- 博客(12)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 小分子与靶点
6.基于靶标/基于支架 Autogrow4（遗传算法，结合自由能导向）/LiGAN ，chemistGA 从头设计 随机生成 不定骨架 protein：pdb格式，小分子：SMI格式。4.PLIP网站分析对接结果（protein-ligand-interaction-profiler）可知道相互作用的类型，键长，疏水相互作用，氢键，盐桥，Π-Π堆积等相互作用。网页版——deepfrag http：//durrantlab.pitt.edu/deepfrag model/
2025-04-08 16:22:28
216
原创 一些生物实验记录
划板-挑克隆-摇菌-提质粒（验证，送测序）-测序正确后进行PCR验证-PCR产物胶回收-酶切验证-胶回收-酶连接，验证-热击转化-挑克隆，摇菌-PCR菌液（测序）-测序正确后进行诱导表达。6.PCR扩增验证-产物纯化-验证-测量浓度-双酶切-验证-胶回收（胶回收试剂盒）-酶连接（质粒：目的片段= 1：3~1：10）TAE（50x）2ml+98ml(超纯水) 100ml —— TAE（1x）挑克隆-摇菌培养（15ml 培养液 +15微升抗生素 +菌（PEt 28a+））
2025-04-08 11:00:48
467
原创 SPR的操作记录
准备：SPR仪器（平台的，Biacore S200），CM5芯片（购买的），氨基偶联试剂盒（没有买，使用的平台），DMSO细胞级会比较好，PBS缓冲溶液，纯水，1mM Nacl，三种不同pH值的醋酸钠缓冲溶液（5.5，5.0，4.5，用来寻找最佳偶联的条件，摸索，平台准备）。还得到处翻一下笔记，找的很乱，不好的笔记习惯，的纠正。小分子：先配置母液（DMSO，>10mM）不能含有咪唑，蔗糖，甘油，纯度>90%,我做实验的时候配置的是20 mM的母液，总共是60个，一定做好标记。3.所需要的各种试剂的配制。
2024-12-11 11:09:26
1539
原创 Adobe Illustrator-学习
crtl+alt+2---全部解锁已经锁定的图像。crtl+shift+z---不想撤回上一步。ctrl+b---选中要放在后面的图形。crtl+shift+g---取消编组。ctrl+aly+b---混合工具调用。crtl+j----连接断开的锚点。alt+箭头上---行间距变窄。alt+箭头下---行间距变宽。alt+箭头左---字间距变窄。alt+箭头右---字间距变宽。ctrl+K---打开面板。ctrl+f---粘贴原位。crtl+[---向下移动。ctrl+]---向上移动。
2024-12-06 11:12:06
477
原创 Git-代码管理学习
注注注：橙色字就博客自己AI创作的这个是，我可写不出来，好早之前下载了Git，但是不太会用，就知道可以管理各种py的文件，还写了一些学习的命令。7. 推送（Push）：推送是将本地仓库的提交上传到远程仓库的操作。6. 拉取（Pull）：拉取是将远程仓库的最新修改合并到本地仓库的操作。当其他人提交了新的修改到远程仓库时，通过拉取可以获取最新的代码并合并到本地仓库中。1. 仓库（Repository）：Git仓库是用来存储项目的文件和代码的地方。一个项目可以有一个独立的仓库，也可以有多个仓库。
2024-12-04 09:26:36
402
原创 SPDBV-用于蛋白质的处理
这个软件是在学习分子动力学模拟时，需要就蛋白质的处理，补足缺失的原子，看到说可以自动添加缺失的原子，就学习了，太久了都有些忘记了，记录了一下，当时还学习了氨基酸的替换以及突变等等，得找找学习笔记看看了。我看到还可以比对两个蛋白质来着，导入两个蛋白质后，fit里面的很多功能就有了，一个蛋白就是灰的，就可以进行是否叠合等选择。上面这一栏，有label，显示形态，以及颜色等选择，点那个文字就会显示，点击减号就消失。有很多的功能，可以进行蛋白质的能量最小化，在tools这个选项里面。打开蛋白质的页面是这样的。
2024-12-03 14:26:34
836
原创 薛定谔Maestro-分子对接另一个软件
这个的安装还是比较麻烦的，我们有的组买了的，是买了的老师的学生给的安装包，可以安装和使用的，但是就是薛定谔真的好大，而且一定不要删除安装包，它的卸载需要通过安装的删除插件才可以，之前删了，然后又找回来了。的设置，首先也是小分子的导入，可以多种格式，sdf，cdx，pdb等，可以同时选择多个小分子导入，我猜测可以直接导入文件，没有试过。选中的就是它的界面了，双击，反应有点慢，不是卡了，因为太大了，要等等，而且我的电脑配置也不行。上述都结束以后，到对接这一步啦，选择分子对接的模块，如下。
2024-12-02 21:34:41
1467
原创 另一个分子对接结果-Chimera处理
从File里面选择处理的文件，这里要选择pymol已经保存过的复合物文件，就是已经选择了排名第一的小分子与蛋白质结合的复合物。接下来进行处理，先选择配体，换颜色突出，以及选择氢键 对了这个是鼠标的滚轮是放大和缩小。好一点就是，已经直接显示了，不需要找，我们直接进行label的设置，突然想起来PYMOL。按住ctrl键然后点击氨基酸残基后，在Action里面，按下面的操作点。已经标记上了，逐个操作，然后label颜色太淡了，一起换一个颜色。选择氨基酸label，选择黑色，就可以了。选择复合物文件后如下。
2024-12-02 16:40:11
440
原创 结束对接-pymol结果处理
保存好复合物形式之后，把保存的复合物pdb文件再次导入pymol中，进行处理，我是随便打开我的文件的，这个是打开后的样子。vina分子对接结果是得到一个pdqt的输出结果，这个结果里面包含了多个不同姿势的小分子以及对接分数。这里可以选择分辨率大小以及图片的大小，看自己的需求，一般我会选择正方形加300ppi的像素。之后选好了，一定记得把配体就是我们的小分子也要选上，之后在右手边的H上选择隐藏棍棒形式。之后选择蛋白质的表现形式，搞成发表的形式，文章好看一些。之后选中小分子，进行分子间氢键的找寻。
2024-12-02 15:47:28
689
原创 AutoDock Vina-分子对接
目前用的最多的就是Vina，还是好用的，进来之后可以进行Ligand以及receptor的处理，就是格式转化，从pdb-pdbqt（只能识别这一种格式，也是不方便的一点，可以用薛定谔好像不限制格式，后面用了再记录一下）先进行重要的一步，文件夹建立，将路径保存进行，所有的处理后的结果都会保存在建立的文件夹中，不然不好找，去溶剂，加氢，加电荷。
2024-12-02 14:25:58
785
天然产物化学中关键术语与现代分析技术的应用解析
2025-04-08
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人