保姆级教程 | packmol注意事项

背景

由于老板安排的任务需要分别搭建液体和固体的非对称模型，固体采用之前发布的博客方法，液体使用packmol软件建模。

注意事项

身为一个建模新手里的熟手，竟然有翻车的时候：运行后疯狂报错，而且都是之前没见过的错误

排错流程：

1. 查看log，发现丢原子/断键/周期性问题都是出现在液体部分。说明固体模型暂时可用

2. 查看input文件，和之前的成功运行文件对比，没有发现明显错误。说明input正常（pbs默认正常）

3. 经过以上排错，问题只有可能发生在【液体的data】内容

这是我的原始设置（分别是mix文件和d4l文件，由于是非对称模型，经过我缜密地计算，zlo为2，zhi为70比较合适）

结果，经过packmol后的数据值为：

这个位置我还设置了固体的坐标，不报错就怪了...

发现错误，及时改正，就是好同志。

是的，聪明的同学已经明白了

packmol会根据【hi与lo的差值，对称建模】

想非对称的话，简单粗暴手动解决~