分子对接|使用Schrödinger中的Glide模块进行分子对接

1. 蛋白准备

1.1 为什么进行蛋白准备？

从PDB晶体结构数据库中下载下来的晶体结构不适合直接用于分子对接。PDB数据库中的晶体结构仅含有重原子，并且可能含有共结晶配体、水分子、金属离子和辅因子等。多聚体结构则可能需要取出单体结构。另外，PDB数据库中的结构可能缺少连接信息，因此必须重新分配连接信息、键序和形式电荷。Schrödinger的Protein Preparation Wizard模块便是用于准备蛋白结构以解决上述问题。

1.2 蛋白准备流程

下面列出了蛋白准备的基本流程，在该流程中假设初始的蛋白结构是PDB格式，里面含有共结晶的配体分子，不含氢原子。在其他的蛋白结构准备过程中需要针对具体问题具体分析，在一些案例中，并不需要把下面所有步骤都走一遍。

(1) 将PDB晶体结构库中的蛋白配体复合物结构导入Maestro中。

(2) 定位需要保留的水分子，删掉其他水分子。通常和金属原/离子有相互作用的以及桥连蛋白和配体的水分子需要保留，其他的水分子删掉。

(3) 简化多聚复合物。如果PDB数据库中蛋白结构是多聚体，查看是否该多聚体有重复的结合位点和重复的链，如果有的话仅保留一个，删掉其他冗余的结构。

(4) 调整蛋白、金属离/原子和辅因子。

修补缺失的残基，如果缺失的残基距离结合位点比较远则一般不影响对接结果，如果缺失的残基在结合位点附近则一定要补全；检查蛋白结构中的金属原/离子；如果有键连着金属离子，则要将键删掉，并调整与金属离子相连原子和金属离子的形式电荷；设置金属原子的电荷并且纠正原子类型；设置辅因子的键序和形式电荷；修正摆向错误基团的方向。

(5) 调整配体的键序和形式电荷。

(6) 如果需要的话，调整蛋白和配体的离子化状态和互变异构状态。

(7) 精炼结构。能量最小化，调整基团摆向。

(8) 检查准备好的结构。

检查整体结构的形式电荷和质子化状态，并根据需要进行调整。检查水分子以及其他基团的取向，如酰胺、羟基的取向等。

1.3 Schrödinger中Protein Preparation Wizard进行蛋白准备 (实际操作)

简介：Protein Preparation Wizard模块可以帮助用户自动进行蛋白准备。经过该模块准备后的蛋白结构可用于后续的其他计算任务，如Glide、Prime、QSite和MacroModel。

Protein Prepar