安装开源版pymol

官网链接见这里：https://www.pymol.org/

但是注意有license，也就是要付费。

开源版见这里：https://github.com/schrodinger/pymol-open-source

开源版的安装见这里：https://github.com/schrodinger/pymol-open-source/blob/master/INSTALL

一，安装部分

1，手动安装并编译：hard but pleasure

有能力的，可以锻炼一下自己的折腾能力

2，Anaconda：simple but less interesting

anaconda上有开源版的pymol的conda包，即pymol-open-source可以直接安装；

mamba create -n pymol -y -c conda-forge pymol-open-source
mamba update pymol-open-source

安装之后的运行：

二，VSCode 连接远程服务器使用图形化界面（GUI）

我为什么要提这个，是因为有些新手vscode的配置没有做到位，所以在需要调用GUI的任务执行的时候会出问题，比如说计算生物学中的各种软件，都有GUI版本；

包括本篇博客中提到的pymol，也是在可视化过程中进行编辑操作。

要么在vscode中一次性的解决这个小问题，一劳永逸，

要么就使用带有GUI功能的，我见过有学生搞不定就直接跳过vscode，每次有GUI任务需求就另外开一个Mobaxterm终端使用。

比如说下面这样的问题：

很明显，这是因为PyMOL尝试使用图形界面（GUI），但在无图形环境（如服务器或SSH连接）中无法连接到X11显示服务器导致。

当然，要执行pymol的任务，并不一定需要GUI的存在，强悍的人，照样能够在命令行中像使用python一样使用pymol。

当然，这适用于在Python中使用PyMOL，也就是脚本化的pymol数据分析。

比如说：

pymol的无头模式：

# 启动PyMOL时使用无头模式
pymol -c  # -c 表示命令行模式，不启动GUI

不使用GUI的方法还有很多，比如说使用环境变量禁用GUI。

其他的做法：

设置虚拟显示器，比如说是xvfb，也就是虚拟帧缓冲器；

另外就是启用X11转发，毕竟是通过SSH连接的。

当然，如果本身就在服务器主机上，当然也可以直接安装图形化界面，比如说ubuntu-desktop；当然，如果计算机配置比较低，或者希望保持系统轻量级的话，可以考虑使用轻量级的桌面环境（比如说Xfce、LXQt等），而不是完整的Ubuntu桌面环境。

本篇博客就是针对vscode在远程连接服务器时，程序无法在本地显示图像以及使用图形化界面命令的问题，所以需要使用X协议转发的解决思路；

参考下面博客中的解决思路：

https://blog.youkuaiyun.com/Dteam_f/article/details/109806294

其实就是在本地系统安装Xming，然后在vscode中安装插件，设置连接以及环境变量等。

1，问题本身

vscode本身的远程连接插件remote-SSH，用于链接远程服务器进行编程。

但是如果程序涉及到操作显示图像，由于程序运行在服务器上（比如说上面我们要运行的pymol），无法直接将图像显示到我们的本地系统。

解决思路：

使用X协议进行转发，也就是把显示在远程服务器上的图像转发到我们的本地系统。

2，操作步骤

基本按照https://blog.youkuaiyun.com/Dteam_f/article/details/109806294

（1）安装Xming

使用的是Xming，就是将Linux图形界面输出到Windows上；

下载地址在：https://sourceforge.net/projects/xming/

需要下载的是下面两个文件：

• Xming-6-9-0-31-setup.exe：直接在上面界面中download即可
• Xming-fonts-7-7-0-10-setup.exe：在上面界面中下面的project activity中下载

详细安装过程：
注意在安装Xming，按照自己需求是否要安装一个ssh client。

在安装了Xming之后，字体格式也按照同样的方式安装下载。

（2）开启X11服务

在本地电脑上，注意是打开XLaunch，而不是Xming

（3）修改Xming设置

在Xming安装的目录中，找到下面的这个X0.hosts文件

在localhost中添加我们的服务器ip（按照你自己的主机设置来处理）

（4）在vscode中安装相关插件

Remote-SSH就不用说了，用vscode的应该都安装了。

其实可以看到，两个remote X11的相关插件都不再支持了；

（5）设置本地vscode Remote-SSH

按照参考博客，在自己的.ssh\config中添加下面3段，对于每一个主机，只要添加下面以Forward*开头的3行就可以了，

也就是：

  ForwardX11 yes
  ForwardX11Trusted yes
  ForwardAgent yes

（6）在服务器要使用GUI的工程中设置.vscode/launch.json

因为我目前是某个环境中安装了开源的pymol，也就没有所谓的哪个工程了，所以我就直接设置了。

然后我们需要修改vscode中的配置文件：

然后对于要使用GUI的工程中设置下图中的文件，.vscode/launch.json，

注意！！！！这个文件不是在vscode左下角的settings中搜索的，有很多新手会误以为是下面的这个配置文件：

这个文件可以参考：https://blog.youkuaiyun.com/qq_16587307/article/details/106593867。

实际上的这个json文件，是在vscode左侧的run&debug中（就是左侧的这个小bug）

然后我们要添加的字段，其实就是本地电脑图形界面的ip+端口

另外就是有很多教程，可能这里说添加的不是10.0，是按照自己Xming中运行的端口来配置的，

比如说这里本地电脑运行的是0.0，我一开始也是配置0.0，但是没有成功。

但是我亲测这里是配置10.0的时候，是能够成功的（总之就是按照自己的实际情况来，可以自己探索一下哪个能够成功）

另外就是ip的问题，前面也说了，我这里因为处于同一个局域网下，所以就使用了localhost。

然后除了在这个json文件中配置这个GUI的ip以及端口以外，

（7）在服务器中设置DISPLAY的环境变量

另外就是在服务器中设置DISPLAY的环境变量：

也就是我们前面设置的ip+端口，

在上面的json文件中添加ip地址的环境变量，就是前面使用Xming中设置的host，

在向_/.bashrc（/.zshrc同理）中添加环境变量，然后source更新；

因为本人服务器和本地端在同一局域网下，所以我这里就是用localhost解析了，具体使用的时候按照自己的实际情况来定。

export DISPLAY="localhost:10.0"

端口就是前面Xming中的host地址端口；

然后就是就入到之前安装的开源pymol环境中，然后就可以运行pymol了：

然后就可以愉快地玩耍了！

参考：

https://www.cnblogs.com/dechinphy/p/pymol.html

https://blog.youkuaiyun.com/Dteam_f/article/details/109806294

https://sys-blog.net/xming/