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原创 OpenCV图像处理
OpenCV图像处理参考：B站——OpenCV计算机视觉实战原博客地址文章目录OpenCV图像处理声明图像的读取和显示和保存通道的剥离和组合Padding图像融合声明 本文内容仅为笔记，方便自己后续做DL时候进行参考，不会用于其他任何用途 安装opencv-python：pip install opencv-pythonpip install opencv-contrib-python图像的读取和显示和保存import cv2 # opencv读取的格式是BGRimport m
2021-06-06 17:13:02
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原创 （文献随笔）肿瘤浸润的活化B细胞抑制结直肠癌的肝转移(Cell Report, 2022年8月30日)
理论上重轻链表达相近的时候，得分应该在1附近，从图可以看出，非转移组确实是这样的，但是在转移组中的说法就很多了，当值低于1的时候，到底是重链表达少了还是轻链表达多就说不清楚了。iMPA 表达 Ig 重链蛋白，例如 IGHG4。由于 IgG 分子的组装需要轻链和重链，该结果表明仅表达 IgG 重链的 iMPA 不会组装功能性IgG，从而导致免疫功能改变，进而与转移和预后不良有关。转移组和非转移组中B细胞比例差异较大，且活化的B细胞也有显著的差异（文章通过这一点，合情合理的引出自己想做B细胞）
2023-01-04 13:53:15
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原创 导读：21 世纪中叶的精准肿瘤学奇点？循环肿瘤细胞和单细胞测序？
Tips:组学时代的循环肿瘤细胞：我们离实现“奇点”还有多远？（Br J Cancer，IF：9.075），原文链接: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35273384/循环肿瘤细胞的生物学、脆弱性和临床应用（Nat Rev Cancer，IF：69.800），原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36494603/
2023-01-04 13:52:32
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原创 （Research）深度迁移学习使循环肿瘤细胞的病变追踪成为可能
这篇文章总体思路非常值得借鉴，并且作者并没有强调他的模型能够直接使用在 CTC 溯源，只是强调了使用单细胞测序和深度学习能够使得困扰精准肿瘤学已久的重要问题——CTC 溯源成为了可能。但是，理论和实际相差甚远，这篇文章存在着两个极为致命的问题，使得我们虽然看见了 CTC 溯源的可能性，但是路途还是非常的遥远。在这项研究中，使用的数据都是经过高度浓缩提纯后的 CTC 数据，虽然模型中集成了背景去除器（准确率达到 100%）。
2022-12-29 14:13:32
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原创 （Research）高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性
首先，我见识短浅我实在没看出来这篇文章到底为什么值得阅读我是真的硬着头皮读完了这篇文章，我实在无法学习到什么有用的东西请恕我愚钝在我看来，她之所以能发Cancer Cell，是因为她搞了个网址https://luca.icbi.at。
2022-11-19 06:21:31
659
原创 （Research）肝肿瘤免疫微环境亚型和中性粒细胞异质性
本研究对来自 124 名肝癌患者和 8 只小鼠的 189 个样本，合计超过 100 万个细胞进行了scRNA-seq。将患者分为五种 TIME 亚型，包括免疫激活、骨髓或基质细胞介导的免疫抑制、免疫排斥和免疫驻留表型。
2022-11-10 16:28:00
507
原创 （Research）泛癌单细胞分析揭示肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的异质性和可塑性
本研究对 10 种实体癌类型的 226 个样本进行泛癌分析，以单细胞分辨率分析 TME，说明异质癌症相关成纤维细胞 (CAF) 的共性/可塑性。
2022-11-09 16:23:18
602
原创 （纯文字版）靶向 HER2 阳性乳腺癌：进展和未来方向 Nature Reviwe Drug Discovery（一）
目前，先进的治疗策略已经显着改善患者的生存结果，譬如曲妥珠单抗、帕妥珠单抗以及最近的图卡替尼和曲妥珠单抗德鲁替康 (T-DXd)极大的改善了患者的预后。但是随着新的药物出现，低 HER2 表达的患者群体逐渐的出现，所以需要考虑其他诊断工具，进行更加精准的区分出该部分的患者群体。25 年前，第一个HER2靶向药物——曲妥珠单抗获得批准。高达 50% 的 HER2 + BC 患者发生脑转移，大尺寸的单抗药物无法通过 BBB，此时，拉帕替尼凭借其体积小和强大的抗 HER2 活性，给脑转移患者带来了福音。
2022-11-08 05:04:06
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原创 （Research）结直肠癌与肝转移之间的免疫表型联系
对于 CRLM 样本，分别使用 10X 测序获取超过32 万个单细胞和 Smart-seq2 获取超过 5000 个单细胞，共鉴定出 78 个免疫细胞亚群。结合已发表的HCC数据和CRC数据，使用 SciBet 对细胞进行重新聚类和注释，进行多中心数据联合分析。
2022-11-08 00:06:21
407
原创 (My CodeOcean) Calling Feature Counts Matrix from RNA-seq Fastq sequence data
【代码】(My CodeOcean) Calling Feature Counts Matrix from RNA-seq Fastq sequence data。
2022-11-03 21:42:19
143
原创 (My CodeOcean) Code for Forest Plot
通常情况下,我常用的有两种数据格式, 两种格式有不同的导入方式。其中 Time 是生存时间。Event 是存活状态。
2022-11-03 00:03:01
196
原创 （文献随笔）时间单细胞转录组学和表观遗传学揭示了效应细胞、记忆细胞和耗尽CD8+ T细胞中共享和独特的生物回路(Nature Immunology, 2022年10月21日)
文章是前天刚发的，应该算得上是比较早的多组学时间单细胞转录组相关的文章吧文章的切入点是两年前的一篇 Cell 大子刊中提到的终末 T 细胞的亚群分类问题文章的 Title 讲的时生物回路，但是似乎在整片文章中，并没有太多的篇幅提及相关的内容通过结合单细胞转录组学和 ATAC 联合解析不同感染背景下的 T 细胞分化途径文章就是中间很大的篇幅在记录流水账，但是毕竟算是比较早做这个领域的文章了。如果主要是做免疫研究的话可以尝试阅读一下这篇文章推荐指数：3.5星。
2022-10-23 03:45:44
626
原创 （文献随笔）单细胞转录组体细胞拷贝数变异的单体型分析（Nature Biotechnology，2022 年 9 月 26 日
> [Haplotype-aware analysis of somatic copy number variations from single -cell transcriptomes](https://doi.org/10.1038/s41587-022-01468-y)
2022-10-03 17:17:21
1478
原创 （文献随笔）肿瘤浸润的活化B细胞抑制结直肠癌的肝转移(Cell Report, 2022年8月30日)
理论上重轻链表达相近的时候，得分应该在1附近，从图可以看出，非转移组确实是这样的，但是在转移组中的说法就很多了，当值低于1的时候，到底是重链表达少了还是轻链表达多就说不清楚了。由于 IgG 分子的组装需要轻链和重链，该结果表明仅表达 IgG 重链的 iMPA 不会组装功能性IgG，从而导致免疫功能改变，进而与转移和预后不良有关。转移组和非转移组中B细胞比例差异较大，且活化的B细胞也有显著的差异（文章通过这一点，合情合理的引出自己想做B细胞）文章在后续的分析中，仅提取的成熟的B细胞和不成熟的B细胞进行研究。
2022-09-05 16:51:07
577
原创 晚期非小细胞肺癌肿瘤异质性和微环境的单细胞分析(Nature Communication, 2021年5月5日)
这篇文章是比较早的 focus 在肿瘤细胞的文章，讲实话确实下了一番功夫，但是确实肿瘤细胞不像免疫细胞，不仅存在肿瘤内异质性，也存在肿瘤间异质性。这种异质性会导致数据分析极为困难，并且现在也没有对应的工具（主要是我的文章还没发，不然就有工具可以用）能够进行深入的分析。还有就是如果有认识作者的人或者作者本人能看到这篇文章的话，得写一封信给编辑改一下图注。其他细节内容我就没怎么看。...
2022-08-15 17:32:30
672
原创 Qc View
### ---------------###### Create: Yuan.Sh### Date: 2022-05-17 09:54:47### Email: yuansh3354@163.com### Blog: https://blog.youkuaiyun.com/qq_40966210### Fujian Medical University### tips: View qc### ---------------############# Step.00 ############# # c
2022-05-17 10:22:05
240
原创 Windos 安装子系统
前言参考文章 https://blog.youkuaiyun.com/moshowgame/article/details/109039727WIN10的所有非精简版的系统，都已经内置Linux内核，可以直接打开一个PC应用一样使用Ubuntu子系统。这是非常Cool的体验，并且经历了一段时间的完善和摸索，现在应用起来都非常成熟。本教程包含启用linux功能和从微软商店安装Ubuntu配置和启用SSH连接，使用xshell远程连接安装xfce4图形界面和RDP远程桌面连接不过，网上说只有专业和企业
2022-05-11 10:28:52
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原创 scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learning
scJoint integrates atlas-scale single-cell RNA-seq and ATAC-seq data with transfer learningNature Biotechnology2022/01/20https://www.nature.com/articles/s41587-021-01161-6#data-availabilityscJoint：基于迁移学习的标签转移模型。Motivationit has been noted that the
2022-02-12 02:28:22
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原创 python 爬虫
python 爬虫转载于LGH（FJMU）import requestsimport osimport timeimport threadingimport pandas as pdfrom bs4 import BeautifulSoupimport randomheaders = { 'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chr
2021-12-26 15:16:17
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原创 基于 python 的单细胞转录因子分析
基于 python 的单细胞转录因子分析pyscenic文章目录基于 python 的单细胞转录因子分析前言Main前言流程极为简单，几乎没有任何难度MainInstall pyscenic！Attention, python version >=3.7pip install pyscenicDownload reference dataswget -c https://github.com/aertslab/pySCENIC/archive/refs/heads
2021-11-23 09:37:35
1864
原创 RNA-seq
RNA-Seq前期准备设置代理alias proxy='export all_proxy=socks5://127.0.0.1:1086'alias unproxy='unset all_proxy'proxycurl cip.cc环境创建# 创建名为rna的软件安装环境# 查看当前conda环境# 激活conda的rna环境# 注销当前的rna环境conda info --envs source activate base #source deactivate
2021-11-01 11:41:27
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原创 参考基因组下载和建立索引
参考基因组下载和建立索引下载的小鼠基因组cd ~/bioreferencemkdir -p genome/mm10 && cd genome/mm10nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz &tar zvfx chromFa.tar.gzcat *.fa > mm10.farm chr*.fa下载hg19：cd ~/biorefer
2021-11-01 11:36:08
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原创 单细胞轨迹分析-dyno
单细胞轨迹分析——dyno文章目录单细胞轨迹分析——dyno前言安装详细过程请参照Main前言安装详细过程请参照一些装不上的软件，报错请务必注意关闭一切的代理！！勘误：一开始把文章中的P** 与数据中的 BIOKEY** 误认为是对等的，结果导致有两幅图是错误的。Main1. import packages# cleanrm(list = ls())gc()# packages)library(dyno)library(tidyverse)library(Matri
2021-11-01 10:32:30
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原创 单细胞免疫细胞基因marker
T.cell.marker = c("CD3D",'CD3E','CD2')Fib.cell.marker = c('COL1A1','DCN','C1R')Myeioid.cell.marker = c('LYZ','CD68','TYROBP')B.cell.marker= c('CD79A','MZB1','MS4A1')Endothelial.cell.marker= c('CLDN5','FLT1','RAMP2')Mast.cell.marker= c('CPA3','TPSAB1'.
2021-10-30 09:00:06
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原创 Seurat-单细胞文献复现第二弹-02
A single-cell map of intratumoral changes during anti-PD1 treatment of patients with breast cancerhttps://doi.org/10.1038/s41591-021-01323-8文章目录A single-cell map of intratumoral changes during anti-PD1 treatment of patients with breast cancer前言讲在前面的废话
2021-10-16 22:18:04
1375
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原创 Markdown常用代码
插入图片注释![]()<center> <img style="border-radius: 0.3125em; box-shadow: 0 2px 4px 0 rgba(34,36,38,.12),0 2px 10px 0 rgba(34,36,38,.08);" src="https://img-blog.csdnimg.cn/ba41600176b24aba9c9058bb6550c760.png?x-oss-process=image/watermark
2021-10-14 20:52:36
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原创 Seurat-单细胞文献复现第二弹-01
单细胞文献复现第二弹-Seurat DocumentA single-cell map of intratumoral changes duringanti-PD1 treatment of patients with breast cancerhttps://doi.org/10.1038/s41591-021-01323-8Step.00 Download Dataa download of the read count data pe
2021-10-14 10:23:31
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原创 单细胞转录组——SingleR自动注释
# The objective of this R script: Run SingleR # Author: Yuan.Sh# Date: 2021-10-07 17:07:34# Blog: https://blog.youkuaiyun.com/qq_40966210/category_11165022.html# Best Regards, # Yuan.Sh (Major in Bioinfomatics & Deep-learning)# -----------------------
2021-10-08 14:20:30
2009
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原创 Linux (Ubuntu) 常用代码
强制关闭死机程序xkill 是在桌面用的杀死图形界面的程序。比如当firefox 出现崩溃不能退出时，点鼠标就能杀死firefox 。当xkill运行时出来和个人脑骨的图标，哪个图形程序崩溃一点就OK了。如果您想终止xkill ，就按右键取消。xkill提升程序（进程）优先级renice命令用于重新指定一个或多个行程（Process）的优先序（一个或多个将根据参数而定）。注意：每一个行程（Process）都有一个唯一的（unique）id。修改程序优先级，数值越小，优先级越高sudo r
2021-10-07 13:15:07
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原创 Smart-seq2 转 Count 矩阵
# Global variable# Tips:# This pipline is use to get the scRNA-seq expression Matrix from Smart-seq2 fastq files.# # Date: 2021-10-04 10:10:11# Best Regards, # Yuan.Sh (Major in Bioinfomatics & Deep-learning)# ------------------------
2021-10-05 15:53:12
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原创 inferCNV与Copykat使用的基本流程指导
InferCNV # 第一个文件count矩阵 dfcount = as.data.frame(sce@assays$RNA@counts) # 第二个文件样本信息矩阵 groupinfo= data.frame(cellId = colnames(dfcount)) identical(groupinfo[,1],sce@meta.data$cell_id) groupinfo$cellType = sce@meta.data$cell_annotion # 记录细胞分组信息
2021-09-29 10:23:14
3660
原创 关于——细胞通讯分析-CytoTalk_软件运行过程遇到的问题
该软件发表在Science的子刊运行示例已经写的非常清楚了，这里就不做任何的解释了主要会遇到的问题进行记录首先第一个问题，pcst_fast的安装:可能由于兼容性问题，在使用pip install pcst_fast在python3.8中无法下载有两种解决办法安装3.7版本的python进入Github主页，下载pcst_fast，解压后进入文件夹，使用下面的代码安装python setup.py install第二个问题就是在调用JobRun_Parallel.R中的system("
2021-09-29 10:08:43
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原创 一些装不上的软件，报错
R 语言安装 v8首先现在终端安装依赖sudo apt install libv8-dev -y然后进入R环境安装install.packages('V8')
2021-09-27 17:24:24
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原创 PseudotimeDE（改版）——基于Seurat 对象的基因时序分析
导入必要的包suppressPackageStartupMessages(library(PseudotimeDE))suppressPackageStartupMessages(library(SingleCellExperiment))suppressPackageStartupMessages(library(slingshot))suppressPackageStartupMessages(library(tibble))suppressPackageStartupMessages(lib
2021-09-14 16:06:31
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原创 使用 bioMart 包获取数据库信息
使用 bioMart 包获取数据库信息通过 R 包获取数据库中的信息, 该数据库包括一下内容以下内容参考网址11.查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间的基因；2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注释。反之，给定相关的GO注释，获取相关的EntrezGene的ID；3.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的上游100bp序列（可能包含启动子等调控元件）；4.查找人类染色体上每一段区域中已知的SNPs；5.给定一组的序列ID，获得其中具体
2021-09-03 15:18:47
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原创 ggplot主题
ggplot 主题# 导入 yuansh 的专用 themepdf_dir = 'C:/Users/yuans/Desktop/'ggscale = 0.5yuansh_theme = ggplot2::theme(title = element_text(size =16*ggscale), axis.title = element_text(size = 12*ggscale),
2021-06-28 08:57:06
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空空如也
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