CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

最新推荐文章于 2025-03-11 17:39:35 发布
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分类专栏： DrugAi 文章标签： 学习
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本文介绍CADD课程中关于PyRx的使用，它是一款基于AutoDock的虚拟筛选软件。通过PyRx，可以对化合物分子进行预筛选，降低实际筛选数目并提升先导化合物发现效率。关键步骤包括：准备受体格点文件、配体小分子、虚拟筛选及结果分析。此外，文章还提及了虚拟筛选后的文件处理和练习操作。

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CADD课程学习（8）-- 化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）

PyRx：基于AutoDock的虚拟筛选软件

虚拟筛选

虚拟筛选，也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，在计算机上对化合物分子进行预筛选，以降低实际筛选化合物的数目，同时提高先导化合物的发现效率

PyRx：安装好PyRx后，需要把之前安装好的autodock4.exe 和autogrid4.exe 两个文件找贝到PyRx安装目录下，才能保证PyRX在本地的顺利运行。

PyRx虚拟筛选关键步骤：

  1. 利用AutoDock Wizard准备受体格点文件
  2. 利用Open Babel准备配体小分子
  3. 利用Vina Wizard进行虚拟筛选
  4. 虚拟筛选结果分析

PyRx虚拟筛选关键步骤：

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分子对接用于虚拟筛选（Autodock或薛定谔）
weixin_57450547的博客
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分享：虚拟筛选常用化合物库
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12-24 6455
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清华团队的“网络药理学”思路就是高级！“机器学习（虚拟筛选）+分子对接+分子动力学模拟”搞定生信顶刊BIB，这波组合拳真的妙！
Python_cocola的博客
03-11 708
今天的这篇文章，生信港看完后真是感慨万千啊，不愧是顶尖学府啊，网药分析不但加上了其高配搭档——分子对接和分子动力学模拟，增强了文章的创新性及档次；还蹭上了AI的热度，通过结合机器学习和深度学习的虚拟筛选方法，成功从现有药物中筛选出具有抗结核潜力的化合物，实现了老药新用。所以，网药即使很卷，但这种基于机器学习的“虚拟筛选”并不常见，朋友们不妨试试这个组合拳！感兴趣的话可以来找生信港帮你设计思路、定制生信分析哦！影响因子：IF=6.8研究背景。
基于对接化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）
发呆的比目鱼的博客
04-21 1512
对接化合物库虚拟筛选（Virtual Screening）
免费虚拟筛选软件 - PyRx
药研猿的博客
10-29 5593
PyRx是一款集成了autodock与vina程序且在windows平台上的虚拟筛选软件。目前只有0.8版本是免费的（同名公众浩后台回复：‘pyrx’），其余的版本都存在版权限制。
虚拟筛选、高通量实验筛选化合物库
MedChemExpress
11-17 561
MCE拥有丰富的数据库资源、高性能的计算机服务器和专业的分子模拟和药物设计团队，可提供专业的分子对接、虚拟筛选服务。MCE 虚拟筛选，请您来选~
CADD虚拟筛选
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04-01
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利用计算机辅助药物设计方法有何优点,计算机辅助药物设计的原理及应用
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06-17 3005
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【生物分子建模】
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虚拟筛选（基础概要）
药研猿的博客
02-02 3730
通常所说的虚拟筛选是图中A区域所示的过程。在获得Hit Componds后，一般有条件的可以直接用实验验证。但为了提升阳性率，降低实验成本，也可以继续进行B区域所示过程，运用分子动力学模拟的手段进一步过滤Hit Componds（但此步往往耗时较长，操作也更为繁琐，门槛更高）。关注** grosetta**公众号，回复"虚拟筛选"获得相关学习资源。
虚拟筛选服务器,MCE 虚拟筛选 甜蜜上市
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虚拟筛选-分子对接 我的讲解会从以下几个方面展开。 1、什么是分子对接。 2、分子对接的用途。 3、分子对接的原理和类别。 4、最后也是最重要的一点，分子对接的流程。 什么是分子对接 维基百科中文版给出的解释是，分子对接是分子模拟的重要方法之一。其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法，在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 读完这一段，我们了解到的是分子对接，是一个计算机模拟，模拟的是分子之间的识别过程。涉及到分子之间的空间形状互补和能量匹配。 维基
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前言 分子对接代表的基于结构的虚拟筛选已成为基于结构药物设计的标准方法。下面是虚拟筛选的笔记。 附注：主要从维基百科和百度百科的资料。 虚拟筛选 虚拟筛选(virtual screening，VS)也称计算机筛选，即在进行生物活性筛选之前，利用计算机上的分子对接软件模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用，计算两者之间的亲和力大小，以降低实际筛选化合物数目，同时提高先导化合物发现效率。 从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体的虚拟筛选和基于配体的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选从靶蛋白的三维结构出发，
生信中的虚拟筛选与药物发现
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虚拟筛选是指通过计算机模拟技术，对大量分子进行高通量的筛选，以确定哪些分子可能具有生物活性，能够与特定的生物靶标结合并产生生物效应。与传统的体外筛选方法相比，虚拟筛选是一种基于计算的方法，能够快速评估和筛选潜在的药物分子。靶标选择与结构获取： 筛选的第一步是选择药物的靶标，通常是与疾病相关的蛋白质、受体或酶。通过生物信息学方法，可以获得靶标的三维结构（如通过X射线晶体学、NMR或同源建模获得）。小分子库的准备： 虚拟筛选需要一个包含数千到数百万小分子的化合物库。
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