核苷酸pi值计算方法

本文介绍了计算核苷酸pi值的两种方法,分别是使用MEGA软件的ClustalW比对和MAFFT的三种比对策略。比对后,通过dnasp导入比对文件,进行DNA多态性分析,计算pi值。

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                                核苷酸pi值计算方法

哈喽,今天小编给大家分享的是核苷酸pi值计算方法,主要是介绍序列比对(MEGA和MZAFFT版的两种方法)计算pi值(dnasp)的两个步骤,有兴趣大家可以瞅瞅。

一.序列比对

准备好比对的序列文件,文件格式如下:
在这里插入图片描述

方法一:将准备好的要比对的文件直接拖进MEGA软件

选择Alignment -Align by ClustalW -ok

(温馨提示:过程可能有点儿慢,需要您耐心等待)

在这里插入图片描述

方法二:MAFFT

在这里插入图片描述

1)L-INS-I(这是最准确的方法。适合小于200条,且长度小于2000aa/nt的序列。)M-mafft --maxiterate 1000 --localpair input > output

2)G-INS-I(适合序列长度相似的比对,小于200条,且长度小于2000aa/nt的序列。)mafft --maxiterate 1000 --globalpair input > output

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