2021-10-10

最新推荐文章于 2025-02-14 13:53:01 发布
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#python

在GROMACS 2018及以上版本中，使用OpenMPthreads并设置cut-offscheme为Group进行非周期性模拟时，会出现错误。解决方案是将`OMP_NUM_THREADS`环境变量设为1，通过关闭OpenMP线程来避免该问题，从而正常运行动力学模拟。

GROMACS: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only supported with cut-off scheme Verlet

GROMACS 2018版以上，在进行非周期性模拟时，mdp文件cut-off scheme= Group时，跑动力学会出现如题错误提示，使动力学无法进行，这时并不是输入文件的错误，而是OpenMP threads设置的问题，可以在bashrc关闭之，即设置：OMP_NUM_THREADS=1，这时就可以正常跑动力学了。

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多尺度仿真软件：GROMACS_（10）.GROMACS并行计算
kkchenjj的博客
03-02 989
通过本节的学习，您应该已经掌握了GROMACS并行计算的基本原理和方法。并行计算可以显著提高模拟效率，特别是在处理大规模系统时。希望这些内容和示例能够帮助您在实际应用中更好地利用GROMACS的并行计算功能。
学习汇报-2018.07.18
weixin_42724104的博客
07-18 1375
1 当在GROMACS中体系太大，而使用隐式水时，按照以下步骤： Pdb2gmx时，不输入-water，然后在选水时，选择7，none 加入盒子，使用gmx  editconf，正常加盒子就行 加入离子，加离子的方法：1) 自己做一个离子的gro文件，例如这样子的(命名为NA.gro)： 2) 使用gmx insert-molecules插入离子 gmx insert-molecule...
2021-05-22
qq_38775453的博客
05-22 289
pytorch调试 刚开始像正常一样用gpu调试，报错：RuntimeError: CUDA error: device-side assert triggered，只有前面有数组越界的错误，后面没了。 choose_bg_inds =torch.tensor(np.random.choice((cls_inds_cpu).size()[0]), size=(choose_bg_num), replace=False),
限制OpenMP线程数提速
silence2015的专栏
06-11 1万+
背景：视频帧序列逐个跑一遍CNN模型，发现CPU被占满了 经过debug发现问题出在torchvision transorms.totensor上 经过搜索，torch在设计多线程加速计算时候会默认占满所有core，因此cpu会飙满，这对别的应用程序速度影响非常大，因此需要控制一下。 解决方法： 1）torch.set_num_threads(1) 手动控制一下torch占用的线程数 2）设置环境变量 export OMP_NUM_THREADS=1 or export MKL_NUM_THREADS=1
OpenMP and C++
Coder
06-27 3157
Reap the Benefits of Multithreading without All the Work Kang Su Gatlin and Pete Isensee This article is based on a prerelease version of Visual C++ 2005. All information contained herein
eclipse timeout occurred while waiting for packet
滕米
11-17 4025
我是为了批量读取数据库带来的麻烦，就定时一次性读取全量数据，然后dubg的时候出现的这种情况 百度，谷歌了一下，有很多都是英语答案，基本上与我这种情况没什么关联，也可能本人英语不怎么样没有理解到精髓吧。然后就根据自己的情况，读取大量数据，还有就是上面错误提示的timeout，推测应该是jvm的内存不够，因为默认的情况下xms和xmx一个是40M一个是256M，但是我读取的数据量有一百万条
gromacs 怎么提高GPU利用率
Hello_worId的博客
02-14 2180
GROMACS 需要 CPU 处理非绑定计算（如 PME 计算），但过多的 CPU 线程可能导致 GPU 资源闲置。在 GROMACS 中提高 GPU 利用率的方法主要涉及优化计算负载分配、调整模拟参数、优化 I/O 和提升数据传输效率。在默认情况下，GROMACS 可能只用 GPU 计算短程相互作用，而 PME 计算仍在 CPU 上进行。防止 CPU 线程被操作系统随机调度，提高 CPU-GPU 通信效率。，这些版本对 GPU 计算进行了优化，并支持更好的异步计算。，如果 GPU 利用率低，可以尝试。
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05-24
2021年版本的LTSC是对Windows 10的一个重要更新，它继承了Windows 10的许多优点，并对系统的性能、安全性和兼容性进行了增强。此版本的主要特点包括更加严格的更新控制、较长的支持周期、删减了一些不必要的预装应用...
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unity spain 3.8 2021-11-10
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求助shapley分解法指点
GPU运行报错的几种问题解决
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文章目录GPU运行报错的几种问题解决报错一情况一：内存不足情况二： Cudnn版本不匹配报错二报错三 GPU运行报错的几种问题解决 报错一 Failed to get convolution algorithm. This is probably because cuDNN failed to initialize 情况一：内存不足 解决方式：在训练代码头加上以下代码 import tensorflow as tf import numpy as np import keras config = tf.c
gcc编译部分编译选项
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CocoCream的博客
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