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Mars936/article/details/120631596
版权

关于VMD绘制盒子边框并更改颜色和粗细的问题

  1. 命令：
pbc box -color -width
  1. 说明：
    2.1 vmd默认，即输入pbc box后：
    在这里插入图片描述
    2.2 自定义，如边框为黄色，边框为5：pbc box -color yellow -width 5
    在这里插入图片描述
    Make a Little Progress Every Day！
使用VMD中的Tachyon渲染出透明逼真的水盒子效果
mt811的博客
08-25 1万+
1.概述 在本教程中将重点向你展示如何通过VMD中的Tachyon制作一个高质量的可视化图像。本文假设你对vmd有一定了解（最基本的打开载入分子即可）。关于vmd制作图像的快速入门中文教程，本例所使用的工具和示例文件请见文末。 2.工具链 2.1.Tychyon Tachyon是为了利用多个计算机核心的优势而编写的光线追踪程序，其运行速度非常快，可以利用多个CPU核心的优势，快速生成高质量的图像，一般来说，光线追踪渲染器使用逼真的照明模型，可以正确地模拟阴影，这种照明与传统的点光源照明和定向照明配合使用，增
VMD建模得到模型
weixin_30391339的博客
01-07 2550
.Download 1.American Mineralogist Crystall Structure Database ：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 下载AMC文件——导入Vesta，导出VMD支持文件，如pdb文件——导入VMD三种方式：1.pdb文件直接拖到display视图窗口；2.直接拖到VMD Main页面；3.Fil...
保姆级教程 | VMD中按不同类型显示不同样式
baguette的博客
08-29 3129
要实现这种效果，首先得对输出的lammpstrj做改变，需要分别输出两种离子对应的lammpstrj文件，即使用group命令先对同类型的原子进行分组【据说，group命令在手册的823页，考证后我来更新】将得到的dumpca.lammpstrj导入VMD后，输入下方命令显示盒子（可根据需要不显示）这里将原子1-10划分给ca，将原子11-16划分给an，分别输出其lammpstrj文件。（温馨提示：不要一次性导入后再输入，否则VMD只能将最后导入的文件中原子放到盒子里）
在vmd中如何渲染透明水分子
药研猿的博客
02-12 601
依次点击Graphics>>Colors...
VMD使用
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快乐学术猿
06-29 1万+
目录VMD使用打开data文件周期性显示问题原子选择移动原子导出图片导出data文件 VMD使用 打开data文件 在Extensions/Tk Console中，先cd到data文件所在地址，键入：topo readlammpsdata filename.data 周期性显示问题 显示盒子边界: pbc box 模型in-cell显示: pbc wrap -all 取消in-cell显示: pbc unwrap -all 原子选择 选择同一类型的原子: atomselect top "type 1" 移动
VMD 对已经建好的模型进行图片输出
dabaicai_520的博客
04-17 6477
（此过程若是新的Rep中原子比老的Rep中的Rep原子大，则会覆盖，否则不会覆盖，那就需要删除老的Rep；7. 至于其他原子的颜色大小，键的粗细，都可以在Graphics Representations中进行更改，新的Rep中的参数之后比老的Rep中的参数大时才会覆盖之前的，OpenGL Display中显示的才会有相对应的改变，若是新Rep和老的Rep中的参数相同，虽然OpenGL Display 中也会有相对应的改变，但是如果调整分辨率时，可能会出现新老Rep混合的现象。
VMD 可视化Amber top和crd文件
发呆的比目鱼的博客
03-05 3142
VMD 可视化Amber top和crd文件
VMDNAMD命令规则（转载）
weixin_30650039的博客
05-05 859
输出体系的整个带电量：measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件：pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量：measure sumweights $all weight mass 体系总电荷：measure sumweights $...
log-aggregated-2021-07-28-080657.ips
07-28
log-aggregated-2021-07-28-080657.ips
炫彩界面库-帮助文档(v3.1)-(2021-10-07).chm
10-24
界面无难事,只要用炫彩!
.var amout = { '2021-10-01': 0, '2021-10-02': 0, '2021-10-03': 0, '2021-10-04': 0, '2021-10-05': 0, '2021-10-06': 0, '2021-10-07': 0, '2021-10-08': 2.2, '2021-10-09': 2.5, '2021-10-10': 0, '2021-10-11': 0, '2021-10-12': 0, '2021-10-13': 0, '2021-10-14': 0, '2021-10-15': 0, '2021-10-16': 0, '2021-10-17': 0 }; 将对象转换为 var arr = [ { '2021-10-01': 0 }, { '2021-10-02': 0 }, { '2021-10-03': 0 }, { '2021-10-04': 0 }, { '2021-10-05': 0 }, { '2021-10-06': 0 }, { '2021-10-07': 0 }, { '2021-10-08': 2.2 }, { '2021-10-09': 2.5 }, { '2021-10-10': 0 }, { '2021-10-11': 0 }, { '2021-10-12': 0 }, { '2021-10-13': 0 }, { '2021-10-14': 0 }, { '2021-10-15': 0 }, { '2021-10-16': 0 }, { '2021-10-17': 0 } ]
03-14
我可以回答这个问题。您可以使用 Object.entries() 方法将对象转换为数组，然后使用 Array.map() 方法将每个键值对转换为一个对象。以下是代码示例： ``` var arr = Object.entries(amout).map(([key, value]) => ...
finance-consulting-accounttheme-2021-12-10-07-30-32-utc.zip
02-26
该主题的命名结构揭示了一些关键信息："2021-12-10-07-30-32-utc"这部分是创建日期和时间，表明主题是在2021年12月10日7时30分32秒（UTC时间）创建或更新的，这体现了设计者对版本控制和更新维护的重视。而".zip"则...
VMD软件教程(分子模拟)
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VMD是一款新型分子模拟做图软件，使用简便，上手容易，可与amber，NAMD，GROMACS等软件连用
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分子动力学模拟学习——VMD基础操作学习（1）
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基本操作 1、Coloring method 1、ResType——白色：非极性残基；Blue:basic residues; acidic residues:red; polar residues:green 显示方式 CPK为球棍模型，cartoon最常用，tube可看清整个结构；VMD——范德华力模型 selected atoms: OR ——例如同时显示helix和sheet就可以输入he...
VMD的相关命令（转载）
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05-04 3077
转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w6xg.html 自我学习总结： 1、打开VMD main上Extensions中的TkConsole这是VMD的控制命令区域。 2、围绕x轴旋转90：rotat x by 90 (或者rotat x to 90) 3、原子颜色设置+动力学键： 用fortran编写成lammps文...
lammps建模_从Materials Studio到LAMMPS再到VMD模拟流程的基本操作
weixin_39664477的博客
01-04 9395
HOMING'SWARNING1.分子动力学大神可直接退出。2.本文主要讲分子动力学模拟过程中Materials Studio(以下简称MS)、LAMMPS和VMD三个软件之间配合使用的基本操作，不讲计算原理、建模以及计算过程。3.本文属于半吊子水平，但我相信对有同样坎坷经历以及变态需求的初学者来说它是一笔宝贵的财富。4.为什么用这三个软件？本人的模型复杂，用MS可完成建模和一部分的研...
Shell、Bash 执行方式及./ 执行对比详解
m0_67544876的博客
04-25 737
Shell 是用户与 Linux 内核之间的桥梁，它提供了一个命令行界面，用户通过输入命令，Shell 对命令进行解释并传递给内核执行，然后将执行结果返回给用户。Shell 不仅可以执行系统命令，还支持编写脚本程序，将一系列命令组合起来，实现自动化任务。常见的 Shell 有 Bash、Zsh、Ksh 等，不同的 Shell 在语法和功能上存在一定差异，但基本原理相同。Bash（Bourne - Again SHell）是 GNU 计划中重要的组成部分，也是大多数 Linux 发行版默认的 Shell。
基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）
最新发布
04-25
基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业），个人经导师指导并认可通过的高分设计项目，评审分99分，代码完整确保可以运行，小白也可以亲自搞定，主要针对计算机相关专业的正在做大作业的学生和需要项目实战练习的学习者，可作为毕业设计、课程设计、期末大作业，代码资料完整，下载可用。 基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业）基于Python的天气预测和天气可视化项目源码+文档说明（高分毕设/大作业
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