统计fa文件每条染色体长度

最新推荐文章于 2024-10-13 21:12:05 发布

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最新推荐文章于 2024-10-13 21:12:05 发布 · 1.1k 阅读

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#生物信息学

这篇博客介绍了如何通过统计方法分析文件中的染色体长度数据，涉及生物信息学技术，旨在理解并解析fa文件中各染色体的大小信息。

import sys
fasta_path = sys.argv[1]
s = []
fw = open(fasta_path, "r")
lines = fw.readlines()
a = 0
for line in

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生信技能14 - 计算人类基因组每条染色体的长度

LittleComputerRobot的博客

02-19

481

计算人类基因组每条染色体的长度

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sinat_40038704的博客

07-30

3229

""" 对fa文件中的序列进行处理 # 获取序列的id和序列信息 # 统计每个id对应的序列的长度 # 对序列长度进行统计 # 绘制直方图 """ import os import pandas as pd from collections import Counter import matplotlib.pyplot as plt import sys def read_seq(file_pat...

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08-16

4330

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统计.fa文件中序列长度

biolxy的博客

08-06

3695

perl /home/lixiangyong/software/length.pl Gma.glub.fa > length.txt

python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

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04-29

1358

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linux统计染色体长度,Python 脚本之统计基因组文件中染色体长度及N碱基数目

weixin_29165725的博客

05-16

1035

模块介绍re模块re模块是Python中的正则表达式调用模块，在python中，通过将正则表达式内嵌集成re模块，程序员们可以直接调用来实现正则匹配。正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。正则表达式的大致匹配过程是：依次拿出表达式和文本中的字符比较，如果每一个字符都能匹...

我希望将.fa文件按照不同染色体组的形式拆分为小的.fa文件，如将Chr01A,Chr02A……等放到一个.fa文件中

最新发布

04-17

嗯，用户现在想根据染色体编号将.fa文件拆分成...1. 如何根据染色体长度筛选并拆分 fasta 文件？ 2. 若染色体编号包含特殊字符（如 `|` 或 `:`），应如何处理？ 3. 如何将多个 fasta 文件合并并按染色体组重新分类？

[python项目一]查找输出fasta序列的gap的起始终止等信息

tangxc10的专栏

10-08

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一、需要实现的程序内容及输出：对于输入的fasta序列，编写程序查找里面N的起始，终止位置等信息，如下面的染色体test.fa序列为例： >1 dna_sm:chromosome chromosome:UMD3.1:1:1:158337067:1 REF aaattagacactgaagagacttggaaagagaggaagtcaaataacaaagaagaggaaacc aaaagg

生信分析常见文件——BAM文件

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比对软件将质控后的fq格式文件与参考基因组进行比对后。

获取染色体长度（bp）

qq_26012913的博客

03-23

3064

有时候我们需要知道fasta文件的具体某条染色体的长度 #!usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- #coding=utf-8 import sys,re t=sys.argv[1]#fasta文件 num=sys.argv[2]#染色体ID 比如第一条染色体 就输入 1 num=int(num) nextnum=num+1 sca_line=0 f=open...

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05-16

1253

我们在做基因组或者转录组数据分析的时候，经常需要用到染色体的长度。今天我们就来聊聊如何获取染色体的长度。我们以人的为例，给大家介绍两种不同的方法，都要用到著名的公共数据库UCSC(https://www.genome.ucsc.edu/)方法一1.在UCSC的主页上，点击Genomics，2. 然后点击human图标，当然如果需要获取其他物种的染色体长度，这里就点击其他物种的图标3.点击View ...

linux统计染色体长度,利用bedtools统计VCF文件中各染色体不同区域中的变异数量...

weixin_31834275的博客

05-16

2978

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用python编写统计fasta格式的序列的长度脚本

tangxc10的专栏

09-30

9497

如果用perl来编写统计fasta序列的长度脚本，很简单的几行代码就可以搞定，但是想了想，觉得用python写更时候处理大的文件，尤其是想用python实现多线程处理。因此，就有了用python来编写最初版的统计fasta序列长度的脚本的想法。运行方法：nohup python stat_length.py input.fasta > input.len & 运行结果： >Aquca_0

计算基因组染色体长度的Python脚本

aa453205586的博客

06-21

5221

调用命令：python cal_chrom_length.py hg19.fasta hg19.len import sys import os fasta_path = sys.argv[1] len_path = sys.argv[2] temp_path = len_path + ".temp" fw = open(len_path, "w+") os.system("fasta

如何统计id很复杂的fasta文件的长度？

tangxc10的专栏

08-04

1973

对于一般的fasta文件的格式是： >chr1 AAGCCATCCGG 但是最近两天遇到id很复杂的fasta，对于这样的fa文件用现有的脚本却统计错误原本人的hg38染色体有23条染色体，但是统计出来却只有一条染色体的长度：因此，需要重新修改length.pl

统计fasta文件每条序列的长度【Perl】

W_LAILAI的博客

11-10

2600

#!/usr/bin/perl -w use strict; my $file="myseq.fa"; open(FH,$file) or die $!; my %hash; my $id=0; while(<FH>){ chomp; my $temp; if($_=~/^>/){ $_=~ s/^>//g; my $temp=$_; next; }...

seqkit统计序列长度

SUMPLUSS的博客

04-15

868

【代码】seqkit统计序列长度。