2021-10-10

最新推荐文章于 2025-02-14 13:53:01 发布
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分类专栏： 分子动力学 文章标签： python
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Mars936/article/details/120685771
在GROMACS 2018及以上版本中，使用OpenMPthreads并设置cut-offscheme为Group进行非周期性模拟时，会出现错误。解决方案是将`OMP_NUM_THREADS`环境变量设为1，通过关闭OpenMP线程来避免该问题，从而正常运行动力学模拟。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

GROMACS: OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are only supported with cut-off scheme Verlet

GROMACS 2018版以上，在进行非周期性模拟时，mdp文件cut-off scheme= Group时，跑动力学会出现如题错误提示，使动力学无法进行，这时并不是输入文件的错误，而是OpenMP threads设置的问题，可以在bashrc关闭之，即设置：OMP_NUM_THREADS=1，这时就可以正常跑动力学了。

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多尺度仿真软件：GROMACS_（10）.GROMACS并行计算
kkchenjj的博客
03-02 905
通过本节的学习，您应该已经掌握了GROMACS并行计算的基本原理和方法。并行计算可以显著提高模拟效率，特别是在处理大规模系统时。希望这些内容和示例能够帮助您在实际应用中更好地利用GROMACS的并行计算功能。
学习汇报-2018.07.18
weixin_42724104的博客
07-18 1111
1 当在GROMACS中体系太大，而使用隐式水时，按照以下步骤： Pdb2gmx时，不输入-water，然后在选水时，选择7，none 加入盒子，使用gmx  editconf，正常加盒子就行 加入离子，加离子的方法：1) 自己做一个离子的gro文件，例如这样子的(命名为NA.gro)： 2) 使用gmx insert-molecules插入离子 gmx insert-molecule...
2021-05-22
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pytorch调试 刚开始像正常一样用gpu调试，报错：RuntimeError: CUDA error: device-side assert triggered，只有前面有数组越界的错误，后面没了。 choose_bg_inds =torch.tensor(np.random.choice((cls_inds_cpu).size()[0]), size=(choose_bg_num), replace=False),
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Coder
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Reap the Benefits of Multithreading without All the Work Kang Su Gatlin and Pete Isensee This article is based on a prerelease version of Visual C++ 2005. All information contained herein
eclipse timeout occurred while waiting for packet
滕米
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gromacs 怎么提高GPU利用率
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05-24
2021年版本的LTSC是对Windows 10的一个重要更新，它继承了Windows 10的许多优点，并对系统的性能、安全性和兼容性进行了增强。此版本的主要特点包括更加严格的更新控制、较长的支持周期、删减了一些不必要的预装应用...
spine-unity-3.8-2021-11-10.unitypackage
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扫描全能王 2021-10-15 12.15.pdf
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.var amout = { '2021-10-01': 0, '2021-10-02': 0, '2021-10-03': 0, '2021-10-04': 0, '2021-10-05': 0, '2021-10-06': 0, '2021-10-07': 0, '2021-10-08': 2.2, '2021-10-09': 2.5, '2021-10-10': 0, '2021-10-11': 0, '2021-10-12': 0, '2021-10-13': 0, '2021-10-14': 0, '2021-10-15': 0, '2021-10-16': 0, '2021-10-17': 0 }; 将对象转换为 var arr = [ { '2021-10-01': 0 }, { '2021-10-02': 0 }, { '2021-10-03': 0 }, { '2021-10-04': 0 }, { '2021-10-05': 0 }, { '2021-10-06': 0 }, { '2021-10-07': 0 }, { '2021-10-08': 2.2 }, { '2021-10-09': 2.5 }, { '2021-10-10': 0 }, { '2021-10-11': 0 }, { '2021-10-12': 0 }, { '2021-10-13': 0 }, { '2021-10-14': 0 }, { '2021-10-15': 0 }, { '2021-10-16': 0 }, { '2021-10-17': 0 } ]
03-14
我可以回答这个问题。您可以使用 Object.entries() 方法将对象转换为数组，然后使用 Array.map() 方法将每个键值对转换为一个对象。以下是代码示例： ``` var arr = Object.entries(amout).map(([key, value]) => ...
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