gromacs-too many lincs warning解决办法

这两天跑一个蛋白体系，主要蛋白同源模建的，然后gromacs 跑动力学，对野生型在跑到70ns时报错，对突变体（有一个残基突变）却可以正常运行。主要还是体系崩溃，结构能量最小化的还是不充分
查看报错信息，Too many Lincs Warning
说明体系不够稳定，说蛋白一个GLN残基的N H 原子间可能有问题，如何解决。

https://manual.gromacs.org/current/user-guide/terminology.html#blowing-up
参考官网给的解决办法

• 方法1

看到有说步长修改为1fs,或者让能量最小化的时间长点。

原先能量最小化50000,修改最小化步骤100000
nvt 修改，修改 步长为1fs
npt 修改，修改步长为1fs
md修改，步长为1fs

• 方法2
  确保在mdp文件中为所选的力场和系统类型使用了适当的设置。特别重要的设置是截止值的处理，适当的邻居搜索间隔（nstlist）和温度耦合。

方法3
在mdp文件中修改了constrains 中lincs 的限制，原先为H-bonds,现在限制为all-bonds;

方法4
https://www.researchgate.net/post/Gromacs_Error_Too_many_lincs_warning
researchgate中也有人遇到同样的问题，有人回答在能量最小化时不应该有限制，constraints = none
以及运行足够多的能量优化，先最陡下降，再共轭梯度
integrator = steep # OR
integrator = cg
再或者修改允许的能量差，先emtol = 1000，随后再运行能量最小化调整为
emtol = 100；总而言之，就是体系的结构要充分的能量优化，后续跑MD才能避免此报错。