利用Acpype、Parmed互转 gromacs与Amber拓扑坐标文件

近来这两个之间捣鼓
拓扑文件：prmtop top
坐标文件：inpcrd gro
轨迹文件: mdcrd xtc
拓扑和坐标文件我们用parmed可以实现相互转换
轨迹文件用vmd 可以转换
parmed利用
parmed 网址 https://github.com/ParmEd/ParmEd

里面介绍到格式转换

import parmed as pmd
#convert GROMACS topology to AMBER format
gmx_top = pmd.load_file(‘pmaawaterFE20mer2.top’, xyz=‘pmaawaterFE20mer2.gro’)
gmx_top.save(‘pmaa.top’, format=‘amber’)
gmx_top.save(‘pmaa.crd’, format=‘rst7’)

#convert AMBER topology to GROMACS, CHARMM formats
amber = pmd.load_file(‘prmtop’, ‘inpcrd’)
#Save a GROMACS topology and GRO files
amber.save(‘gromacs.top’)
amber.save(‘gromacs.gro’)

Acpype 也可以进行转换(Amber 转gromacs)

acpype -p solvated.prmtop -x solvated.inpcrd

solvated.prmtop 以及solvated.inpcrd 是利用Amber构建好的文件，输入上述命令 ，生成solvated_GMX.gro solvated_GMX.top 文件
生成的这两个文件重新命名为 solv_ions.gro, topol.top
手动修改topol.top中的[ atomtypes ]下的Cl-修改为大写的CL-，以及最底下描述离子信息的[ atom ]下的IM改为CL-，这才和底下的离子信息对得上，否则待会gromacs运行会报错”atom type XX not found“

文件介绍

gro此文件的从左到右各列信息分别是：残基的数量，残基的名字，原子名字，原子数量，X、Y、Z坐标(单位nm)，X、Y、Z速度(单位nm/ps)。

top拓扑文件包含了在肽或者蛋白质中所有交互作用的完整信息，主要有这些内容：包含的力场，键相互作用参数，非键相互作用参数，限制性参数，定义一些名称等。

在利用ATB生成小分子ITP文件

被主拓扑文件（.top）包含的分拓扑文件，一般包含某个特定分子的类型。于主拓扑文件区别有它不引用其他力场文件，同时包含[system]，[molecule]等拓扑字节。

小分子利用ATB来生成itp文件
ATB网站的格式可以将gromos (这里是gromos,而不是gromacs）的格式转换为amber.