xiaolan39的博客

Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确

gromacs 分析命令

Amber 蛋白残基重新编号

VMD 盐桥

gromacs 选择部分gromacs make_indexname 25 XXX重新给25group 命名del 26删除26group选择蛋白中的102号残基的OE1原子1 & r 102 & a OE1这里要注意ri 与r 区别，ri 代表的是用l list residues 后的残基，编号从1开始而r 代表的是你的pdb 文件中残基的编号计算残基之间的最小距离(1) 先用make_ndx命令生成index文件：gmxmake_ndx -f md_0_1.t

我们可以利用DSSP实现二级结构分析。首先下载DSSP，然后复制到/usr/local/bin中，在环境变量中添加DSSP，gmx do_dssp -f md_center.xtc -s md.tpr -o dssp.xpm -tu ns然后再利用xpm2ps将xpm转换为epsgmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps在这里可以用一个m2p 的文件把一些参数写进去，自己觉得有用参考参数描述; Command line options

在文献中看到有人做自由能景观图，记录下自己的操作过程参考http://www.kangsgo.com/49.htmlhttp://sobereva.com/73https://www.zhihu.com/question/19895566跑完动力学后蛋白比对gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -fit rot+trans -o mdfit.xtc选择backbone 以及 system用于输出然后生成协方差gmx covar -s md.gro -f mdfi

这两天跑一个蛋白体系，主要蛋白同源模建的，然后gromacs 跑动力学，对野生型在跑到70ns时报错，对突变体却可以正常运行。主要还是体系崩溃，查看报错信息，说明体系不够稳定，说蛋白一个GLN残基的N H 原子间可能有问题，如何解决。https://manual.gromacs.org/current/user-guide/terminology.html#blowing-up参考官网给的解决办法方法1看到有说步长修改为1fs,目前正在尝试。方法2确保在mdp文件中为所选的力场和系统类型

近来这两个之间捣鼓拓扑文件：prmtop top坐标文件：inpcrd gro轨迹文件: mdcrd xtc拓扑和坐标文件我们用parmed可以实现相互转换轨迹文件用vmd 可以转换parmed利用parmed 网址 https://github.com/ParmEd/ParmEd里面介绍到格式转换import parmed as pmd#convert GROMACS topology to AMBER formatgmx_top = pmd.load_file(‘p

管道符的使用[root@linuxprobe ~]# free -mtotal used free shared buffers cachedMem: 1826 1244 582 9 1 413-/+ buffers/cache: 830 996Swap: 2047 0 2047[root@linuxprobe ~]# free -m

近期天津超算有测试使用，总结一些需要主要的点在登录节点 加载自己所需要的模块如使用gromacs 加载模块module add Intel_compiler/16.0.3module add MPI/Intel/IMPI/5.1.3.210module add fftw/3.3.4-icc16-IMPI5.1module add gromacs/5.1.2-single-icc16-IMPI5.1加载后用module list查看下是否加载成功然后在登录节点编写脚本run.sh#!/bin

利用g_mmpbsa 计算时的命令：这里有一步法，也有三步法三步法的命令：a:计算真空中的势能g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -pdie 2 -decomp产生两个文件energy_MM.xvg and contrib_MM.datb:计算极性溶剂化能g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/polar.mdp -