19、灵活全面的基因表达数据分析平台

灵活全面的基因表达数据分析平台

基因表达数据的分析在生物研究中至关重要，但目前的分析存在一些问题。传统的功能富集分析往往需要结合至少两个不同的平台才能完成整个分析过程，而且一个平台通常只针对特定的生物条件设计，不同平台的混合使用可能会引入新的偏差。此外，一些在线分析工具只允许处理有限的基因表达数据，导致大量数据无法得到处理。

为了解决这些问题，我们设计了一个全面且灵活的基因表达数据分析平台。这个平台允许用户对几乎所有重要参数进行自定义设置，还提出了六种识别差异表达基因的新方法和两种功能富集分析方法，适用于不同类型的数据，更加通用和有效。

1. 基因表达分析平台的总体框架

平台的总体框架涵盖了从数据清洗到数据归一化，从表达基因识别到功能富集分析的整个基因表达数据分析过程。具体如下：
- 输入文件类型 ：支持用户上传原始基因表达数据集，有两种形式：一是包含对照组和测试组数据集的单个文件；二是分别包含测试组和对照组数据的两个文件。同时，也允许用户定义差异表达基因列表作为输入，以便直接进行功能相关分析。平台采用多种功能富集算法和网络布局流程，以交互方式展示分析结果。
- 数据清洗 ：这是基因表达数据分析中常被忽视但至关重要的步骤。外部实验条件、生物和技术变异都会影响基因表达数据，一个基因可能对应多个表达水平。因此，在进行基因分析之前，必须进行必要的数据清洗。
- 识别差异表达基因 ：传统方法如倍数变化法和t检验法在某些情况下并不适用。我们的平台改进了现有传统方法，提供了五种新算法来识别给定表达数据集中的差异表达基因，并且允许用户根据自己的实验条件