9、生物分子系统粗粒化与维生素D受体活性模拟研究

生物分子系统粗粒化与维生素D受体活性模拟研究

在生物分子研究领域，粗粒化方法和分子动力学模拟是两种重要的研究手段。粗粒化方法能够简化生物分子系统，而分子动力学模拟则有助于深入理解维生素D受体（VDR）与配体的相互作用。

1. 生物分子系统粗粒化

1.1 蒙特卡罗模拟与实验数据对比

通过蒙特卡罗（MC）模拟使用均匀介电模型得到的结果与实验数据进行对比。以溶菌酶在不同pH下的维里系数以及核糖核酸酶的滴定行为为例，展示了模拟结果与实验数据的关系。

1.2 火鸡卵类粘蛋白第三结构域pKa值计算

下表为火鸡卵类粘蛋白第三结构域在低盐浓度下测量和计算的pKa值：
| 氨基酸 | 理想值 | MTK（ϵp = 4, relaxed） | MTK（ϵp = 20） | MTK（ϵp = 80） | MC | 实验值 |
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
| Asp7 | 4.0 | 2.1 | 3.0 | 3.2 | < 2.6 | |
| Glu10 | 4.4 | 4.0 | 3.5 | 3.9 | 4.1 | |
| Glu19 | 4.4 | 3.1 | 2.7 | 3.4 | 3.2 | |
| Asp27 | 4.0 | 2.9 | 3.7 | 2.7 | < 2.3 | |
| Glu43 | 4.4 | 5.6 | 4.7 | 4.1 | 4.7 | |
| Ctr56 | 3.8 | 2.6 | 3.2 | 2.5 | < 2.5 | |
| rms | 1