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原创 Gromacs 分子动力学 远程安装介绍 全网最详细的Gromacs安装前说明 该怎么选择合适的安装方式 Windows直接可用的Gromacs（预编译版）有什么危害？Gromacs安装需要准备什么？
首先这个软件是Linux的软件，从官网提供的下载文件可以看出默认没有Windows可以直接用的版本，所以Windows的话要安装载体来安装Linux系统（Ubuntu/CentOs二选一），这个载体也就是WSL系统或者虚拟机，还有一种载体叫双系统，为虚拟机的升级版。
2024-02-04 23:22:44
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原创 AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 run autogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件 AutoDock安装闪退
关于很多的人分不清AutoDock这个对接工具以及Vina对接工具的区别以及他们安装以后的样子等等，导致大家在安装的时候频频犯难！下面就给大家详细的讲解以下他们二者的区别疑惑：他们二者有什么关联呢。
2024-01-16 00:32:20
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原创 AutoDock 安装后打开闪退问题 AutoDock分子对接 AutoGrid 报错 对接盒子配置 不能生成map文件的解决方法
AutoDock 安装问题 闪退问题
2023-05-10 12:17:30
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原创 计算机软考中级 知识点记忆 — 编译型与解释型语言对比（Java、C、C++、Python）个人笔记
计算机软考中级 知识点记忆 — 编译型与解释型语言对比（Java、C、C++、Python）个人笔记
2025-04-08 10:58:49
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原创 如何用PyMOL插件精准识别蛋白质复合物的接触界面残基？快来了解这款高效工具！ interfaceResidue插件
引言：在蛋白质结构生物学中，研究蛋白质-蛋白质相互作用是理解细胞功能、信号传导、疾病机制等生物学过程的关键。然而，。传统的方法通常依赖于计算残基之间的距离或者，但这种方法存在不小的。特别是在使用像或其他结构预测工具获得蛋白质复合物的情况下，这些依然取决于如何识别复合物中真正的接触界面。本期文章将为大家介绍插件，这是一款能够高效识别和分析蛋白质复合物接触界面残基的工具，尤其是在大规模复合物结构分析中，能够大幅提高分析的准确性与效率。接触界面残基是指位于两个蛋白质链之间接触区域的残基。
2025-04-08 10:43:28
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原创 GROMACS 模拟轨迹中 MMPBSA 计算大比拼：gmx_mmpbsa.sh 与 gmx_MMPBSA，究竟谁更强？如何安装gmx_MMPBSA 如何选择 gmx_MMPBSA？
在分子动力学模拟中，MM/PBSA（分子力学-泊松-玻尔兹曼表面积）和 MM/GBSA（分子力学-广义玻恩表面积）方法被广泛用于估算生物分子复合物的结合自由能。针对 GROMACS 生成的轨迹文件，主要有两种工具可用于执行这些计算：gmx_mmpbsa.sh 和 gmx_MMPBSA。本文将详细比较这两者的特点、适用场景及各自优势，以帮助大家选择最适合的工具。
2025-03-26 11:34:57
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原创 VMD 2.0 全新发布：探索分子可视化的未来
VMD 2.0 是分子可视化软件发展的一个重要里程碑。其更高效的用户界面、卓越的渲染技术、显著的计算性能提升与灵活的扩展性，注定会在未来的科研应用中发挥重要作用。期待 VMD 2.0 的后续更新，以及windwos、mac版本的出现。
2025-03-26 10:45:41
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原创 探索PyMOL新插件NRGSuite-Qt：全面提升分子对接、结合位点预测与动力学模拟的研究效率
随着分子建模和计算生物学的快速发展，分子对接（Molecular Docking）、结合位点预测、相互作用分析以及动力学研究等领域的工具越来越重要。这些工具不仅帮助研究人员理解分子间的相互作用机制，还能加速药物设计和优化过程。NRGSuite-Qt，作为PyMOL的一个新插件，提供了一个集成多种功能的平台，使得分子建模和模拟的各个方面都能够得到高效且便捷的处理。
2025-03-25 11:58:23
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原创 全面了解 pdbfixer：修复和优化 PDB 文件的强大工具
是一个用于修复和优化 PDB（Protein Data Bank） 文件的工具。PDB 文件用于存储蛋白质、核酸等生物分子和其三维结构数据，它们是分子建模、模拟以及其他生物学和化学分析中非常重要的文件格式。由于实验数据在获取时的种种限制（如X射线晶体学或NMR技术无法提供完整的结构信息），许多 PDB 文件可能存在缺失的残基、非标准残基或原子，甚至错误的结构。 通过自动化修复这些问题，生成一个完整、可靠、适合后续分析和模拟的 PDB 文件。它是基于 Python 的工具，用户可以在命令行中使用，也可以通过
2025-03-25 10:57:39
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原创 【Amber 安装教程】入坑Amber须知 Amber vs. AmberTools 区别 AmberTools 能做什么 AmberTools 核心功能 新手安装Amber 以及AmberTools
在分子对接研究中，我们通常使用GROMACS进行分子动力学模拟，但GROMACS默认不会识别配体（小分子药物）的力场参数。因此，为了正确模拟受体-配体相互作用，我们需要手动生成配体的拓扑文件，并引入适用于GROMACS的力场参数。AmberTools和acpype是常用的工具，可以将Amber力场应用于小分子，并转换为GROMACS兼容的拓扑文件。因此，正确安装和配置AmberTools与acpype是至关重要的。本文将详细介绍它们的安装步骤及相关注意事项。
2025-02-20 22:09:06
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原创 【深入剖析：AutoDock与Vina对接工具的选择指南】 AutoDockTools为何可以同时使用Vina对接以及AutoDock4对接 如何选择开源的分子对接模式 MGLTOOLS是什么？
AutoDock Vina在性能和用户体验方面通常优于AutoDock4，尤其适合需要处理大量数据的虚拟筛选任务。然而，AutoDock4的灵活性和深度配置选项仍然使其在某些特定情况下成为首选。AutoDock Tools的双重兼容性为研究者提供了灵活的选择空间。请根据需求合理选择，对接的手段。
2024-12-05 12:25:45
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原创 「2024 最新指南 | 全网最全 Docker 命令解析，秒变运维高手！」
Docker 的便捷性和强大功能使其成为现代 DevOps 和软件开发中不可或缺的工具。如果结合 Docker Compose、Kubernetes 等技术，可以实现更加复杂和灵活的容器化部署方案。清理未使用的资源（如停止容器、未被使用的镜像），会显示默认的 Nginx 欢迎页面。查看 Docker 磁盘使用情况。查看所有容器（包括已停止的）查看 Docker 系统信息。在运行中的容器中执行命令。在容器启动时挂载数据卷。查看容器资源使用情况。
2024-11-22 14:30:59
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原创 【精准还原膜蛋白动态行为：基于 GROMACS 的分子动力学模拟探索】GROMACS 蛋白-配体分子动力学模拟 绘制 RMSD变化图 绘制 RMSF变化图 GROMACS 对膜蛋白进行分子动力学模拟
在本篇中，我将介绍如何使用 **GROMACS** 进行以下操作：1. **分子对接** 提取最佳结合能的对接结果，然后抽取配体。2. 安装Linux（Ubuntu | CentOS）版本的Grace、VMD1.9.4 、Gromacs2024.1 CUDA支持的 **GPU加速版**；3. 对膜蛋白进行分子**动力学模拟**4. VMD查看**系统结构文件图像**（md.gro）5. VMD查看**轨迹文件图像**（md.trr）6. RMSD、RMSF
2024-11-22 14:12:48
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原创 【全网最新】全方位解读GROMACS文件类型：如何快速掌握分子模拟中的关键数据格式和实用技巧 GROMACS文件类型深度解析 不同类型的GROMACS文件类型所代表的含义 GROMACS关键数据格式
模拟相关文件：cpt: 检查点文件，保存模拟状态，可用于恢复模拟。edr/ene: 能量文件，存储能量数据，可使用 gmx energy 分析。trr: 模拟轨迹文件，记录坐标、速度、力等。tpr: 运行输入文件，包含分子拓扑、模拟参数等，二进制格式。结构与拓扑文件：gro: 分子结构文件，包含分子坐标和速度，支持简单的轨迹操作。pdb: 蛋白质数据库文件，描述分子结构，可包含多个模型。itp/top: 拓扑文件，定义分子及力场参数。rtp: 残基拓扑文件，用于生成蛋白质拓扑。
2024-11-11 17:44:16
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原创 解锁高效模拟：利用GROMACS中的gmx solvate工具精准构建和优化分子模拟环境的终极指南 分子动力学模拟小知识 gmx 溶剂化物 核心指令 gmx solvate解析
为了进行有效的分子动力学模拟，研究人员需要精确的计算工具和算法。GROMACS 是其中一个广泛使用的分子动力学模拟软件包，它特别优化了性能以处理大规模的生物分子系统，如蛋白质和脂质体。本文将介绍 GROMACS 中的 gmx solvate 工具，这是一个用于在溶剂中溶解溶质分子或生成溶剂盒子的实用程序，展示了如何使用它在进行复杂模拟前准备分子系统。
2024-11-11 12:01:47
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原创 【分子动力学】 分子动力学新手入门：一文读懂GROMACS使用全流程，轻松开启模拟之旅！ GROMACS初学者了解资料 GROMACS安装之前的准备 windows如何安装Gromacs
本文是GROMACS分子动力学模拟的入门指南，适合熟悉Unix和文本编辑器的用户。文章详细介绍了如何检查GROMACS的安装、设置环境变量，以及分子模拟的典型流程。重点说明了重要文件的用途，如分子拓扑文件、结构文件、参数文件和运行输入文件，并简述了如何通过命令生成这些文件。最后，为新手快速掌握GROMACS的使用方法提供了全面支持。
2024-11-08 18:03:34
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原创 【全网最新】深度解析：如何用GROMACS pdb2gmx 快速生成精准拓扑文件？ GROMACS pdb2gmx 使用全解析：从PDB文件到拓扑文件的快速指南
在分子动力学模拟中，从PDB文件生成可靠的拓扑文件是至关重要的一步。而则为这一过程提供了强大的支持。无论是选择力场、生成拓扑文件，还是处理复杂残基和链的分离，该工具都能简化操作。然而，这一过程并非完全自动化，用户需要理解其核心功能和选项配置，才能生成符合研究需求的高质量输入文件。
2024-11-08 17:34:44
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原创 【2024】 Spring Boot依赖注入全解析：@Autowired、@Resource、构造器、@Inject注入谁才是你的最佳选择？谁的性能最稳定，企业中最推荐的依赖注入方式是什么呢？
而不是文件或类名称。
2024-11-07 11:35:35
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原创 【全网最新】Pycharm安装 并完成正常使用 Anaconda3最新版安装教程 搭配Pycharm 调试Anaconda3
首先，PyCharm 和 Anaconda 是非常适配的开发工具组合，特别适用于数据科学和机器学习等需要管理多个 Python 环境的项目。PyCharm 作为一个功能强大的集成开发环境（IDE），可以帮助开发者轻松编写、调试和测试 Python 代码。而 Anaconda 则提供了一个丰富的包管理和环境管理系统，可以方便地安装和管理各种数据科学和机器学习库，如 NumPy、Pandas、TensorFlow、scikit-learn 等。
2024-11-04 10:26:40
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原创 解决过去的Spring Security代码到了Spring Boot3以后被遗弃 包含后端解决跨域问题 在Spring Boot3中生成登录注册JWT Token的核心流程
未带token令牌的请求最后都会接入这里/*** 自定义认证入口点类，处理在认证过程中发生的异常。* 当访问受保护资源但用户未通过认证时（例如，没有提供JWT令牌，令牌无效或已过期），将调用此类。*/@Component@Resource/*** 当用户试图访问需要身份验证的资源，但提供的身份验证信息无效或缺失时，由Spring Security调用此方法。* @param request 用户的HTTP请求。
2024-11-03 22:41:51
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原创 完美解决薛定谔Mac虚拟机中或者windows安装后显示python.exe-找不到序数，无法定位序数225于动态链接库 Schrodinger 无法定位序数225于动态链接库【全网第一，完美解决】
安装完成后：提示WARNING: Post installation script did not run correctly.打开软件打不开：提示无法定位序数 225 于动态链接库X:\Schrodinger\mmshare-v6.1\binWindows-x64\mkl_intel_thread.dll 上.在这里都可以完美解决
2024-09-23 12:25:22
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原创 PyMOL的开源版和商业版如何选择 PyMOL开源版安装 PyMOL商业版安装 PyMOL安装教程 远程安装PyMOL正式版 官网版
选择开源版：如果您主要进行日常的分子可视化和分析任务，并且希望使用免费的软件，开源版的 PyMOL 已经足够强大。它适合学术研究、教学以及个人项目，具有高度的可定制性。选择商业版：如果您从事的是更复杂的生物分子研究，或者需要生成高质量的图像和动画，并且希望获得官方的技术支持和更频繁的更新，那么商业版的 PyMOL 将是更合适的选择。尤其是在工业界和商业科研环境中，商业版的高级功能和优化能够显著提升工作效率。
2024-08-31 17:04:55
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原创 【Python Miniconda 安装 Linux版】Ubuntu 22.04 上安装 Miniconda详细教程 Amber适配Python环境
【Python Miniconda 安装 Linux版】Ubuntu 22.04 上安装 Miniconda详细教程 Amber适配Python环境
2024-08-11 12:59:19
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原创 Amber24安装教程 Amber24远程安装 生物分子模拟 Amber GPU加速版安装 Amber24 和 AmberTools24 的强势登场：全方位超越 Amber22 的优势分析
总体来说，Amber24 在性能、功能和用户体验上都超越了 Amber22。如果您需要处理复杂的分子动力学模拟，或希望在更短的时间内获得高精度的结果，Amber24 无疑是您的最佳选择。尤其是在使用 AMD GPU 或进行高阶自由能计算时，Amber24 的优势尤为显著。
2024-08-11 12:49:36
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原创 生成1LZC的图像，以卡通形式用n端到C端彩虹(元素C)着色。配体在球棒视图中显示，用紫色的主干着色，并以元素着色。标记与配体相互作用的残基的所有侧链，将侧链涂成白色。这些侧链残基的二级结构是什么?
Generate an image of 1LZC with cartoon form coloured in an N-terminal to C-terminal rainbow (elem C). Show the ligand in ball and sticks view coloured with a purple backbone and coloured by element. Label all the side chains of the residues which are inte
2024-08-10 19:46:30
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原创 蛋白质生物学：从序列到结构和疾病显示1LZC中配体在3.5 Å范围内的所有残基标记这些残基并识别与配体形成氢键的特定原子(提交图像)。确定任何疏水相互作用并解释涉及哪些残基? （已解决）
Show all the residues within 3.5 Å of the ligand in 1LZC? Label these residues and identify the specific atoms that form H-bonds with the ligand (submit an image). Identify any hydrophobic interactions and explain which residues are involved? (20 marks)
2024-08-09 17:41:40
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原创 蛋白质生物学：从序列到结构和疾病：选择1LZC的活性位点残基E35和D52。给这两个残基贴上标签，涂上颜色，只显示这两个残基。这两个残基中哪个与配体相互作用？哪种结构是残基61-78，其其作用是什么？
E35和D52：两者都与配体相互作用。E35作为质子供体，而D52则稳定过渡态。相互作用：与配体及周围残基形成氢键和静电相互作用。
2024-08-09 17:30:18
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原创 创建1LZC的残留物L25-E35和S50-G54的选择。螺旋中有多少残基螺旋有多少圈?解释是否符合预期的螺旋的周期性?β链与另外两条β链形成一个β薄片，β链的方向是什么?1LZC的哪条β链的残基最少
α螺旋（L25-E35）：11个残基。大约3圈，符合α螺旋的周期性（每圈3.6个残基）。β链（S50-G54）：反平行，基于图中箭头的方向。S50-G54有5个残基；与其他β链相比确认最少残基数。图中高亮显示了这些选定区域，展示了二级结构元素（α螺旋和β链），确定其结构特性。
2024-08-08 14:53:55
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原创 蛋白质生物学：从序列到结构和疾病 下载并同时打开1LYZ和1H6M的PDB文件(提交图片)。描述这种蛋白质的二级和三级结构。(10分)
钠离子(Na^+)存在于结构中，在维持蛋白质的稳定性和可能的功能中起作用。这些图像显示了一个复杂的球状结构，其中α -螺旋和β -薄片折叠成一个紧凑的形状。溶菌酶含有β -sheet，这是其活性位点的一部分，在底物结合和催化中起着至关重要的作用。循环和旋转连接了α -螺旋和β -薄片，提供了灵活性，使蛋白质能够采用其功能性的三维形状。钠离子(Na^+)的存在，描绘为紫色球体，表明它在稳定蛋白质结构或参与其功能中的作用。与α -螺旋和β -片相比，这些区域更灵活，通常涉及蛋白质的活性位点或结合位点。
2024-08-08 11:15:54
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原创 Ubuntu22.04中安装Java17 Linux系统安装Java17 在Java1.8的基础上安装Java17版本共存 在Linux的多个Java环境中默认激活使用Java17
在Ubuntu中成功安装并配置Java 17。按照提示选择刚安装的Java 17版本。
2024-08-05 16:01:13
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原创 安装双系统（Ubuntu）后NVIDIA驱动无法使用（Make sure that the latest NVIDIA driver is installed and running）并设置屏幕不熄灭
通过上述步骤，可以解决在Ubuntu 22 | 23上安装NVIDIA驱动和设置屏幕不熄灭的问题。
2024-08-05 15:47:26
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原创 Pymol开源版安装 新版 3.0 / 3.1 Windows安装Pymol开源版
PyMOL 是一个开源的分子可视化系统，被广泛应用于结构生物学中。它允许用户可视化分子结构，并创建高质量的蛋白质、核酸和其他大分子的3D图像。多年来，PyMOL不断发展，新版本引入了更多的功能和改进。
2024-08-02 18:30:29
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原创 AutoDock对接的局限性 蛋白对接蛋白 蛋白对接核酸 分子对接 AutoDock闪退 闪退核心问题解答
根据已知的生物学信息或实验数据，定义主动（active）和被动（passive）残基。这些残基会在对接过程中作为可能的相互作用位点。主动残基通常是已知的结合位点或重要功能区域。被动残基是靠近主动残基并可能参与相互作用的区域。
2024-08-02 16:40:42
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原创 JavaScript总结 JS ECMAScript 2015又称ES6 ES6语法大全 个人笔记整理 收集整理ES6 所新增的语法以及使用方法 ES6语法整理
JavaScript总结 JS ECMAScript 2015又称ES6 ES6语法大全 个人笔记整理 收集整理ES6 所新增的语法以及使用方法 ES6语法整理
2024-03-04 23:44:56
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原创 AutoDock 分子对接Map文件闪退出错 Run AutoGrid报错 Run AutoGrid生成不了map文件 AutoDock 中Run AutoGrid操作生成map文件为0KB
在AutoDock的对接里，打开AutoDockTools以后，一般分为两大步骤，map文件生成前的预处理和对接盒子配置以及map文件生成后的核心对接配置！！！！这就是典型的Run AutoGrid操作生成map文件失败：AutoDockMap出错。
2024-02-29 16:47:08
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原创 SpringBoot接口项目部署 SpringBoot编写接口部署到服务器 CentOS服务器部署SpringBoot接口 SpringBoot接口部署 SpringBoot部署例子 Jar包部署
SpringBoot接口项目部署 SpringBoot编写接口部署到服务器 CentOS服务器部署SpringBoot接口 SpringBoot接口部署 SpringBoot部署例子简单
2024-02-27 18:57:53
1051
原创 SpringBoot的生命周期 SpringBoot监听器在生命周期中的作用时间和顺序 SpringBoot 监听机制 SpringApplicationRunListener
SpringBoot的生命周期 SpringBoot监听器在生命周期中的作用时间和顺序 SpringBoot 监听机制 SpringApplicationRunListener
2024-02-24 17:46:00
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原创 AutoDock分子对接教程 小分子对接 AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件（亲测有效）
AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 runautogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件AutoDock安装闪退Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOsUbuntu系统适用（详细讲解）
2024-01-17 00:10:59
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原创 VMD可视化软件远程安装 VMDStore安装 插件安装 Linux Windows 展示
VMD 是一款免费的分子可视化软件，可以实现以多种模式展示分子结构、制作动态动画以及分析分子运动轨迹等操作。VMD 专为生物系统（例如蛋白质、核酸、脂质双层组件等）的建模、可视化和分析而设计。它可用于查看更一般的分子，因为 VMD 可以读取标准蛋白质数据库 (PDB) 文件并显示所包含的结构。VMD 提供了多种对分子进行渲染和着色的方法：简单的点和线、CPK 球体和圆柱体、甘草键、骨干管和丝带、卡通图画等。VMD 可用于动画和分析分子动力学 (MD) 模拟的轨迹。
2023-11-20 18:11:28
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C# Winfrom窗体应用-医院住院部信息管理系统 可用于校园内毕业设计或课程作业 （其他类如酒店管理系统需要的也可以联系）
2022-12-11
空空如也
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