零基础小白笔记5 | 数据清洗与再次质控

原创 已于 2024-09-06 15:46:44 修改 · 1.1k 阅读 · 7 ·
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#笔记

于 2023-12-26 10:53:53 首次发布
本文介绍了ChIP-seq实验中从数据清洗到质控的步骤，包括使用trim_galore进行接头序列修剪和低质量序列去除，以及fastqc进行后续的快速质量控制，展示了零基础小白如何进行数据预处理。

 ❀前言：（书接上回）

零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作流程、分析流程

零基础小白笔记2 | 数据与样本信息处理

零基础小白笔记3 | 数据处理与质控

零基础小白笔记4 | 数据质控报告全解读

一、数据清洗：

（1）安装trim_galore软件：(注意名称中是下划线_哦）

conda install trim_galore
## 或者使用pip命令
pip install trim_galore

（2） 对fq数据进行清洗：

trim_galore  -j 8  -q 25  --phred33 --length 3 --stringency 3 -o data/output/clean/  SRR5195455.fq

（2.1）trim_galore 是一个用于对高通量测序数据进行质量控制和修剪

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07-04 5577
掌握数据整合、数据清洗和数据转换方法。1、整合来自不同数据源的数据。   2、对数据进行清洗。   3、对数据进行转换。数据质量一直是业界普遍存在的问题。不正确或不一致的数据的存在可能会对分析产生误导。90%的时间，数据科学家们并非花时间在建立炫酷的模型上，而是花在数据准备上。做任何分析，最难也最花时间的部分都在数据准备。有一个行业术语叫做“数据工程”，指的是数据的来源和准备。   数据准备阶段是一个非常重要的阶段，不仅对于算法来说是正确的，而且还可以让我们更好地理解我们的数据，这样我们就可以在实现算法的同
Trim-galore/fastp对数据的过滤
doctor_yuxiang的博客
10-04 3305
fastp，trimgalore，转录组上游分析，Linux
【一次性看懂 trim_galore软件的运行代码】
weixin_56701701的博客
11-29 3225
##Q：下面报错：可能内存不够，网络不稳定，文件损坏；#有个问题：conda install -c grst trim_galore；#进入默认的安装包位置（~./miniconda3/pkgs），ls -a打开，发现trim_galore文件夹和压缩包。#ls查看当前文件夹下是否安装吃成功trim_galore --version，没有显示，解压之后仍然提示没有安装成功。####Q：报错安装不成功或者安装成功但是调用不了，看版本。####Q仍然报错，说trim_galore安装不上。
trim_galore去接头和质控
qq_27390023的博客
06-18 5536
Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件，用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后，第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件，我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。 参数说明：-q 25
生物信息学CHIP-Seq数据分析全流程实战
最新发布
weixin_30248619的博客
09-10 809
htmltable {th, td {th {pre {简介：CHIP-Seq是一种研究蛋白质-DNA相互作用的重要技术，广泛应用于转录因子和组蛋白修饰的研究，对理解基因调控和表观遗传机制具有重要意义。本篇文章系统讲解了CHIP-Seq数据分析的完整流程，涵盖从原始数据质量控制、比对、峰识别、功能注释到差异分析与可视化等关键步骤。
Trim Galore：一站式测序数据清理工具
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
10-01 1499
在生物信息学分析中，测序数据的质量是决定分析结果可靠性的重要因素。测序数据通常包含一些低质量的序列、接头序列等，这些“噪音”可能会影响后续分析的准确性。Trim Galore 是一款常用的工具，专门用来清理这些不必要的序列，确保你的数据更加干净、可靠。今天我将为你介绍Trim Galore的功能特点、优缺点，并分享如何通过Galaxy平台使用它。Trim Galore是什么？Trim Galore...
【亲测免费】 推荐开源神器：TrimGalore - 高效精准的DNA/RNA序列质控工具
gitblog_00010的博客
04-19 1054
TrimGalore是一款基于FastQC和Cutadapt的高效、易用的生物信息学工具，用于在高通量测序数据预处理阶段进行质量控制和剪接 adapter。这款由FelixKrueger贡献的开源项目[1]，对于任何从事基因组学或转录组学研究的科研人员来说，都是一个不可或缺的工具。 ## 项目简介 TrimGalore！旨在自动化并简化数据清理过程，它可以检测并去除低质量碱基（如Phred评分...
RNA-seq上游分析之质控软件——Trim Galore
weixin_57830892的博客
07-08 2310
RNA-seq上游处理
零基础小白笔记9 | 使用macs2进行调峰
tmrtmr___的博客
01-09 4154
是一个用于存储基因组测序数据的文件，通常包含控制样本的信号强度或测序深度的信息，包含了对应于基因组上每个位置的控制样本的测序信号值，可以转换为bw文件进一步可视化；1.macs2是一个用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据的工具，它可以用来识别转录因子结合位点和组蛋白修饰位点，是由刘小乐实验室开发的一款在ubuntu上运行的专门处理CHIP-Seq数据的下游软件；1.macs2 bdgcmp是 MACS2 工具集中的一个命令，用于比较两个信号文件（如测序峰值调用的结果）之间的差异。
零基础小白笔记4 | 数据质控报告全解读
tmrtmr___的博客
12-25 1887
（2）图中每1个boxplot都是该位置的所有序列的测序质量的一个统计，上面的bar是90%分位数，下面的bar是10%分位数，箱子的中间的横线是50%分位数，箱子的上边是75%分位数，下边是25%分位数；（1）tile代表每一次测序荧光扫描的最小单位，该图主要是防止在测序过程中,某些tail受到不可控因素的影响而出现测序质量偏低的情况；（1）横轴是0-40，表示的是Q值，Q值越大，测序质量越高；（4）%GC 表示的是整体序列中的GC含量，一般是物种特异的，比如人类细胞就是42%左右；标记为差的碱基序列；
零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作与分析流程
tmrtmr___的博客
12-23 4042
（4）序列对比：使用bowtie2进行mapping，也就是与参考基因组序列进行比对，得到sam文件，后使用samtools进行排序得到bam文件；（8）数据分析：对测序得到的数据进行分析，包括序列比对、峰识别、富集区域的标定等步骤，以得到蛋白质与染色质相互作用的信息，如蛋白质结合位点、染色质富集区域等。（3）然后通过测序，可获得组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定组蛋白修饰相关的特定位点，还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。（2）原始数据质控：使用fastqc对原始数据进行质控，得到网页版报告（html）；
生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用
z1011795220的博客
11-27 1968
【代码】生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用。
TrimGalore:Cutadapt和FastQC的包装器，可将适配器和质量修整一致地应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能
05-03
修剪嘉豪 Trim Galore是和的包装，可始终将适配器和质量修整应用于FastQ文件，并具有RRBS数据的附加功能。 安装 Trim Galore是Perl的包装器，它围绕两个工具： 和 。 要使用，请确保这两款软件都可用，然后将trim_galore脚本复制到PATH上可用的位置。 例如： # Check that cutadapt is installed cutadapt --version # Check that FastQC is installed fastqc -v # Install Trim Galore curl -fsSL https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.6.tar.gz -o trim_galore.tar.gz tar xvzf trim_galore.tar.gz # Run
Trim Galero（学习记录-自用）
Eve_J的博客
08-03 1590
自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。即小于20bp的被去除。：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。-s/--stringency<INT>：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，
【亲测免费】 TrimGalore 安装和配置指南
gitblog_09304的博客
09-13 1151
### 项目基础介绍 TrimGalore 是一个用于自动化质量控制和适配器修剪的工具，主要用于处理 FastQ 文件。它是一个 Perl 脚本的包装器，围绕着 Cutadapt 和 FastQC 这两个工具，能够一致地应用适配器和质量修剪，并具有额外的功能来处理 RRBS（Reduced Representation Bisulfite-Seq）数据。 ### 主要的编程语言 TrimGalo...
TrimGalore软件的安装使用
weixin_44616693的博客
06-25 9233
通常情况下，我们需要指定对应的adapter序列（参数–adapter），如果没有指定，trim_galore会自动查找以下3种类型的adapter：Illumina，Small RNA，Nextera。**–retain_unpaired：**对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。**–paired：**对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
trim_galore的安装及使用
jiangshandaiyou的博客
09-28 2万+
1、网址：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.0.tar.gz 用户手册：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/blob/master/Docs/Trim_Galore_User_Guide.md 2、安装：conda一键安装没成功 所以去了上述网址下载压缩文件，因服务器地址问...
转录组数据分析——从前期质量控制到mapping
热门推荐
biolxy的博客
07-29 2万+
1，拿到原始数据后，首先用软件 FastQC 看一下数据质量 得到html文件，打开后如图 如图红叉部分是我们进行质量控制的关键，如Per base sequence content，现在是这样的 此处需要处理，方法是trim掉前15bp。 又如Adapter Content，现在是这样 需要去接头 2，clear reads ，处理reads不是一步完成，正对
质控工具之TrimGalore使用方法
weixin_33733810的博客
03-27 3483
TrimGalore 就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。 因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。 想自动化？trim_galore 完美的符合了你的需求，无需自己去查接头，全自动质量过滤，噢耶。...
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