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RSS订阅原创 全网最详细的Amber力场文件对照表
CW 12.01 sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N-H and 1 H (HIS) 对应sp²杂化芳香碳 含1个N-H键和1个氢的组氨酸五元环碳。CV 12.01 sp2 arom. 5 memb.ring w/1 N and 1 H (HIS) 对应sp²杂化芳香碳 含1个氮和1个氢的组氨酸五元环碳。H4 1.008 H arom. bond. to C with 1 electrwd. group 对应与含1个吸电子基团的芳香族碳相连的氢。
2025-11-17 15:34:00
289
原创 全网最详细的GAFF力场文件对照表
h4 1.008 0.135 H bonded to non-sp3 carbon with 1 electrwd. group **与连有1个吸电子基团的非sp³杂化碳相连的氢**h5 1.008 0.135 H bonded to non-sp3 carbon with 2 electrwd. group **与连有2个吸电子基团的非sp³杂化碳相连的氢**
2025-11-17 15:23:27
370
原创 保姆级教程 | 搭建小分子的LAMMPS使用的力场
4. 将生成的makemol可执行文件程序和**.smol（制作mmol文件的准备文件）、**.ff（仿照gaff.ff自带的力场文件库制作一个适合自己研究体系的库）文件拷入一个文件夹，进行mmol文件的制作。如果不确定原子所处环境类型，可以将**.ff文件中的备注介绍和所研究体系包含原子发给AI进行识别。，获得chk后‘chk’转换成fchk，再‘resp’获得chg文件），修改对应原子质量值。./makemol **.smol（自己搭建可识别的结构文件） **.ff（力场模型文件）
2025-11-17 10:16:24
916
原创 保姆级教程 | 解决Fortran程序包含编译器无法识别的非 ASCII 字符问题
0xC2 是一个 UTF-8 编码的字节，它本身不代表任何可见字符，但它通常是一个 “前缀字节”，后面会跟着另一个字节来共同表示一个字符（例如，某些特殊符号或带重音的字母）。在 Fortran 代码中，尤其是在每行的开头，这种隐藏的字符会导致编译器解析失败。这个命令会读取 1.f90，尝试以 UTF-8 编码解读它，然后将其转换为纯 ASCII 编码，并忽略所有无法转换的字符（即那些非 ASCII 字符），最后输出到一个新文件 1_clean.f90。可以尝试手动重新输入（如果代码较长则费时费力）
2025-11-14 16:26:54
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原创 保姆级教程 | 以环己烷为例的AMBER和GAFF力场参数对比测试
【2】bonds 的 ro(用GaussView进行测量) 、kr(查找文献值：J. Am. Chem. Soc. (1995) 117, 5179-5197)；【2】bonds 的 ro(用GaussView进行测量) 、kr(查找文献值：J. Am. Chem. Soc. (1995) 117, 5179-5197)；【1】bonds 的 ro(用GaussView进行测量) 、kr(查找文献值：J. Am. Chem. Soc. (1995) 117, 5179-5197)；
2025-11-13 09:28:35
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原创 保姆级教程 | RESP（Restrained Electrostatic Potential）电荷获取流程（搭建力场使用）
2. 任务结束后产生**.chk文件，将Gaussian自带的【chk_fchk.sh】脚本拷贝到同一文件夹中（可以设置快捷键‘‘chk’’），将**.chk转化为**.fchk文件。是分子动力学力场参数化中最常用的电荷计算方法之一（尤其在 AMBER、GAFF、COMPASS II 等力场中），为保证稳定，目前安装的是23年更新的3.8dev版本），使用其计算RESP电荷。Multiwfn **.fchk #自定义设置，将出现下面的界面。：由待拟合原子电荷 qjq_jqj 计算的静电势。
2025-11-07 15:26:51
452
原创 保姆级教程 | 麒麟系统安装Edge浏览器
Chrome浏览器的使用网络限制，需要再安装Edge浏览器。针对不同电脑系统进行下载。2. 安装Edge浏览器。
2025-11-05 15:36:56
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原创 保姆级教程 | 麒麟系统安装谷歌浏览器
3. 执行完成后，在开始菜单可以找到 chromium 网页浏览器，鼠标右键将快捷方式添加到桌面即可正常使用。1. 在系统桌面右键，打开终端，执行sudo apt update命令，更新软件信息源。谷歌浏览器上的插件开发比较全面，目前的麒麟系统需要安装谷歌浏览器。2. 输入下面的命令安装该软件，并输入Y进行下一步。
2025-11-05 15:02:37
496
原创 保姆级教程 | 麒麟系统下的Python、ASE、NumPy、SciPy、Matplotlib安装
（源码包）。/usr/local（全局，不用虚拟环境）。ASE、NumPy、SciPy、Matplotlib 都装在下。你以后只要输入就能可视化，不需要进入虚拟环境。刚安装完，目前还未测试效果。后期更新。
2025-10-15 10:00:53
333
原创 保姆级教程 | Linux系统下的Python、NumPy、SciPy、Matplotlib、ASE（Atomic Simulation Environment）安装
这里的 --prefix=$HOME/local 是指定安装路径，表示把 Python 安装到 ~/local 目录（$HOME 是一个环境变量，代表你当前用户的主目录。无管理员权限，不能用。激活后，命令行前面会出现（ase-env）标志，现在用的就是这个隔离的Python环境，之后配置安装包也不会影响全局。用 $HOME/local（或者任何你有权限的目录）作为安装路径，就能保证不影响别人，也不需要 root 权限。安装完成后，Python 可执行文件在 ~/local/bin/python3.12。
2025-10-14 17:31:31
847
原创 保姆级教程 | ASE学习过程记录分析
原子仿真环境 (Atomic Simulation Environment，ASE) 是一组用于建立、操作、运行、可视化和分析原子仿真的工具和 Python 模块。代码在GNU LGPL 许可下免费提供。ASE 通过为不同的代码提供接口，这些计算器与 ASE 中的核心Atoms对象和许多可用算法一起使用。支持的软件、程序其余相关发展动态、使用手册目录、功能等ASE 中的 Python 代码由多个模块组成，用于不同的目的。有用于计算能量、力和应力的，用于控制原子运动的ase.md和模块，用于执行的。
2025-10-13 18:35:32
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原创 保姆级教程 | Windows系统下的ASE（Atomic Simulation Environment）安装
ASE（Atomic Simulation Environment）是一个用于设置、操作、运行、可视化和分析原子级模拟的工具和 Python 模块集合。ASE 提供了与不同计算代码的接口，通过计算器（Calculators）与核心的 Atoms 对象结合，支持多种算法和模拟任务。建议安装python（本人此前测试安装的是3.6版本的python，后续因pip版本不够无法正常使用该程序，可单独更新pip版本，在终端中输入“python -m pip install --upgrade pip”）
2025-10-09 17:35:46
458
原创 保姆级教程 | 一劳永逸解决Windows右键不显示终端快捷方式的问题
3. 分别设置这两个文件夹的相关参数。右键OpenCMD文件夹中的“默认”项，点击“修改”，输入“数值数据”为 “在此处打开终端”（该值是最后显示在右键中的提示项，中英文均可）；继续右键OpenCMD文件夹中的空白位置，新建一个“字符串值”，“数值名称”为“Icon”，“数值数据”为“cmd.exe”继续右键command文件夹中的“默认”项，点击“修改”，“数值数据”为“4. 回到任意想要开启终端的文件内，右键，就会见证奇迹啦！
2025-10-09 16:26:45
410
原创 保姆级教程 | 通过GaussView查看Gaussian计算结果轨迹
自己手搓的分子初始结构不一定合理，想通过GaussView查看Gaussian进行结构优化的过程（在新安装的版本下，打开只会显示优化所得到的最终构型，如果想要观看整个优化过程中分子结构的变化情况其实很简单，但一个关键位置没有选中会导致一直做无用功）。③ 认为是打开方式有误，遂通过菜单File-Open-选中.log文件后打开。安装了GaussView（6.0）版本后，双击快捷方式打开，会显示如下界面。#p opt freq 基组/泛函 ...freq 基组/泛函 ...
2025-09-17 10:47:29
664
原创 保姆级教程 | vaspkit-Linux版本安装编译
export PATH=/public/home/用户名/software/vaspkit.1.5.1/bin:${PATH}其中LDA_PATH、PBE_PATH和GGA_PATH后面分别对应的是LDA、PBE和PW91的赝势路径。在使用PBE或LDA赝势的时候，把POTCAR_TYPE后面的参数改为PBE或LDA。在使用PW91赝势的时候，把POTCAR_TYPE后面的参数改为GGA。将环境变量设置文件复制到用户的VASPKIT配置文件中。上述内容代表赝势的类型和路径（后附最新的赝势下载地址）
2025-09-10 17:55:32
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原创 保姆级教程 | travis-Linux版本安装编译
export PATH=$PATH:/public/home/***(用户名)/software/travis-src-190101/exe(可执行文件所在目录)朋友账号需要配置travis（以下操作在Linux系统下进行，具体安装教程参考 ：）输入travis，看是否能正常启动并显示和travis有关的信息。（在DownLoad里下载对应c++能兼容的版本，此外建议下载快速入门手册）结束后会多很多文件，其中包括一个exe文件夹，里面有travis的可执行文件。这里以老版本（190101为例，过程都一样）
2025-09-08 19:36:08
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原创 保姆级教程 | 麒麟系统中安装腾讯会议
下载后文件名为（TencentMeeting_0300000000_3.19.2.400_arm64_default.publish.officialwebsite.deb），可直接双击安装。针对HUAWEI的信创电脑（国产银河麒麟系统），无法安装Windows系统下的大部分应用程序（.exe），目前安装软件主要通过。针对【腾讯会议】，目前已经有适配Ubuntu的版本，因此可直接。在菜单页面找到腾讯会议，右键“添加到桌面快捷方式”，双击图标即可使用。1. 检查系统架构，下载对应的软件安装包（
2025-09-04 09:53:34
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原创 保姆级教程 | windows系统中同一类文件自动命名
3. 将这一类文件进行统一命名A，回车后会变成：A(1)，A(2)，A(3)，...今天毕业答辩，同门帮我拍了很多答辩照片，微信传图命名是乱码，需要一键进行统一的修改。1. ctrl+A选中所有要更换命名的照片文件。目前还未发现可以去掉括号的方法，如有后续更新。2. 按F2会变成单一可编辑的状态。
2025-05-15 16:45:28
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原创 保姆级教程 | Office-Word中图目录制作及不显示图注引文的方法
5. 其余图注的插入，可以直接将第一幅图的所有内容（图片、中英文图序和图题、图注）保留原格式粘贴到新图应在的位置，分别输入中文图题和英文图题，删除复制过来的旧的中文图序。选择“引用”→选择“插入题注”，所有内容不需改动，标签行显示“图”，直接选择“确定”，将自动显示新的中文图序。7. 将所有图添加好后，可以在图目录处，点击鼠标右键，选择“更新域”→选择“更新整个目录”→选择“确定”。1. 可以点击“快速访问工具栏”，“所有命令”，找到“样式分隔符”1. 选择“引用”→选择“插入题注”2. 选择“新建标签”
2025-02-21 21:47:11
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原创 黑科技安利 | 超好用的背景去除软件
右侧下载也有免费版（感觉也够用）。注册账号有一次免费高清的机会，以后再需要就得付费了~1. Microsoft PowerPoint里自带的“清除背景”/设置透明色。如果一副主图里存在其它颜色的背景色调，希望变成白色或者特定色彩/背景图片。虽然是全英文的，但页面很简洁，完全没有语言障碍（小学生英语就可以使用）这个功能超级好用，基本满足我日常涉及的90%的清楚白色背景的需求。等我找到更高级的方法解决那1%的疑难杂症，再来给大家分享。这个网站就辅助我完成其余9%的背景色替换功能。
2024-11-06 15:09:14
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原创 保姆级教程 | 全流程免费：合并多份长宽不同的PDF成相同大小并进行瘦身
由于老板需要，完成不同PDF文件（a，b，c....）合并，同时要求主文件（A）小于6M。可以看见，新导出的PDF文件大小只有5.34M了（如果还不满意，可以尝试迭代~）再次用福昕编辑器打开，文件-打印，选择”Foxit ...“这个，点击“属性”全流程我是通过福昕编辑器完成的，已经用了很多年了，性能稳定，无广强推。在弹出的”批量转换文件“窗口中，选择两个文件的先后顺序，点击”转换“默认设置里选“最小的文件体积”，点击“确定”后点击“确定”此时，再打开转换的PDF文件，你就会发现他们的隔阂消失了。
2024-10-28 20:32:43
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原创 保姆级教程 | VMD输出局部结构及利用TkConsole实现旋转
用notepad++修改相关的【非结果性】内容，后续软件读取的必须项（至于为什么是这种格式，需要自己思考和探索哈）：①补充原子个数;另外，该功能中的Cue Mode中Cue Density可使原子更清晰（但我对比了下，肉眼捕获看不太明显，可能是今天太晚了，我该下班了...）bye~修改C原子为灰色：Categories选择Name-Names选择C-Colors中随便选择颜色，然后将下面的红绿蓝条拉到同一个位置。（说明：主要的分子构型、靠近液体的电极板和其余极板，三者选用的显示样式均不同，下附详细流程）
2024-10-11 22:56:59
882
原创 保姆级教程 | 输出分子动力学轨迹文件输出特定原子范围内的化学环境
思路：特定原子是圆心，目标范围是半径，将周围化学环境离子/分子坐标转化为质心点后计算距离，再与目标范围进行比较，符合留下离子/分子坐标，不符合舍去。5. 编译Fortran程序radius10.f90（转换为质心点->判断距离->判断是否需要输出目标原子坐标）并执行。6. 下载radius.xyz文件，第一行写原子个数，然后再空一行（之后我又写了个程序：输出特定原子目标范围内的化学环境。用ovito打开后观察计算即可。
2024-10-09 22:43:07
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原创 保姆级教程 | Adobe Illustrator调整颜色透明度
由于课题需要，现需要在Adobe Illustrator里修改部分色块的颜色及透明度。3. 单击需要调整透明度的对象将其选中。方法①：面板上直接输入数值。5. 完成后保存文件。
2024-10-09 22:31:26
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原创 保姆级教程 | Linux中grep命令使用 & 分子动力学轨迹文件输出特定原子电荷值
（如果lammps输出的data文件轨迹部分的原子序号没有按从小到大的排列的情况：）grep是linux中的提取linux命令查询某个条件的前10行"A+1 B" 的格式是熟知res.002中轨迹格式后的总结第一次获得的第一列数值记为C：5095再取A+3输出一次，第一列数值记为D：6102（两次是因为有上下两个极板，A+3是熟知原子序号的叠加方式后的总结，A和A+3都是目标原子所在的分子号，B是目标原子的原子号）
2024-10-08 15:41:17
598
原创 保姆级教程 | 分子动力学轨迹筛选目标区域内原子坐标后转第一性计算
6. 下载belowele.xyz文件，第一行写原子个数，然后再空一行（用VESTA打开后转为cif格式，后用MS打开检查坐标用于第一性计算。运行得到的轨迹需要提取出目标区域内所有原子坐标，写了两个程序来实现。（判断哪些帧数满足条件）并执行。（lammps得到的轨迹），原子的质量和电荷情况依次修改。3. 编译Fortran程序。5. 编译Fortran程序。（判断哪些帧数满足条件），（输出目标原子坐标）并执行。（输出目标原子坐标），遍历帧数：2500，0。遍历帧数：1，2250。由于课题需要，现根据。
2024-07-28 17:53:18
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原创 统计键长的程序使用
3. 随机进入一个子文件夹的02文件夹中查看lm-conp.inp，如 vi t0/02/lm-conp.inp；（考虑到粘贴程序内容需要大量的背景铺垫，如近百个文件夹的目的和产生方式、pos4.xyz中的编排顺序等，这里先仅记录程序使用，后期有时间了会进行补充）统计在主文件夹下的近百个子文件夹中02文件夹的pos4.xyz中1000帧的第n个分子的平均键长结果。（依次将bond程序拷贝进主文件夹下每个子文件的02文件夹并执行，再将结果汇总进bond.dat中）9. 执行脚本，./openfold.sh。
2024-05-08 10:41:19
433
原创 保姆级教程 | 输出原子轨迹
origin中作图：第一列是帧数，第二三四列是第一个粒子在对应帧数下的xyz坐标，第五六七列是第二个粒子在对应帧数下的xyz坐标，以此类推，获得1+3*33=100列数据。程序需要将步骤1里的xyz坐标首先按目标粒子分类，继而将每一帧中目标粒子的坐标放置在一行即可（我这里需要的就是每一帧的pos02的xyz值）④ 第一列填入1，2，3，4，5，选中后点击右下角黑框即自动补充（这一列代表帧数，也可以不补~）⑦ 使用不同颜色的标记，就可以显示出某一个粒子在2500帧内的大致运动轨迹（方向）倾向了。
2024-04-29 14:11:00
1189
原创 防止自己遗忘系列：Fortran中write语句中不换行命令
由于需要写一个程序将所有结果在不换行的情况下输出，但Fortran程序中虽然没设置换行，输出的结果仍然会每5个循环换行一次（目前还不清楚原因，如果有看出问题的朋友请不吝指教！“f10.6”：指定浮点数的格式，“f”表示浮点数，“10.6” 表示总宽度为10个字符，小数部分占6个字符；“$”：表示结束当前的输出行，即换行，在Fortran中，`$` 符号通常用于控制输出行的结束。write(*,'(1x,f10.6)',advance='no') target 不可行。“1x”：表示输出前面有一个空格。
2024-04-29 13:32:35
1785
原创 防止自己遗忘系列：Fortran中write语句不能直接赋值
write(*,*) "dis=", dis = sqrt(A**2 + B**2 + C**2) 这里一处错误。write(*,*) "dis=" dis = sqrt(A**2 + B**2 + C**2) 这里两处错误。"dis=" 和 sqrt 中间的逗号不可以省略；write语句中不能直接赋值。
2024-04-19 10:47:30
517
1
原创 保姆级教程 | Adobe Illustrator 中插入数学符号
鉴于Adobe Illustrator作为比较专业的绘图/组图软件，我的论文数据作图都会选择先在origin中把原始数据绘制好，后都放入AI中细修。3. BTW：Adobe Illustrator的字形页面可以拉宽拉高，但感觉找起来还是不太方便（好像是没有PowerPoint里【最近使用过的符号】）2. 接下来是Adobe Illustrator的流程：插入文本框 -> 窗口菜单 -> 文字 -> 字形 ->1. 首先看下PowerPoint中的流程：插入文本框 -> 插入菜单 -> 符号 ->
2024-04-16 22:12:02
12843
原创 保姆级教程 | Materials Studio中将斜方晶格转换为正交晶格
菜单栏中Build - Symmetry - Redefine Lattice将晶格格矢修改为下图的参数，然后点击Redefine（原始的晶格格矢如下所示，注意这里角度的区别）
2024-03-29 12:18:08
9351
5
原创 Linux vi/vim编辑器“高亮/取消高亮”显示命令
在Linux系统的vi/vim编辑器中，高亮可以迅速查找相关命令名，取消高亮适合不需要此功能者。例如，我现在需要对timestep高亮，编辑位置定位在第一个字母处（绿色）例如，我现在需要对timestep取消高亮。在需要高亮的命令名前。注：以上命令均不需要在。
2024-03-19 16:36:42
7495
1
原创 origin修改图例为显示”长名称/单位/注释/自定义“等
由于在origin作图时希望修改自动显示的图例，但每次手动更新又比较繁琐（特别是在数据量较多的情况下），为了一劳永逸。1. 在数据工作表中设置好需要修改后的名称（我写到长名称里了）显示栏里下拉选择“长名称”后确定。单击图例后右键选择绘图细节。
2024-03-13 20:55:17
21708
原创 Qutemol渲染使用
由于我涉及MD相关的轨迹都是输出xyz，尝试用VESTA转换格式，用Qutemol打开不区分原子；继续使用VMD转换格式，用Qutemol打开成功。不过目前还没有找到可以修改原子默认颜色的工具栏，一旦成功，实时更新。看一篇论文时知道了该软件名，抱着好奇和求知欲去了解了下，渲染效果不错想着学习下。官网上有下载链接（2007后没有再更新维护，比较可惜）下载的软件包双击解压按提示执行即可，安装方便。该软件目前看起来只识别pdb文件。
2024-03-11 10:49:11
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原创 本地写的Bash脚本，Linux端运行报错：/bin/bash^M: bad interpreter: No such file or directory
可以使用 dos2unix 工具将脚本的行尾符转换为 Unix 格式。这个错误通常是由于脚本文件的行尾符格式不正确引起的。（大概率，解决了相应可能性后成功。），而在 Unix/Linux 系统上使用的是 LF（`文件，其中行尾符已经被转换，然后给予执行权限并执行。，确保脚本在 Unix/Linux 系统上正确运行。Windows 系统使用的行尾符是 CRLF（`（脚本名：script.sh）
2024-02-29 16:08:10
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