在集群上运行alphafold预测蛋白质结构

最新推荐文章于 2025-12-21 07:30:46 发布

原创最新推荐文章于 2025-12-21 07:30:46 发布 · 269 阅读

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#github

文章讨论了在本地运行AlphaFold的困难，主要由于3TB的数据库文件需求。提到了使用服务器并指定数据库地址尝试运行脚本`bashrun_alphafold.sh`，但未完全成功。两个bsub命令显示了不同的参数配置，如输出目录、输入FASTA文件和时间戳等。

背景：在本地运行alphafold是不可能的，因为数据库文件就3TB。
首先准备

服务器数据库地址：/share/database/alphafold_data/

只启动CPU的模式
bsub -J alphafold -n 10 -R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -q normal “bash run_alphafold.sh -d /share/database/alphafold_data/ -o ~/alpha_out/ -f ~/alphaFOLD/TM_Ghir_D05G026370_protein.fasta -t 2020-05-14 -g False”
还没有完全探索成功。

bsub -J alphafold -n 10 -R span[hosts=1] -o %J.out -e %J.err -q normal “bash run_alphafold.sh -d /share/database/alphafold_data -o alphafold_out -f test.fa -t 2021-11-01 -n 20 -m monomer”