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RSS订阅原创 安装WGCNA包出现报错
这个错误在桌面版的rstudio里面没有出现过，在我使用服务器版的时候出现了以下报错In file included from read.c:1:0:rjcommon.h:11:21: fatal error: jpeglib.h: No such file or directory#include <jpeglib.h>compilation terminated.make: *** [read.o] Error 1ERROR: compilation failed for pack
2020-07-28 16:08:49
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原创 Rstudio报错解决办法
Rstudio报错在服务器上面使用rstudio是非常方便的，但是有时候，Rstudio会出现各种报错我们今天主要说一下，连接不上R服务的问题报错信息下次遇到了再补上，今天一步一步的做，没来的及截图解决方法我在网上发现了许多种方法，有的行，有的不行，而且有的还非常麻烦，还要卸载了重新安装我在基因课王莹老师的帮助下，使用了下面的方法解决了Rstudio报错的问题首先我们要在linux服...
2020-04-26 17:35:24
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原创 GSEA
GSEA分析数据准备KEGG与GO分析GSEA绘图分析数据准备我们需要的是带有基因id的log2foldchgange的向量，我们从de_result里面提取出来就行了de_result$entrezid <-mapIds(org.Mm.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包 keys=de_result$id, ...
2020-04-26 17:07:46
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原创 使用STAR构建参考基因组并比对
使用STAR构建参考基因组之前我们使用了hisat2构建了参考基因组序列，现在主流的软件是hisat2和STAR于是我又跟着潘师兄的教程，来走一遍转录组，这里使用的就是STAR在这过程中我还是碰到了许多问题和要注意的点，来看一下吧软件安装还是老样子，使用conda安装SATR，但是我最开始不清楚conda能不能安装STAR，于是我先看一下conda里面有没有它conda search ...
2020-04-23 16:49:46
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原创 转录组分析第一步——比对
构建参考基因组我们在这里使用的是hisat2作为构建参考基因组和对比的工具的软件下载直接使用conda下载hisat2conda install hisat2参考基因组的构建hisat2-build xxx.dna.primary_assembly.fa /data/genome 1>hisat2-build.log 2>&1其中：xxx.dna.prima...
2020-04-22 16:40:49
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原创 转录组分析数据准备
转录组分析数据准备在这之前，我们要明白，进行转录组分析，我们需要那些文件测序数据样本信息表基因组序列(genome.fasta)基因注释文件(genes.gtf)蛋白序列（proteins.fasta）其中，测序数据可以自己去公司测序，或在公开的资源网站进行下载。样本信息表，是自己根据测序数据进行编辑。至于基因组序列，基因注释文件和蛋白序列文件，则需要自己在网上下载，今天我们就介...
2020-04-22 15:12:13
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空空如也
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