Gromacs g_mmpbsa结合能分析

利用g_mmpbsa 计算时的命令：
这里有一步法，也有三步法

三步法的命令：
a:计算真空中的势能
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -pdie 2 -decomp
产生两个文件energy_MM.xvg and contrib_MM.dat

b:计算极性溶剂化能
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/polar.mdp -nomme -pbsa -decomp
产生两个文件polar.xvg and contrib_pol.dat

c:计算非极性溶剂化能
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/apolar_sasa.mdp -nomme -pbsa -decomp -apol sasa.xvg -apcon sasa_contrib.dat
产生两个文件sasa.xvg and sasa_contrib.dat

一步法的命令
g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp
选择1和13组，即蛋白和配体

然后是利用python 脚本计算
python MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg (or sasa.xvg)
得到full_energy.dat 和 summary_energy.dat
里面有总能量以及随时间各项的能量变化。