24、生物医学知识表示与文本挖掘技术

生物医学知识表示与文本挖掘技术

在生物医学领域，知识的有效表示和挖掘对于推动研究进展至关重要。本文将介绍SemRep工具的批量模式、Semantic MEDLINE应用，以及自然语言处理和信息提取等相关技术。

1. SemRep工具的批量模式

SemRep的批量模式与交互模式基本相似，但需要上传文件作为请求输入，完成任务后会通过电子邮件通知用户。以下是使用SemRep批量模式的具体步骤：
1. 准备输入文件 ：输入文件的每一行代表一条记录，以记录ID和文本开头，两者用“|”符号分隔。可以使用CiteSpace将Web of Science格式的书目记录转换为SemRep请求格式，路径为Data> Import/Export菜单，选择WoS标签，点击重新格式化文件的按钮。
2. 上传文件 ：准备好输入文件后，逐个上传到SemRep，并提供完整的电子邮件地址以接收任务完成通知。
3. 选择模型 ：SemRep有MetaMap的严格模型和宽松模型两种选项。严格模型是宽松模型的子集，宽松模型包含更多UMLS概念。为了提高召回率，建议使用宽松模型。
4. 任务调度 ：SemRep的批量模式由调度器管理，多个远程用户的请求会按计划完成。调度器会显示可用的工作站数量和平均处理速度。
5. 下载结果 ：批量任务完成后，用户会收到一个URL，可下载与任务相关的多个文件，常见的输出文件如下表所示：
| 文件名称 | 描述 |
| ---- | ---- |