核苷酸pi值计算方法

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文章标签： 算法 大数据
于 2022-03-02 10:50:32 首次发布
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本文介绍了计算核苷酸pi值的两种方法，分别是使用MEGA软件的ClustalW比对和MAFFT的三种比对策略。比对后，通过dnasp导入比对文件，进行DNA多态性分析，计算pi值。

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                                核苷酸pi值计算方法

哈喽，今天小编给大家分享的是核苷酸pi值计算方法，主要是介绍序列比对（MEGA和MZAFFT版的两种方法）计算pi值（dnasp）的两个步骤，有兴趣大家可以瞅瞅。

一．序列比对

准备好比对的序列文件，文件格式如下：
在这里插入图片描述

方法一：将准备好的要比对的文件直接拖进MEGA软件

选择Alignment -Align by ClustalW -ok

(温馨提示：过程可能有点儿慢，需要您耐心等待)

在这里插入图片描述

方法二：MAFFT

在这里插入图片描述

1）L-INS-I(这是最准确的方法。适合小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)M-mafft --maxiterate 1000 --localpair input > output

2）G-INS-I(适合序列长度相似的比对，小于200条，且长度小于2000aa/nt的序列。)mafft --maxiterate 1000 --globalpair input > output

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