Circos作图

Circos作图

写在前面

当矩形图无法满足要求的时候，我们就要掰弯它。

circos图是出现在各大期刊上的概率大大提高了，这不仅仅因为它好看，其次Circos还能同时展示出不能类型的数据。

一、Circos的安装

• 1、conda安装

通过conda search circos，我们可以看到有很多个circos版本，因此我们无论安装哪个版本都是可以的。conda软件的安装在前面的文章中已经具体讲解。
[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-iGohKlon-1615365386044)(https://imgkr2.cn-bj.ufileos.com/13041b23-4872-46bb-b8f7-bc28e7dc4ae1.png?UCloudPublicKey=TOKEN_8d8b72be-579a-4e83-bfd0-5f6ce1546f13&Signature=b%252FXbhaBf2coOueKmrxMalh%252BvNJw%253D&Expires=1606802061)]

conda create -n circos

conda activate circos

conda install -y circos

• 2、源码安装

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-8.tgz

tar -zxvf circos-0.69-8.tgz

安装完成后添加到环境变量中就可以了。

由于源码安装需要自己去安装Circos软件所需要的perl模块，因此在使用软件前需要检查所需的模块的是否安装成功。

circos -modules

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-uKxThtBS-1615365386046)(https://imgkr2.cn-bj.ufileos.com/6435dacf-4720-485d-b35e-2831cb0b1c9d.png?UCloudPublicKey=TOKEN_8d8b72be-579a-4e83-bfd0-5f6ce1546f13&Signature=UvMtGKbVim4xTsn7BjrEAtllCc4%253D&Expires=1606803824)]

二、Circos画图

• 1、准备配置文件

（1）最外圈染色体文件

#chr  -  染色体名字  circos染色体名字  染色体开始位置  染色体终止位置  颜色
chr	-	Supercontig_1	1	0	9798892	chr1
chr	-	Supercontig_2	2	0	4478682	chr2
chr	-	Supercontig_3	3	0	5274801	chr3
chr	-	Supercontig_4	4	0	6000760	chr4
chr	-	Supercontig_5	5	0	6436245	chr5

(2)内圈配置文件

绘制直方图

<plot>
# 设定为直方图
type = histogram
# 用于画直方图的数据文件路径。该文件需要编写程序生成。
# 数据文件为4列：
# chromosome       start          end     data
# Supercontig_1   0       9999    0.489
file = gc.histogram.txt
# 设置直方图的位置，r1 要比 r0 大。直方图的方向默认为向外。
r1   = 0.95r
r0   = 0.80r
# 直方图的填充颜色
#fill_color = vlgrey
color = red
# 默认下直方图轮廓厚度为 1px，若不需要轮廓，则设置其厚度为0，或在 etc/tracks/histogram.conf 中修改。
thickness = 6p
# 直方图是由 bins （条行框）所构成的。若 bins 在坐标上不相连，最好设置不要将其bins连接到一起。例如：
# hs1 10 20 0.5
# hs1 30 40 0.25
# 上述数据设置值为 yes 和 no 时，图形是不一样的。
extend_bin = no
# 设置坐标轴的最大值和最小值
max   = 1
min   = 0

# 设定直方图的背景颜色
<backgrounds>
show  = data

<background>
color = vvlgrey
</background>

</backgrounds>
</plot>

绘制 热图

<plot>
# 绘制 heat map
type  = heatmap
# 指定热图的数据文件路径。该文件需要编写程序生成。
# 数据文件为5列：
# chrID           start     end     data    class
# Supercontig_1   1151    2878    32.62   id=Nc000
# Supercontig_1   1151    2878    63.02   id=Nc015
# Supercontig_1   1151    2878    165.36  id=Nc060
# Supercontig_1   1151    2878    125.84  id=Nc120
# Supercontig_1   1151    2878    34.58   id=Nc240
file  = gene_expression.heatmap.txt
# 设定图形所处位置
r1    = 0.75r
r0    = 0.69r

# 设定数据显示的规则。以下规则表示，FPKM值在 0, 10, 100等区间使用4种不同的颜色表示。
<rules>
# 以下可以设置多个 rules
<rule>
# 条件判断，每个 rule 都有一个condition参数；如果该condition为真，则不对数据进行展示。
condition = var(id) ne "Nc000"
show      = no
# 若flow参数值为continue，则继续往下执行。
flow      = continue
</rule>
<rule>
condition     = var(value) <= 0
color         = black