零基础小白笔记9 | 使用macs2进行调峰

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已于 2024-01-09 19:48:22 修改 · 4.1k 阅读

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#笔记

于 2024-01-09 19:31:49 首次发布

本文详细介绍了ChIP-seq的基本原理和操作流程，包括数据处理、使用macs2进行callpeak、合并和处理bam文件、bedGraph到BigWig的转换，以及噪声去除的方法。重点展示了macs2工具在ChIP-seq数据分析中的应用和注意事项。

❀前言：（书接上回）

零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作流程、分析流程

零基础小白笔记6 | 使用bowtie2进行数据比对

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生信技能27 - BAM文件的批量合并

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【图像去噪】基础知识之计算效率 | 计算模型复杂度（MACs，Flops以及单位缩放）和参数量

03-26

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macs2的参数和使用

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01-09

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MACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法这是MACS2的主要功能，因为MACS2的目的就是找peak，其他功能都是可有可无，唯独callpeak不可取代。最简单的用法就是 # 常规的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Cont...

hbctraining-05_peak_calling_macs2

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零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作与分析流程

tmrtmr___的博客

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（4）序列对比：使用bowtie2进行mapping，也就是与参考基因组序列进行比对，得到sam文件，后使用samtools进行排序得到bam文件；（8）数据分析：对测序得到的数据进行分析，包括序列比对、峰识别、富集区域的标定等步骤，以得到蛋白质与染色质相互作用的信息，如蛋白质结合位点、染色质富集区域等。（3）然后通过测序，可获得组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定组蛋白修饰相关的特定位点，还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。（2）原始数据质控：使用fastqc对原始数据进行质控，得到网页版报告（html）；

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参考文章：使用MACS2进行差异peak分析重点推荐：Call differential binding events MACS2作为使用最广泛的peak calling软件，在v2版本中添加了差异peak分析的功能，它的子命令功能如下： 1. 软件说明 # 用法说明： usage: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG [-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-

CHIP-seq流程学习笔记（4）-call peak 软件macs2

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tsubasayyy的专栏

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安装 MACS2 报错“install_requires must be a string or list of strings containing valid project/version requirement specifiers" 和“setuptools.installer and fetch_build_eggs are deprecated”

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MacOS上安装`macs2`通常需要使用`conda`。以下是基本步骤： 1. **安装Miniconda**：如果你还没有安装Anaconda或Miniconda，首先访问https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 官方网站下载适用于MacOS的...