28、哺乳动物进化中脆弱区域的有限寿命：TFBM 模型解析

哺乳动物进化中脆弱区域的有限寿命：TFBM 模型解析

1. 引言

在染色体进化的研究中，不同的模型被提出以解释基因组重排和断点重用的现象。传统的随机断点模型（RBM）和脆弱断点模型（FBM）在解释一些现象时存在局限性，因此，本文引入了周转脆弱断点模型（TFBM），旨在更准确地描述染色体进化过程中脆弱区域的动态变化。

2. 周转脆弱断点模型（TFBM）概述

TFBM 模型假设在每次重排后，有 x 个脆弱区域“死亡”，同时有 x 个新的脆弱区域“诞生”，从而保持脆弱区域的总数不变。该模型的参数包括 m（潜在可断裂位点的数量）、n（当前脆弱区域的数量）和周转速率 x。FBM 是 TFBM 在 x = 0 时的特殊情况，而 RBM 是 TFBM 在 x = 0 且 n = m 时的特殊情况。

3. TFBM 模型模拟与分析

• 模拟设置 ：对图 4 中进化树的每个分支进行 100 次重排模拟。
• 模拟结果
  • FBM 情况（x = 0） ：表 4 最左边的子表显示，在 FBM 下，所有分支对之间的断点重用大致相同。例如，当 n = 500 时约为 110，n = 900 时约为 70，n = 1300 时约为 50。
  • TFBM 情况（x > 0） ：表 4 右边的子表显示，在 TFBM 下，黄色单元格中的断点重用低于绿色单元格，绿色单元格中的断点重用低于红色单元格。图 6 展示了 FBM 和 TFB