【宏基因组】MaAsLin2

仿生bug

已于 2025-02-22 20:03:38 修改

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文章标签：宏基因组

于 2025-02-21 16:57:35 首次发布

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教学手册：学习手册

MaAsLin2

# BiocManager::install("Maaslin2",force = TRUE)


library(Maaslin2)
# 用的是相对丰度，行名为-ID行样本,列为细菌
input_data = system.file("extdata", "HMP2_taxonomy.tsv", package="Maaslin2") # The abundance table file
input_data
# 行名为-ID行样本
input_metadata = system.file("extdata", "HMP2_metadata.tsv", package="Maaslin2") # The metadata table file
input_metadata


df_input_data = read.table(file             = input_data,
                           header           = TRUE,