circos 作图简介

Circos官网   http://circos.ca

在线绘图工具    http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

Circos图的诞生

Circos图诞生于2009年,当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research(最新IF:9.944)上,其作者是Martin Krzywinski,可为“Circos之父”,我们姑且尊称他为“马老师”。从那时出现开始便多次出现在国际知名杂志,比如Nature、Science、Cell上。截止到2019年9月该文章已被引用将近3,500次

Circos图的用途

Circos图其实是一个用途非常广泛的图形,可以用于表征基本上任何类型的数据,包括把我们常见的散点图、折线图等都可以整合到Circos图中。特别的,Circos图尤其适合用来描述生物信息学和基因组学的数据。

Circos图的做法

绘制Circos图有以下几种做法,由难到易依次为:

方法一:Perl 语言

官方提供的绘制Circos图的软件叫做Circos,是一个由Perl语言编写的一个非常庞大的软件,安装起来非常麻烦:

1. 下载安装Perl语言

2. 从Circos官方网站下载Circos:http://circos.ca/software/download/

下载好之后就是安装Circos需要的Perl模块,粗略统计了一下,Windows中的Active Perl如果要运行Circos,需要安装十几个模块,所以这个很麻烦,难度也很大。

方法二:R语言

推荐几个可以做Circos图的R包

-- circlize

-- RCircos

方法三:Circos Table Viewer

这个是Circos官方在线的绘图工具,网址如下

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

这个网站很慢,可能还需要翻墙

这是目前为止最为简洁的绘制Circos图的方法,只要上传一个文本文件就可以绘图了。具体绘图步骤如下:

1. 进入在线绘图网站 

http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

 

2. 准备数据

数据需要放到文本文件中,用空格或者制表符分隔

由于Circos Table Viewer不接受小数,将相关系数都乘以1000

 

 3. 上传文件

点击 “浏览” 上传文件,然后点击 “Visualize Table” 即可生成Circos图

 

 4. 下载Circos图

<think>好的,用户想了解PPI相关的表或可视化方法。首先,我需要回忆一下PPI网络可视化的常用工具和技术。根据提供的引用,用户提到的工具包括igraph、ggraph、maftools、Cytoscape等。引用[1]中提到了Graph2Go使用VGAE和GCN,这可能涉及嵌入方法,但用户可能更关注具体的可视化表类型。 然后,用户需要具体的表类型,比如网络、热等。引用[2]中提到了生信热、maftools、棒棒糖Circos、IGV浏览器、PPI网络等。这些都应该列出来作为可能的可视化方法。同时,引用[3]展示了如何使用R中的igraph和ggraph创建网络对象,添加节点和边,这也是一个重要的步骤,需要详细说明。 接下来,用户可能需要了解不同表的适用场景。例如,PPI网络适合展示整体相互作用,而热可以显示基因表达或变异数据。棒棒糖用于显示蛋白质结构域和变异位置,Circos适合展示基因组水平的相互作用。需要将这些信息分门别类,让用户清楚每种方法的应用。 此外,用户可能对具体的工具和步骤感兴趣,比如如何使用Cytoscape进行可视化,或者如何用R的igraph包生成网络。根据引用[3]中的代码示例,可以给出一个简单的R代码示例,说明如何创建网络对象并添加节点和边,这有助于用户实际操作。 还要考虑用户可能的后续问题,比如如何优化PPI网络的可视化,或者如何处理大规模PPI数据。这些问题可以作为相关问题提出,帮助用户进一步探索。同时,引用中提到的Graph2Go和GCN方法可能涉及到更高级的分析,但用户当前的问题集中在可视化,所以可能不需要深入这些技术细节,但可以作为扩展内容提及。 最后,需要检查回答是否符合系统级指令,比如使用正确的中文,数学公式的格式是否正确,以及引用标识是否恰当添加。确保所有提到的表和方法都有对应的引用来源,例如引用[1]、[2]、[3]在适当的位置标注。</think>### PPI网络可视化方法 在生物信息学中,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的可视化主要通过以下表和方法实现: 1. **PPI网络** - **工具**:Cytoscape、Gephi、R的`igraph`和`ggraph`包 - **特点**:用节点表示蛋白质,边表示相互作用,可自定义布局(如力导向、圆形或分层布局)。例如,通过以下R代码创建基础网络: ```R # 创建空的网络对象 network <- make_empty_graph() # 添加5个节点 network <- add_vertices(network, n = 5) # 定义边的连接关系 edges <- c(1,2, 2,3, 3,4, 4,5, 5,1) network <- add_edges(network, edges) # 绘制网络 plot(network, layout=layout_in_circle, vertex.color="lightblue") ``` 该方法常用于展示PPI网络的拓扑结构和关键蛋白识别[^3]。 2. **生信热(Heatmap)** - **应用**:展示基因表达或变异数据与蛋白质相互作用的关联。例如,`maftools`生成的变异水平热可辅助分析突变基因的相互作用模式[^2]。 3. **棒棒糖(Lollipop Plot)** - **作用**:标记蛋白质结构域、功能位点及突变位置,帮助定位关键功能区域。例如,结合PPI数据可分析突变对相互作用的影响。 4. **基因组Circos** - **用途**:展示基因组水平的多组学数据(如染色体交互、融合事件),适用于大规模PPI网络的整合分析。 5. **功能富集结果** - **方法**:通过GO(Gene Ontology)或KEGG富集分析,以气泡或条形展示PPI相关基因的功能聚类,例如`Graph2Go`工具融合嵌入与功能推断的结果[^1]。 --- ###
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