常用比对软件集合

最新推荐文章于 2025-06-02 11:05:28 发布

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最新推荐文章于 2025-06-02 11:05:28 发布 · 5.1k 阅读

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#python

本文介绍了几款常用的序列比对软件，包括Bwa、Bowtie、Bowtie2、Tophat2、HISAT2、STAR、MapSplice、RSEM以及Minimap2和ngmlr。详细阐述了它们的适用范围、特点和使用方法，特别提到RNA-seq比对软件如STAR的高效性能和Minimap2在三代测序数据比对中的优势。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

比对软件

来啦@-@，今天给大家分享一下几款小编常用的比对软件。

Bwa

适用范围：二代测序数据快速比对到genome上。

bwa作为序列比对界的模式软件，短小精悍，适用于多种场合，很有必要搞懂他内部的比对算法，最好也搞懂它是如何实现的。

建立索引：

bwa index in.fasta

索引建立好之后会生成五个文件，后缀分别是：

bwt,pac,ann,amb,sa

常见比对命令：

BWA-backtrack：illumina reads比对，最长支持100bp（aln/samse/sampe）
bwa aln ref.fa R1.fq > aln1_sa.sai
bwa aln ref.fa R2.fq > aln2_sa.sai
bwa sampe ref.fa aln_sa1.sai aln_sa2.saiR1.fq R2.fq > aln-pe.sam
BWA-SW：long-read比对，长度为70bp-1Mbp；支持剪切性比对（bwasw）
bwa bwasw ref.fa R1.fq R2.fq > aln-pe.sam
BWA-MEM：最新，最常用，同SW，但更准更快，与backtrack相比在70-100bp更具性能优势（mem）
bwa mem ref.fa R1.fq R2.fq > aln-pe.sam