本文介绍了如何使用circos进行区域高亮展示，包括定义位置参数和显示方式的设置，如染色体上的CpG岛高亮，以及通过不同参数创建多彩和不规则形状的高亮效果。
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!
通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制成精妙的circos 图片，但是这些只是circos的基本功能，染色体只是提供了一个基础的坐标系统，重点是染色体上相关区域的数据如何展示。
Highlights这个block 提供了一种功能，高亮某个区域，高亮的意思就是用不同的颜色进行填充。比如将CpG岛区域进行高亮，可以直观的查看CpG Island在染色体上的分布。
和ticks类似，一个hightlishts由多个hightlight 构成，示例如下
file定义了需要高亮显示的区域，至少需要以下3列信息
第一列为染色体的ID,第二列和第三列分别定义了染色体上的起始和终止位置。每一行是一个需要高亮的位置。file定义了需要高亮的区域在染色体上的实际位置，接下来就是设置highlight在图中的显示方式。
相关参数可以分成两大类别：
1. 定义位置的参数
有两种定位的方式
- 通过
ideogram参数
直接设置ideogram = yes, 此时highlight就在染色体对应的区域, 如下图所示
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
1830
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
