比对软件之STAR的使用方法

最新推荐文章于 2025-06-26 09:12:47 发布
最新推荐文章于 2025-06-26 09:12:47 发布
阅读量1.3k 收藏 4
点赞数 1
CC 4.0 BY-SA版权
原文链接：http://www.cnblogs.com/leezx/p/8657212.html
本文介绍了STAR比对软件的基本用法，包括如何建立索引、进行普通比对及二次比对等内容，适用于cufflinks和stringtie等下游分析工具的数据预处理阶段。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

建索引

 

普通比对

 

二次比对

 

用于cufflinks和stringtie的比对

 

待续~

 

参考：比对软件STAR的简单使用

 

转载于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/8657212.html

转录组有参分析之STAR比对及可变剪切
wangprince2017
08-21 1798
转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 颤抖吧__小虫子已关注 0.6682020.03.11 21:02:35字数 175阅读 985 转录组有参分析之STAR比对及可变剪切 STAR比对的特点： 速度快 准确度高 3'reads soft clip genomeLoad LoadAndKeep 多个比对共享内存中的基因组索引 减小内存的使用量 直接获得基因的 reads count 和 导入基因组浏览器的 biwWig 文件 STAR转录组比对和定量 STAR比对 基因注.
测序比对软件的总结-star
acetyl_coa1741的博客
07-11 642
测序比对软件的总结-star
STARsolo单细胞RNA测序数据分析全流程详解
最新发布
gitblog_00457的博客
06-26 366
STARsolo单细胞RNA测序数据分析全流程详解 概述 STARsolo是集成在STAR比对工具中的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析解决方案，特别针对液滴式单细胞测序技术(如10X Genomics Chromium系统)进行了优化。它提供了一套完整的分析流程，从原始FASTQ文件开始，到最终生成基因表达矩阵，整个过程高效且准确。 核心功能 STARsolo的主要功能模块包括： ...
Linux系统下RNA-seq分析（2.STAR比对和cufflinks拼接）
weixin_43927366的博客
03-10 2784
提示：这里对文章进行总结：例如：以上就是今天要讲的内容，本文仅仅简单介绍了pandas的使用，而pandas提供了大量能使我们快速便捷地处理数据的函数和方法。
生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）
热门推荐
Baimoc
07-14 2万+
文章目录零、介绍一、安装二、使用1、建立索引2、STAR 比对三、原理聚类、拼接和评分 零、介绍 STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的御用 pipeline 工具。不得不提的是，它需要占用大量内存，对计算资源有较高的要求。 一、安装 conda install -c biocon
如何应用DNAstar软件对测序数据进行拼接比对操作.pdf
11-11
在此，我们将详细介绍如何使用 DNAstar 软件对测序数据进行拼接比对操作。 什么是拼接比对 拼接比对是指将短读序列（short reads）组装成完整的序列的过程。这种技术广泛应用于基因组学研究，例如基因组assembly、...
常用比对软件集合
weifanbio的博客
11-02 5162
比对软件 来啦@-@，今天给大家分享一下几款小编常用的比对软件。 Bwa 适用范围：二代测序数据快速比对到genome上。 bwa作为序列比对界的模式软件，短小精悍，适用于多种场合，很有必要搞懂他内部的比对算法，最好也搞懂它是如何实现的。 建立索引： bwa index in.fasta 索引建立好之后会生成五个文件，后缀分别是： bwt,pac,ann,amb,sa 常见比对命令： BWA-backtrack：illumina reads比对，最长支持100bp（aln/samse/sampe） bw
11、比对软件STAR（https://github.com/alexdobin/STAR）
weixin_30322405的博客
01-26 2877
转载：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247484731&idx=1&sn=b15fbee5910b36341bf366860ee5df53&scene=21#wechat_redirect 这次给大家带来的是ENCODE project的御用比对软件STAR，ENCODE项目...
使用STAR构建参考基因组并比对
yssxswl的博客
04-23 1万+
使用STAR构建参考基因组 之前我们使用了hisat2构建了参考基因组序列，现在主流的软件是hisat2和STAR 于是我又跟着潘师兄的教程，来走一遍转录组，这里使用的就是STAR 在这过程中我还是碰到了许多问题和要注意的点，来看一下吧 软件安装 还是老样子，使用conda安装SATR，但是我最开始不清楚conda能不能安装STAR，于是我先看一下conda里面有没有它 conda search ...
【亲测免费】 探索STAR：高效准确的RNA-seq比对神器
gitblog_00082的博客
03-24 1048
探索STAR：高效准确的RNA-seq比对神器 是一个开源的生物信息学工具，用于高效、精确地将RNA测序数据（RNA-seq）比对到基因组上。由Alex Dobin等人开发的这个项目，已经在生物学研究领域中获得了广泛的认可和应用。 项目简介 STAR的主要目标是解决RNA-seq数据比对过程中的速度和准确性问题。它采用了创新的两步比对策略，首先进行初步的短片段比对，然后通过扩展和拼接这些片段以确定...
XBeePRO实验手册
07-01
XBee模块配置及实验手册，该文档有利于用户对XBee的认识，主要是配置模块方面
DNAstar使用说明
06-25
DNASTAR 的lasergene序列分析软件 简介 Lasergene由8个应用程序组成，每个程序都组织成功能单元。整个Lasergene系统包括一下一些软件： SeqManII：整理（trim）和组装（assemble）序列数据，以及确定共有序列。 GeneQuset：在小的、与BAC相当大小的或较大的序列中发现并标注基因、图谱（pattern）以及其他特征。 Protean：预测蛋白质二级结构，鉴定抗原（antigen）区。 MegAlign：以配对形式（pairwise）或多重比对形式分析，并构建系统进化树。 GeneMan：利用由序列相似性、共有序列和文本术语构成的布尔查询（Boolean querise）搜索序列数据。 PrimerSelect：设计用于PCR、测序、杂交及转录的引物。 MapDraw：构建限制图谱用来显示位点、翻译和特征。 EditSeq：从其他应用程序引入序列并用于Lasergene的分析。 Lasergene由8个模块使用户能完成序列分析的每个步骤，包括从整理组装序列数据到发现基因、注释、基因产物分析、序列相似性搜寻、序列比对、进化树分析、寡核苷酸引物设计、克隆策略、结果发表等。Lasergene软件包提供函数和所需的定制工具，使用户完成软件作者未曾想到的分析。
RNA-Seq数据分析，质控，STAR比对步骤
zengwanqin的博客
04-04 7223
一、需要下载的软件 fastqc、multiqc、star GitHub上STAR的网站：https://github.com/alexdobin/STAR STAR 我下的软件是2.6.1a版本的，自己根据需要下载合适的版本。 wget -c https://github.com/alexdobin/STAR/archive/refs/tags/2.6.1a.tar.gz tar -xzvf 2.6.1a.tar.gz#解压 chmod -R 755 STAR-2.6.1a#给执行权限
「RNA-seq分析软件」RNA-seq比对工具STAR学习笔记
xuzhougeng blog
02-25 8434
STAR 软件安装 软件的GitHub地址为https://github.com/alexdobin/STAR, 下载页面为https://github.com/alexdobin/STAR/releases, 挑最新的下载，避免bug。 软件使用 STAR的主程序只有两个:STAR和STARlong。前者用于比对RNA-seq数据，后者是针对于长读长RNA数据。由于同一个程序，又...
RNA-seq 比对软件STAR——（1）安装
羊羊的博客
05-05 5823
RNA-seq 比对软件STAR——（1）安装 文章目录RNA-seq 比对软件STAR——（1）安装一、package下载二、编译三、环境配置四、测试 一、package下载 在GitHub知道package，使用加速复制链接下载。我需要2.7版本以上，所以下载最新版，建议没有特定需求下载最新版，bug修复的差不多了，更便捷 #直接gitclone git clone https://github.91chi.fun/https://github.com/alexdobin/STAR.git #或者wge
RNA-seq 比对软件STAR——（2）使用
羊羊的博客
05-06 3485
RNA-seq 比对软件STAR——（2）使用 一、参数说明 详见——>manual （1） readFilesIn 要映射序列文件的名称（带路径），注如果文件是压缩的文件使用readFilesCommand参数进行解压缩。如果是（*.gz）使用 --readFilesCommand zcat或 --readFilesCommand gunzip -c，对于bzip2压缩文件，使用–readFilesCommand bunzip2 -c （2） outFileNamePrefix 输出文件的前缀（包含
star cd linux,比对软件STAR【更新】
weixin_30708203的博客
05-16 1223
STAR下载地址https://github.com/alexdobin/STARSTAR的优势：1.快速2.推荐在RNAseq数据中使用。STAR经常出现在哪些应用中：10x cellranger中RNAseq数据单细胞数据。下载安装：tar -xzf 2.5.3a.tar.gzcd STAR-2.5.3amake STAR第一步build index：任何一款比对软件在比对前都需要对refer...
STAR 命令参数解释
weixin_44231554的博客
07-05 1649
STAR 命令参数解释
STAR比对软件的优缺点
07-12
2. 准确性：STAR使用了splice-aware比对方法，考虑了剪接位点和外显子-内含子边界的存在，能够更准确地确定读段在参考基因组上的位置。 3. 多功能性：STAR不仅适用于比对RNA-seq数据，还可以用于比对ChIP-seq和CLIP...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值