【细胞交换信息汇总】2022.6.10日

【1】西安地区,本室有THP1,HUVECs,RAW264.7,MC3T3,牙髓,牙周膜,求馈赠或交换HL-60.
【2】求人静脉内皮细胞HUVEC  实验室有H1299,A549,MDA-MB231,ASPC-1,MIA-Paca-2,BXPC-3,HCT-116,MHCC-97,HT-29,MCF-7,Hepg-2,SW480细胞
【3】请问谁有这个细胞人正常软骨细胞c28i/12细胞,想要换一个?我有SW2353,MG63,RAW264.7,MH7A,THP1,状态都很好
【4】求换细胞BT474现有MDAMB468和4T1。 坐标甘肃兰州。
【5】坐标南京,求换HFL细胞,我有A549、BEAS-2B、16HBE、raw、THP-1、PC-12、HUVEC等细胞
【6】求大鼠肝癌细胞株HTC细胞,或RH-35细胞?愿意交换或者购买
【7】坐标陕西 有没有同仁有中国仓鼠肺细胞,组里也有别的细胞可以交换
【6】求状态好的THP-1细胞,最好是用1640培养基养的。实验室有食管癌细胞Kyse150,109可以交换,感谢大家!
【7】坐标太原,求代数低的H9C2细胞,实验室有多种肝癌细胞
【8】求乳腺癌MCF-7,MDA-MB231细胞,最好有检测报告(没有也行),可以用耗材换,坐标上海
【9】各位朋友,坐标北京,想换A431或MCF-7,可以提供人胶质瘤细胞系u87,ln229,小鼠gl261等,其他的也可以问问万一有呢
【10】求助MH-S,Ana-1,J774A.1,和永生化的iBMDM细胞系。
【11】提供细胞PC12,H9c2,HaCaT,MDCK,Caco2,sw480,HCT116,HT29,NCM460,LMH,A549。求助MH-S,Ana-1,J774A.1,和永生化的iBMDM细胞系。
【12】请问有朋友有PC9细胞吗。可提供h1299 a549 hcc 827 和耗材请问有朋友有PC9细胞吗。可提供h1299 a549 hcc 827 和耗材
【13】请问有人有RBMEC、HUVEC吗?我们实验室Raw264.7,HepG 2 ,H1299 ,H1975, LLC ,SKB3  A549,bv2,状态良好,或者耗材也可以交换,感激不尽[合十][合十][合十]
【14】请问有大佬有RA-FLS和FLS吗(人类风湿关节炎成纤维滑膜细胞和人正常成纤维滑膜细胞)[合十] ,可交换可购买。

更多交换信息 戳我查看》》》

<think>嗯,用户现在问的是单细胞数据中的features.tsv.gz文件通常包含什么内容。之前他遇到了一个关于Seurat对象设置行名时的错误,现在转向单细胞数据文件的组成。这可能意味着他正在处理单细胞数据,可能在数据导入或处理阶段遇到了问题,或者想更深入了解数据结构和内容。 首先,我需要确认用户对单细胞数据流程的基础知识是否了解。比如,是否知道10X Genomics的数据格式,或者是否在使用Seurat处理数据。之前的错误提示是关于设置行名的问题,可能用户现在在尝试正确导入或解析数据文件,所以需要了解features.tsv.gz的结构,以便正确读取或处理基因名称。 接下来,features.tsv.gz通常包含基因的标识符,比如基因符号和Ensembl ID。需要详细说明每个字段的含义,可能还有第三列的注释。此外,压缩格式的使用(.gz)意味着文件是经过gzip压缩的,需要用适当的工具读取。 用户可能想知道这个文件的结构,以便在导入到Seurat或其他分析工具时正确指定参数,避免出现行名错误,如之前的问题。比如,在Seurat中读取10X数据时,需要指定基因的列,可能默认使用第一列,但如果有重复的基因符号,可能需要处理,比如使用make.unique或者选择Ensembl ID作为行名。 此外,用户可能遇到重复的基因符号导致的问题,这在之前的错误中也提到过。这时候需要解释如何处理这种情况,比如在读取时如何处理,或者在分析前清洗数据。另外,可能用户需要了解如何正确设置行名以避免维度错误。 最后,可能需要提供示例代码,比如使用Seurat的Read10X函数时如何指定gene.column参数,或者如何处理features.tsv中的多个列。同时,提醒用户检查文件内容,比如是否有注释行或特殊分隔符,这些可能影响数据读取的正确性。 总结来说,用户的需求可能包括了解features.tsv.gz的结构、字段含义、如何正确读取以及在分析中的注意事项,特别是与之前遇到的Seurat行名错误相关的处理方式。需要以清晰的结构回答,涵盖文件内容、结构、常见问题及解决方法,并提供实际代码示例帮助用户操作。</think>--- ### **`features.tsv.gz` 文件核心内容解析** 在单细胞测序数据(如10X Genomics平台)中,`features.tsv.gz` 是 **基因/特征注释文件**,存储与表达矩阵中每一行基因(或其它特征)对应的标识信息。以下是其典型结构和应用场景: --- #### **1. 文件结构** 文件通常包含 **3列**,列间用制表符(`\t`)分隔: ```plaintext ENSG00000141510 TP53 tumor_suppressor ENSG00000169083 ACTB cytoskeletal_protein ENSG00000171862 EGFR receptor_tyrosine_kinase ``` | **列序号** | **字段名称** | **内容说明** | **示例** | |------------|--------------|--------------|----------| | **第1列** | Feature ID | 唯一基因标识符(如Ensembl ID) | `ENSG00000141510` | | **第2列** | Gene Symbol | 标准化基因符号(可能含重复) | `TP53`, `ACTB` | | **第3列** | Feature Type | 特征类型注释(基因/抗体标签/对照等) | `Gene Expression`, `Antibody Capture` | --- #### **2. 关键技术细节** - **压缩格式**:`.gz` 后缀表示文件经过 **gzip压缩**,需用支持压缩的工具读取(如R中的 `read.table(gzfile(...))`) - **行对应关系**:每行严格对应表达矩阵(`matrix.mtx.gz`)中的 **一行基因** - **多类型特征**:在多组学数据中可能混合基因表达、抗体标签(CITE-seq)等特征,通过第三列区分 --- ### **数据导入与Seurat处理** 在加载数据到 **Seurat对象** 时,需正确处理该文件内容: #### **1. 正确读取方式** ```R # 使用Seurat内置函数读取10X数据 library(Seurat) data_dir <- "path/to/10x/data/" seurat_obj <- Read10X(data.dir = data_dir, gene.column = 1) # 默认取第1列作为基因ID ``` - **参数 `gene.column`**: - `1`: 使用第1列(Ensembl ID)作为行名(**推荐避免重复问题**) - `2`: 使用第2列(Gene Symbol),需预先处理重复值 --- #### **2. 基因符号重复处理** 若强制使用Gene Symbol作为行名: ```R # 读取features.tsv并处理重复符号 features <- read.delim(gzfile("features.tsv.gz"), header = FALSE, col.names = c("ENSEMBL", "SYMBOL", "TYPE")) features$SYMBOL <- make.unique(features$SYMBOL, sep = "_") # 强制唯一化 # 创建Seurat对象时指定处理后的符号 seurat_obj <- CreateSeuratObject( counts = Read10X(data.dir = data_dir, gene.column = 2), project = "scRNA" ) rownames(seurat_obj) <- features$SYMBOL # 确保长度匹配 ``` --- ### **特殊场景与验证** #### **场景1:多组学数据混合** 当数据包含 **CITE-seq抗体标签** 或 **CRISPR导引RNA** 时: ```R # 检查第三列特征类型 table(features$TYPE) # 分别提取基因表达和抗体数据 gene_features <- subset(features, TYPE == "Gene Expression") ab_features <- subset(features, TYPE == "Antibody Capture") # 创建独立对象或存储为不同Assay ``` --- #### **场景2:Ensembl ID与Symbol映射** 保留原始ID作为元数据以增强可追溯性: ```R # 将Gene Symbol添加到meta.features seurat_obj[["RNA"]]@meta.features$SYMBOL <- features$SYMBOL # 通过符号快速查询(需唯一) FeaturePlot(seurat_obj, features = c("TP53", "CD3E")) ``` --- ### **生物学质控建议** 1. **关键基因验证** 检查管家基因(如 `ACTB`, `GAPDH`)的表达分布: ```R VlnPlot(seurat_obj, features = c("ACTB", "GAPDH"), pt.size = 0) ``` 2. **符号-ID映射检查** 确认重要基因的Ensembl ID与Symbol对应关系: ```R features[grep("^TP53$", features$SYMBOL), ] ``` --- ### **总结** `features.tsv.gz` 是 **单细胞数据基因注释的核心文件**,正确处理其内容可避免: - 行名重复导致的Seurat对象构建错误 - 基因符号与ID映射混乱 - 多组学特征混合时的误操作 **推荐策略**:优先使用Ensembl ID作为行名,将Gene Symbol存储为元数据,在可视化时按需调用符号信息
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