分析棉花RBOH启动子序列相似性

1热敏棉花材料花药RBOH基因表达量在ADS时期受高温诱导

在热敏材料H05中，花药开裂期GHir_A07G001750,GHir_A07G005180,Ghir_D07G001790,Ghir_D08G017610,Ghir_D12G019640,Ghir_D12G029440在常温下基因表达量基本为0，高温下显著增加（from 1 to 3）；然而在耐热材料84021中这些基因表达量都保持在较低水平（<0.5）,H05中RBOH的表达可能导致过多活性氧积累，降低花粉活力、抑制花药开裂。
（后面可以做活性氧含量测定）

2分析RBOH基因家族成员的启动子序列相似性

H05中有相当数量的基因表现出受高温诱导的特征。先分析不同基因的启动子序列相似性寻找线索。
Wang et al在陆地棉中鉴定到了26个RBOH家族成员，通过逐个blast将Gh_ID转换为Ghir_ID。
利用sed工具筛选出RBOH的转录起始位点，这个位点不能直接用于获得启动子序列。

sed -n '/Ghir_A05G019840/p' Ghirsutum_gene_model.gff3 |sed -n