分子对接用于虚拟筛选(Autodock或薛定谔)

本文介绍了分子对接技术在药物设计中的应用,包括Autodock和薛定谔软件的使用,以及虚拟筛选的过程。内容涵盖PDB数据库的解析、蛋白结构分析、同源建模、小分子构建、生物分子互作用分析,以及ZDOCK在预测蛋白-蛋白相互作用中的应用。同时,还探讨了3D-QSAR模型构建、基于碎片的药物设计和分子动力学模拟在药物发现中的重要性。

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生物分子互作基础
1.生物分子互作用研究方法
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子对接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库

  1. PDB 数据库介绍
    1.1 PDB蛋白数据库功能
    1.2 PDB蛋白数据可获取资源
    1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性
    2.PDB 数据库的使用
    2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载
    2.2 靶点蛋白结构序列下载
    2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径
    2.4 批量下载蛋白晶体结构
    蛋白结构分析
  2. Pymol 软件介绍
    1.1 软件安装及初始设置
    1.2 基本知识介绍(如氢键等)
    2.Pymol 软件使用
    2.1蛋白小分子相互作用图解
    2.2 蛋白蛋白相互作用图解
    2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
    2.4蛋白及小分子结构叠加及比对
    2.5绘相互作用力
    2.6 Pymol动画制作
    3.实例讲解与练习:
    (1)尼洛替尼与靶点的相互作用,列出相互作用的氨基酸,并导出结合模式图
    (2)制作结合口袋表面图
    (3)Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合
    (4)制作蛋白相互作用动画
    (5)针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,制作蛋白-蛋白相互作用图
    同源建模
    1. 同源建模原理介绍
      1.1 同源建模的功能及使用场景
      1.2 同源建模的方法
  3. Swiss-Model 同源建模;
    2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法)
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