11、基因组排序与零范例距离问题研究

基因组排序与零范例距离问题研究

1. 立克次氏体基因组排序实验

在基因组排序的研究中，使用DCJ（双切接）和indel（插入/删除）操作对基因组进行排序是一个重要的研究方向。研究人员对七种注释良好的立克次氏体细菌基因组进行了实验，其中六种物种密切相关，而R. bellii与其他物种相比具有较高的重排水平。研究人员将R. bellii与其他六种物种进行比较，采用了两种方法：一种是最小化DCJ操作，另一种是最小化indel操作。以下是比较结果的表格：
| 物种 | Mbp | DCJ | MIN DCJs | MIN indels | DCJs+indels | DCJs+indels |
| — | — | — | — | — | — | — |
| R. felis | 1.55 | 493 | 312 + 181 | 389 + 104 | - | - |
| R. massiliae | 1.36 | 448 | 276 + 172 | 340 + 108 | - | - |
| R. africae | 1.28 | 426 | 260 + 166 | 322 + 104 | - | - |
| R. conorii | 1.27 | 414 | 261 + 153 | 313 + 101 | - | - |
| R. prowazekii | 1.11 | 314 | 197 + 117 | 216 + 98 | - | - |
| R. typhi | 1.11 | 309 | 195 + 114 | 212 + 97 | - | - |

从实验结果可以看出，在该数据集中，最大化indel的算法中indel的数