如何统计id很复杂的fasta文件的长度？

最新推荐文章于 2020-12-20 18:36:26 发布
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分类专栏： 生物信息问题 perl 文章标签： linux perl 生物信息 统计
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/tangxc10/article/details/47277325
本文探讨了在处理含有复杂ID的FASTA文件时遇到的问题，原本针对简单ID的脚本无法正确统计复杂的基因组数据，导致染色体数量统计出现偏差。为解决此问题，需要对现有脚本进行调整。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

对于一般的fasta文件的格式是：

>chr1

AAGCCATCCGG

但是最近两天遇到id很复杂的fasta，对于这样的fa文件用现有的脚本却统计错误


原本人的hg38染色体有23条染色体，但是统计出来却只有一条染色体的长度：


因此，需要重新修改length.pl

linux 序列长度,快速计算fasta序列长度的方法 | Public Library of Bioinformatics
weixin_35960357的博客
05-16 1735
最近看了一下进入PLoB的网页来路分析，看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题，这里给大家分享两种我常用的方法。方法一：linux下用awk计算fasta序列的长度前面发表一篇文章《用awk和sed快速将fasta格式的序列改成一行显示》，其实我的这种方法就是在这基础上进行的。加入已经有一个fasta文件为contig.fa，文件中的序列如下：>1...
用python编写统计fasta格式的序列的长度脚本
tangxc10的专栏
09-30 9438
如果用perl来编写统计fasta序列的长度脚本，很简单的几行代码就可以搞定，但是想了想，觉得用python写更时候处理大的文件，尤其是想用python实现多线程处理。因此，就有了用python来编写最初版的统计fasta序列长度的脚本的想法。  运行方法：nohup python stat_length.py input.fasta > input.len & 运行结果： >Aquca_0
获取染色体长度（bp）
qq_26012913的博客
03-23 3036
有时候我们需要知道fasta文件的具体某条染色体的长度 #!usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- #coding=utf-8 import sys,re t=sys.argv[1]#fasta文件 num=sys.argv[2]#染色体ID 比如第一条染色体 就输入 1 num=int(num) nextnum=num+1 sca_line=0 f=open...
统计.fa文件中序列长度
biolxy的博客
08-06 3682
perl /home/lixiangyong/software/length.pl Gma.glub.fa > length.txt
统计fasta文件每条序列的长度【Perl】
W_LAILAI的博客
11-10 2564
#!/usr/bin/perl -w use strict; my $file="myseq.fa"; open(FH,$file) or die $!; my %hash; my $id=0; while(<FH>){ chomp; my $temp; if($_=~/^>/){ $_=~ s/^>//g; my $temp=$_; next; }...
用Python语言编写程序，统计Botrytis_cinerea_protein.fa文件中蛋白序列的长度，并将长度小于300的蛋白序列以fasta的格式输出文件
03-13
好的，我现在需要帮用户解决如何使用Python处理FASTA文件，统计蛋白序列长度并过滤保存短于300个氨基酸的序列的问题。首先，我得回忆一下FASTA文件的格式。FASTA文件通常以“>”开头作为序列标识符的行，接着是换行...
使用seqkit处理fasta文件，来进行EBI远程interproscan
08-02
如果FASTA文件中的序列很长或者数量较多，建议分批提交或者使用本地InterProScan（但本地安装复杂，资源消耗大）。 以上步骤完成了使用seqkit处理FASTA文件并调用EBI远程服务进行InterProScan分析。 相关问题：...
现在我具有的只有60多个序列的fa文件，从头给出代码来实现id查询
最新发布
08-11
我们面临的任务是：使用本地BLAST工具（blastn）对包含60多个序列的FASTA文件进行批量查询，目标是获取每个序列在NCBI数据库中的匹配序列ID（sacc）。但是，由于用户提到的是远程数据库（-remote），而问题中又要求...
import os from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord # 定义文件路径 genome_file = r"C:\Users\Lenovo\Desktop\Botrytis_cinerea_genome.fa" gff_file = r"C:\Users\Lenovo\Desktop\Botrytis_cinerea.gff3" output_file = r"C:\Users\Lenovo\Desktop\Botrytis_cinerea_genes.fasta" # 读取基因组文件 genome_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(genome_file, "fasta")) # 解析GFF3文件，提取基因位置信息 def parse_gff(gff_file): genes = {} with open(gff_file, "r") as gff: for line in gff: if line.startswith("#"): continue # 跳过注释行 fields = line.strip().split("\t") if len(fields) < 9: continue # 跳过格式不正确的行 seqid, source, feature, start, end, score, strand, phase, attributes = fields if feature == "gene": gene_id = None for attr in attributes.split(";"): if attr.startswith("ID="): gene_id = attr.split("=")[1] break if gene_id: genes[gene_id] = { "seqid": seqid, "start": int(start), "end": int(end), "strand": strand } return genes # 提取基因序列 def extract_genes(genome_dict, genes): gene_sequences = [] for gene_id, gene_info in genes.items(): seqid = gene_info["seqid"] start = gene_info["start"] end = gene_info["end"] strand = gene_info["strand"] if seqid not in genome_dict: print(f"Warning: Sequence ID {seqid} not found in genome file.") continue gene_seq = genome_dict[seqid].seq[start - 1:end] # GFF3位置是1-based if strand == "-": gene_seq = gene_seq.reverse_complement() gene_record = SeqRecord(gene_seq, id=gene_id, description="") gene_sequences.append(gene_record) return gene_sequences 逐行修改以上文件
03-28
比如检查FASTA记录的ID和序列长度，GFF3记录的属性和字段是否正确解析。可以用assert语句或单元测试框架。 最后，整合FASTA和GFF3数据，比如根据GFF3中的位置信息提取对应的序列区域。这需要将序列数据与注释结合，...
bam获取序列_如何从BAM文件中提取fastq
weixin_39722196的博客
12-20 2445
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作，因为samtools其实已经提供了相应的工具samtools fastq.以biostar handbook的Ebola病毒数据为例，首先获取比对得到的BAM文件。# 建立文件夹mkdir -p refs# 根据Accession下载...
[轮子]用shell统计单词长度
Create Rhythm
06-27 1262
linux下可以用wc命令统计单词数量。不过为了lian'sh
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05-23 3194
perl 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列 FASTQ文件长度过滤
Linux统计文件数目
qq_20828113的博客
11-06 429
1、查看统计当前目录下文件的个数：ls -l | grep "^-" | wc -l或ls -l | grep -c '^-'; 2、查看统计当前目录下文件的个数，包括子目录里的：ls -lR| grep "^-" | wc -l； 3、查看某目录下文件夹(目录)的个数，包括子目录里的：ls -lR| grep "^d" | wc -l； 4、排除（不显示）含有匹配文本的所有行：ls | g
统计fasta文件中序列的长度并绘制直方图
sinat_40038704的博客
07-30 3192
""" 对fa文件中的序列进行处理 # 获取序列的id和序列信息 # 统计每个id对应的序列的长度 # 对序列长度进行统计 # 绘制直方图 """ import os import pandas as pd from collections import Counter import matplotlib.pyplot as plt import sys def read_seq(file_pat...
python Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出
niuhuihui_fei的博客
05-17 4369
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fastq fasta 序列数快速统计
五月的田野
07-26 6751
fasta序列条数统计 统计大于号开始的行数 # 通过搜索&amp;amp;gt;的数量 grep -c '^&amp;amp;gt;' myFasta.fasta #seqkit统计提取 seqkit stats t.fa -T | grep -v file | cut -f 4 fastq序列条数统计 压缩格式解压，统计行数除以4 # 通常以fastq.gz格式压缩 zcat input.fastq.gz |...
Shell脚本中计算字符串长度的5种方法
caomiao2006的专栏
06-10 2211
有时在Linux操作系统中需要计算某个字符串的长度，通过查询资料整理了下目前Shell中获取字符串的长度的多种方法，在这里分享给大家，方法如下： 方法1: 使用wc -L命令 wc -L可以获取到当前行的长度，因此对于单独行的字符串可以用这个简单的方法获取，另外wc -l则是获取当前字符串内容的行数。 复制代码代码如下: echo "abc" |wc -L 方
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zhangyikai2017的博客
11-30 4234
使用Python计算fasta文件的序列长度 在这里插入代码片使用Python计算fasta文件的序列长度 #！/usr/bin/python #-- coding:utf-8 -- import sys f = open(sys.argv[1],‘r’) out = open(sys.argv[2],‘w’) def chr_length(infile,outfile): f = open(sy...
利用hifiasm组装基因组，怎么bam文件转fasta文件？
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对于`.cns`文件，你可以找到对应的`.fa`或`.fasta`文件，如果没有，可以直接通过`cns`文件生成。例如，命令如下： ``` samtools faidx your_contigs.cns > your_contigs.fasta ``` 3. 确保你的`samtools`已经...
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