cell:提高iPS细胞诱导率途径

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德国明斯特的马普分子生物医学研究所汉斯·舒勒领导的一个研究小组成功地利用分子机理,使实验鼠细胞的“复位”过程变得更加有效,如果这项最新成果能应用于人类,对患者自身干细胞的修复将迈出重要的一步。这项研究成果刊登在最新一期的《细胞》杂志上。

一直以来,科学家已经能通过改变正常细胞的基因或蛋白质注射,使普通体细胞变成万能干细胞,但是这种方法收效很低,迄今只有万分之一的皮肤细胞能够重新编码。日本科学家在4年前通过分子生物学手段,首次成功地使实验鼠的皮肤细胞转换成类似胚胎干细胞,这种干细胞可以构成人体200多种其他细胞。产生这种诱导多能干细胞(iPS细胞),既不需要卵细胞,也不需要胚胎,只需要4个能进入细胞的转录基因:Oct4、SOX2、c-Myc和Klf4。不久后发现,同样的方法应用于人体皮肤细胞也有效。

从那时起,这种方法有了明显改进,例如科学家不依靠所谓的“基因搭载”也可以产生iPS细胞,4种关键因子现在已作为蛋白质注射被应用。然而这种方法的效果还是很低,平均1万个普通细胞只有1个能变成iPS细胞,少数获得的iPS细胞还必须从细胞混合物中进行分离,整个过程至少需要3周至4周。

通过体细胞能更快地获得iPS细胞,体细胞重新编码最快仅需1天时间,其效果类似克隆羊多莉通过一个体细胞移植到去核卵细胞,约半数经过处理的细胞在3天至4天后就完成重新编码。由于细胞加速“复位”的机理目前还不清楚,舒勒研究小组成员生物学家尼萨特·辛格猜测,卵细胞和iPS细胞都含有一个起决定作用的细胞核,它像涡轮增压器一样能重新启动和加速编码过程。为此,他们开发出了一种方法,能够在所有细胞混合物中识别出含有蛋白质的多功能细胞,由它来完成细胞的重新编码。同时他们还找到一系列蛋白质,作为染色体重塑的复合物。

有针对性地使一定的DN***段开启或关闭是一个重要机制,可以控制体细胞不同的功能,并使每个细胞适用dna程序的变化。舒勒领导的这项研究首次表明,在细胞重新编码过程中,染色体重塑复合物起着关键作用,其中特定的部分——蛋白质Brg1、Baf155和Ini1可以显著提高体细胞转化为多能干细胞的效率,其4.5%的产出率明显高于以前的方法。但这仅仅是个开始,马普研究人员还在试验其他候选蛋白质,使这一过程更加高效和快速。

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源码来自:https://pan.quark.cn/s/a4b39357ea24 遗传算法 - 简书 遗传算法的理论是根据达尔文进化论而设计出来的算法: 人类是朝着好的方向(最优解)进化,进化过程中,会自动选择优良基因,淘汰劣等基因。 遗传算法(英语:genetic algorithm (GA) )是计算数学中用于解决最佳化的搜索算法,是进化算法的一种。 进化算法最初是借鉴了进化生物学中的一些现象而发展起来的,这些现象包括遗传、突变、自然选择、杂交等。 搜索算法的共同特征为: 首先组成一组候选解 依据某些适应性条件测算这些候选解的适应度 根据适应度保留某些候选解,放弃其他候选解 对保留的候选解进行某些操作,生成新的候选解 遗传算法流程 遗传算法的一般步骤 my_fitness函数 评估每条染色体所对应个体的适应度 升序排列适应度评估值,选出 前 parent_number 个 个体作为 待选 parent 种群(适应度函数的值越小越好) 从 待选 parent 种群 中随机选择 2 个个体作为父方和母方。 抽取父母双方的染色体,进行交叉,产生 2 个子代。 (交叉概) 对子代(parent + 生成的 child)的染色体进行变异。 (变异概) 重复3,4,5步骤,直到新种群(parentnumber + childnumber)的产生。 循环以上步骤直至找到满意的解。 名词解释 交叉概:两个个体进行交配的概。 例如,交配概为0.8,则80%的“夫妻”会生育后代。 变异概:所有的基因中发生变异的占总体的比例。 GA函数 适应度函数 适应度函数由解决的问题决定。 举一个平方和的例子。 简单的平方和问题 求函数的最小值,其中每个变量的取值区间都是 [-1, ...
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