m0_54634272的博客

原创 使用YOLOv8训练自己的【目标检测】数据集

答:为了让计算机学会正确地识别物体，我们需要提供大量的标注数据集，这些数集包含了图像或视频中物体的位置和类别信标注数据集的作用在干，它可以帮助计算机学习到如何识别不同种类的物体，并且能够正确地定位它们的位置。但是，如果我们有了标注数据集，计算机就可以通过学习这些数据来理解猫和狗之间的差异，并且可以在新的图像中准确地识别它们。这种方法可以提供一些特殊情况或无法通过其他方式获得的图像，但是合成图像通常无法完全代替真实场景的数据，可能会对模型的准确性产生一定的影响。需要注意的是，网络上的图像可能受到版权保护。

原创 推荐系统实战（基于机器学习/深度学习）

一句话概括，推荐给你感性趣的视频，商品等，让你入迷。

原创 神经网络必备基础知识：卷积、池化、全连接（通道数问题、kernel与filter的概念）

神经网络必备基础知识：卷积、池化、全连接（通道数问题、kernel与filter的概念）

原创 深度学习目标检测_NMS、IOU、Precision、Recall、AP、mAP详解

深度学习目标检测_IOU、Precision、Recall、AP、mAP详解

原创 alphafold-multimer环境部署

Alphafold2（AF2，二狗）发布以后，一大堆科学家把这个人类历史上最高精度的蛋白质预测模型当起了玩具，并且把大家的新发现发在了推特上（open science 的形式）。其中一个最重要的发现是他们发现AF2虽然是在单体上进行的训练，却没有能力进行复合物的预测。在open science的召唤下，deepmind团队在2021年10月6号上线了Alphafold-multimer，一款针对复合物进行重新训练的神经网络。...

原创 深度学习知识点：LSTM

长短期记忆神经网络（LSTM）是一种特殊的循环神经网络(RNN)。原始的RNN在训练中，随着训练时间的加长以及网络层数的增多，很容易出现梯度爆炸或者梯度消失的问题，导致无法处理较长序列数据，从而无法获取长距离数据的信息。

原创 深度学习知识点：RNN

循环神经网络（RNN，Recurrent Neural Network）是一类用于处理序列数据的神经网络。与传统网络相比，变化不是特别大，不如CNN的变化那么大。为什么要有循环神经网络：传统神经网络：输入一个数据处理一个数据，互不干扰但是有些数据是连贯性的，比如一个句子（我今天早上8点醒的），就不可能将每一个字或一些词单独处理，而是在处理这个字的同时还要考虑到与前面字的关系，因此循环神经网络就可以解决这一问题。

原创 训练一个符合人类说话语气的聊天机器人

大模型输出的语言看上去不像人，更像机器人，通俗来说就是太有礼貌了

原创 Rosetta 二：手把手教你用Rosetta的全局对接模块

Rosetta学习爱好者来，今天的主题是全局对接

原创 分子动力学工具篇二：Sobtop的安装与使用

Sobtop 是一个用于自动生成分子拓扑文件的工具，特别是为 GROMACS 分子动力学模拟准备拓扑结构和参数。它的设计目标是通过自动化过程生成小分子、聚合物或其他复杂分子的拓扑文件，简化研究人员进行分子动力学模拟的流程。

原创 分子动力学工具篇一：TAB与moltemplate的安装与使用

相关的分子data文件在system.data里面，力场参数如bond_coeff,angle_coeff,pair_coeff等参数在system.in.settings里面。在文件2的中间部分，有这么一部分，用三个顿号区分开来的区域，为moltemplate的输入文件，将其另存为system.lt,要去除每行的#|将参数配置好后打开1，另存为GROMOS_54A7_ATB.lt，会看到。中间有两个import，对应于上面提到的两个文件。你也可以自己搜索与自己有关的小分子，我这里只是讲解。

原创 Rosetta 一：手把手教你用Linux安装Rosetta（全网最简洁）

Rosetta 是一种生物物理建模软件，它使用模拟和评分功能来优化结构。

原创 PACKMOL 二：手把手教你用packmol构建含有 1 400 个 PS 单体的纳米球

使用packmol构建分子动力学模拟需要的小分子化合物

原创 手把手教你用linux安装Gromacs（2024 GPU-CUDA）

GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。

原创 PACKMOL 一：手把手教你用Linux安装 packmol

PACKMOL 是一个开源软件，用于生成分子动力学模拟所需的初始结构。它的主要功能是根据用户定义的几何约束，将分子放置在指定的体积中，如球形、立方体或其他任意形状，从而为分子动力学模拟准备合理的初始排布。PACKMOL被广泛应用于化学、物理和生物模拟领域。

原创 GROMACS基础教程与自动化脚本使用说明

GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。

原创 Ollama下载失败？试试离线安装

ollama下载总是失败？试试离线安装

原创 系统盘不够用？Docker目录迁移指南

当系统盘快满了时，如何在docker身上释放大量内存，今天我们一起把docker的默认下载位置移动到其他盘

原创 Docker实用命令与目前好用的源

为了加快镜像的下载速度，特别是在中国大陆地区，我们通常需要更换docker源。

原创 docker拉取镜像失败的解决方案大全

Registry Mirrors：有截图中框起来的就说明配置成功。

原创 瑞数4.0某房地产_瑞数补环境

本文章中所有内容仅供学习交流，抓包内容、敏感网址、数据接口均已做脱敏处理，严禁用于商业用途和非法用途，否则由此产生的一切后果均与作者无关，若有侵权，请联系我立即删除！此外出于某种原因。本章大部分调试会省略，仅简单说个大概瑞数动态安全 Botgate（机器人防火墙）以“动态安全”技术为核心，通过动态封装、动态验证、动态混淆、动态令牌等技术对服务器网页底层代码持续动态变换，增加服务器行为的“不可预测性”，实现了从用户端到服务器端的全方位“主动防护”，为各类 Web、HTML5 提供强大的安全保护。

原创 【数据下载】利用wget命令批量下载ftp文件和文件夹

这是一个“”数据大发现”的时代，大家都在创造数据，使用数据以及分享数据，首先一步我们就需要从数据库download我们需要的数据。这是完整的参数，可以按需使用。-r 递归下载子目录文件。-nH 不创建主机目录。-np 不追溯父文件夹。

原创 GCN的使用和包的安装（超详细）

比如，lib包，我的机器是python 3.7 linux_x86_64 ，则下载对应的最高版本的包

原创 NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总

今天我们来梳理一下肿瘤基因报告解读常见的数据库，大家有机会可以自己查询并且解读

原创 【python学习】-用matplotlib实现将二维数据绘制为三维图形（三维多线图）并实战(三维散点图)

截至此，内容来源于 [https://blog.youkuaiyun.com/qq_40481843/article/details/120888436](https://blog.youkuaiyun.com/qq_40481843/article/details/120888436)这里需要自己找一张图片并修改为lena.png，放在py文件同级目录下。主要是调整图形清晰度，坐标轴以及图形颜色，线的粗细，添加label。

原创 MAC鼠标中键的使用

1）在sublime text 或者pycharm等一些文本编辑器或IDE中实现中键修改一列数据中特定位置的值。摇移：按住control+command，三指滑动，= 滑动鼠标中键。四视图：Fn+F5，= 鼠标中键，Fn+F1切换回主视图；平移：按住数字键1，三指滑动，= alt+鼠标中键；

原创 Temperature perdiction was carried out with PyTorch neural network

原创 Neural network classification task

Who want to practice Deeplearning code? This is a basic code. Welecome!

原创 蛋白质的上位性效应及突变影响的范式

3）V和P具有更高的自由度，因此需要的能量更低，属于有力突变。1）相互作用的氨基酸形成有利接触（H和T具有H键相互作用）2）H和P的空间叠加，属于不利的上位姓效应。

原创 wget下载到一半断了，重连方法

下了大概2个小时后，已经下载了78%(6G/7.7G）就断了。无奈ctrl+c停止了；wget的下载中断后也是可以重新连接下载了，（想象一下78%，重新下载的绝望。一开始下载的挺快，然后随着下载继续，下载速度就一直在下滑。我是使用wget去下载 data.tar.gz 压缩包。运行后会生成nohup.out文件，进度就存在里面。当查看下载进度时，可以用下面的命令。

原创 常用whl文件地址整理

DGL是一个专门用于深度学习图形的Python包, 一款面向图神经网络以及图机器学习的全新框架, 简化了基于图形的神经网络的实现。

原创 关于安装MMdetection2.11.0版本中，mmpycocotools安装报错【gcc: error: ../common/maskApi.c: No such file or directo】

历经千辛万苦终于把mmdetection的2.11.0版本下载下来了，包括mmdet=2.11.0；mmcv-full=1.2.4，以及源文件中的mmdetection源码。然后再去安装mmpycocotools，pip install mmpycocotools。

原创 植物根系基因组与数据分析

Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的，主要基于OTUs的计数统计，比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离，包含的信息完全不一样；相比于jaccard距离，Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。bray-curtis距离其中，S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min表示取两者最小值。举例说明：群落A和群落B的OTU统计如下表，community。

原创 kaggle赛后总结

超参搜索通过代码放到每个算法上。这个很有价值，因为模型训练就实现了自动化。模型训练，处理数据处理，特征工程外，很关键的就是调整参数，让模型精度实现最优。主要是不同种类标签的数量有的非常多，有的非常少。把非常少的，进行简单的复制黏贴使每个标签种类的数量达到1000，实现所有标签种类的大体均衡，成为均衡数据有2个底层逻辑不同的算法，分别命名为算法1，和，算法2。算法1较弱一点。我们用算法1的预测结果作为新特征X，放进训练数据集。相当于，我用算法1去训练模型1时，有30个X (x1,x2,~~, x30) , 现

原创 【已解决】TypeError: can‘t convert cuda:0 device type tensor to numpy. Use Tensor.cpu() to copy the host

在训练Pytorch模型的时候，报错。

原创 pip install 豆瓣源、清华源、阿里源、中国科技大学源

【代码】pip install 豆瓣源、清华源、阿里源、中国科技大学源。

原创 [已解决] wget命令出现Unable to establish SSL connection.错误

从win11上下载best.ckpt包时。加上跳过验证证书的参数。

原创 origin 拟合计算酶的Kcat Km 值

在Setting：Function Selection页面内的Category选择Pharmacology, Function选择米氏方程（MichaelisMenten）, 而后点击Fit便可得到拟合结果了。全选X 与Y坐标数据，然后选择菜单栏Analysis: Fitting: Nonlinear Curve Fit：Open Dialog。公式 Kcat=Vmax/ 酶浓度，得到Kcat值。拟合计算得到的是Vmax 和Km，然后利用。origin拟合计算Kcat Km值。

原创 python自定义包的调用问题

python自定义包的调用问题

原创 深度学习openMMLab的介绍和使用

深度学习openMMLab的介绍和使用